Sawyers sår bliver livstruende da han, Michael og Jin kæmper sig vej gennem øens indre med de overlevende fra bagenden af flyet: Ana Lucia, Mr. Eko, Bernard, Libby og stewardessen Cindy.

Jack, Locke og Sawyer sporer Michael som leder efter sin søn og finder "De Andre".

Da Sun bliver klar over at hun er gravid kæmper hun med beslutningen om at involvere Jin i situationen.

Michael vender tilbage til øen, og Ana Lucia forsøger at få Henry Gale til at tilstå at han er spion.

Locke får visioner af Boone, som fører ham til et nyt mysterium på øen.

Jack forhøres af Isabelle, konstable hos "De Andre". Ben har en infektion i rygraden, og Jack forhandler Juliets frihed.

Nu hvor deres hemmelige lejr er kompromitteret, forlader ”De Andre” den og tager Locke med men efterlader Juliet lænket med håndjern til Kate midt i junglen.

Da Ben tager Locke med hen til Jacob og afslører øens hemmeligheder afsløres Bens baggrund på øen – såvel som Dharma initiativets skæbne.

Michael is tied up, when Juliet walks in. She tells him the boat is his, so that he can take Walt away after he will have saved Ben. She comments that Walt is special, that he's not an ordinary boy, and that's why she is worried about him. Juliet is glad that Michael is going to get Walt away from the Island and assures him that Ben will do what he wants. She then reveals the deal with Ben she has made herself, concerning her sister. Then she mentions Michael's list and wishes him good luck.

Juliet is outside Room 23 where there is some sort of commotion and an alarm sounding. Ben arrives and Juliet tells him that he (presumably Walt) has done something again and that everybody is too scared to go in there. Juliet suggests that they could bring him back to Michael, but Ben refuses. Ben tells her that Walt is special and that Jacob wanted him there, but Juliet says that he is dangerous. When Ben counters that he is only a child, Juliet brings him outside to show what he has done: a group of dead birds lay on the stairwell.

Kate går bag Lockes ryg for at arrangere et møde mellem Miles og Ben, hvor Miles fremlægger sine betingelser for at ikke at opgive Ben til sine kolleger.

Michaels rejse fra flugten fra øen og til at arbejde som Bens spion på Widmores skib afsløres. Ben fortæller Danielle og Alex at de skal forlade Lockes lejr og gå til øens tempel.

Locke, Ben, og Hurley fortsætter deres søgen efter hytten, så Locke kan tale med Jacob. Tilbage på båden forbereder Keamy et stort angreb på øen.

Desmond søger efter en kvinde som kunne hjælpe Faraday med at stoppe øens bevægelser gennem tiden. Locke opdager identiteten på de kræfter, der har angrebet de overlevende.

Sawyer holder fast i en løgn overfor nogle af de overlevende for at beskytte dem mod fortidens fejl.

For at betale for fortidens synder må Ben prøve at påkalde røgmonstret for at blive dømt.

Jack og Kate er uenige om hvilken retning de skal tage for at redde de andre overlevende. Locke forstærker sin lederposition blandt ”De Andre”.

Locke kæmper med livet i en rullestol og tager ud for at lede efter hjælp til at styrke sin sag.

Sawyer besøger de bure hvor han og Kate holdtes fanget, og tilbage i Los Angeles ser vi ham som politibetjent på aktion med sin partner.

Jack vågner og opdager at han er blevet bragt til øen Hydra af Sayid og Locke for at redde sine venner. Widmores hold har låst Sawyer og hans gruppe i et bur.

Jack, Hurley, Kate og Sawyer kommer sig efter eksplosionen på Widmores ubåd. De er vrede over tabet af deres venner og indser, at de må dræbe Locke.