Jacob死後，倖存者回到了現在的時間線；Juliet死了，Sayid在被帶到異教徒的聖殿後復活了。此外，冒充Locke的黑衣人被發現就是Smoke Monster，並在316航班上殺死了Ilana的幾名隊員。

當Sawyer逃離寺廟時，Kate和Jin被派去把他帶回來。與此同時，Other們確定Sayid被感染並試圖毒死他。而在flash sideways裡，Kate還在逃亡，並在Claire臨產之際將帶Claire前往醫院。

在島上，黑衣人試圖說服Sawyer幫助他離開該島，同時為正牌的Locke舉行即興葬禮。在flash sideways裡，Locke被解僱，並成為一名代課教師。

在Jacob的命令下，Hurley帶Jack來到一座燈塔。與此同時，Claire在照顧受傷的Jin時，質問一隻捕獲的Other。在flash sideways裡，Jack是一位試圖與兒子建立聯繫的單身父親。

在黑衣人說服Sayid參與他的計劃後，他向Other們發出了最後通牒：加入他，或是等死。與此同時，Kate與Claire重逢。在flash sideways裡，Sayid幫助他欠下高利貸的哥哥。

Ilana發現Ben殺了Jacob，所以她打算殺了他。與此同時，Jack、Hurley和有自殺傾向的Richard拜訪了Black Rock。在flash sideways裡，高中老師Ben試圖勒索學校校長。

黑衣人派Sawyer前往Hydra Island執行偵察任務，他發現Charles Widmore已經與一組科學家一起返回島上。在flash sideways裡，Sawyer是一個仍在尋找原來的Sawyer的孤獨警察。

講述Richard Alpert的背景故事：1867年，他作為奴隸搭著黑石被帶到島上。他與Jacob達成協議，以換取永生。主線上，Hurley說服他幫助候選人取代Jacob並阻止黑衣人離開這座島。

在Jin被Widmore小隊綁架並帶到Hydra Island後，黑衣人與Widmore爾對峙。在主島上，Sun失去了說英語的能力。在flash sideways裡，Sun和Jin在換取Sun父親的交易失敗後，被綁架了。

在島上，Widmore讓Desmond接受大量電磁能量進行實驗。在flash sideways裡，Desmond在Charlie的幫助下，開始對他在原始時間線中的生活產生幻覺。

為了防止更多人喪生，Hurley帶領其他倖存者與黑衣人交談。在flash sideways裡，Hurley遇到了Libby，而Desmond則繼續他的使命，讓Oceanic 815的乘客了解他們在島上的生活。

倖存者分成兩組：一組由Sawyer帶領，另一組由黑衣人帶領。Sawyer小組前往Hydra Island，在 Sun和Jin重聚後，他們被Widmore的船員抓住。在flash sideways裡，Oceanic 815的乘客們相互碰面。

在剩下的倖存者團聚後，Sawyer和Jack制定了一項計劃，轉移黑衣人的注意力，並搭著Widmore的潛艇離開小島，但災難性的後果正等待著他們。在flash sideways裡，Jack調查了Locke癱瘓的原因治療他。

Jacob和黑衣人其實是孿生兄弟，他們是被一名負責保護島嶼的神秘女子撫養長大。為了報復他們的養母（她殺死了他們的親生母親）被謀殺，Jacob在成為島上的守護者後將他的兄弟扔進了電磁源，將黑衣人變成了煙霧怪物。

在接受黑衣人求援後，Ben終於可以向Widmore報一箭之仇。Jacob解釋了候選人的目的，Jack自願接替他的位置。搜索Desmond的行動顯示他早已獲救，並且黑衣人計劃利用他來摧毀小島。在flash sideways裡，每個人最終都在去音樂會的路上。

出於不同的原因，Jack和黑衣人都使用Desmond來熄滅島中心的光，小島開始瓦解，但黑衣人也變成凡人。黑衣人仍然不顧一切地想逃跑，黑衣人與Jack戰鬥並給他造成了致命傷，但在Kate的幫助下，Jack殺死了他。

Jack意識到自己的命運，犧牲自己重新點燃了島嶼的心臟，這樣他的朋友們就可以乘坐Ajira飛機逃離。Hurley接替Jack作為島上的保護者，並讓Ben成為新的顧問。

flash sideways可能是主角們的limbo或是holding pattern的一種，他們居住在那哩，直到接受自己的生與死，然後能夠一起「放手」並「繼續前進」。