오키드 해치 건설현장에서 사고가 발생하고 인부 하나가 발작을 일으키며 쓰러진다. 바위 뒤에 존재하는 무한 에너지원이 때문이라고 추측한 마빈 캔들 박사는 에너지원이 폭발할지도 모르니 즉시 작업을 중단하라고 지시한다. 섬에 남은 생존자들은 시도 때도 없이 번쩍이는 섬광에 시달린다.

샬롯이 코피를 흘리고 두통을 호소하는 것은 시간 이동에 때문에 발생하는 극심한 시차에 뇌가 적응하지 못해서다. 페러데이는 이에 대해서 뭔가 알고 있는 듯 하지만, 무슨 이유에서인지 정확한 상황을 아무에게도 알려주지 않는다. 한편 해변 생존자들에게 누군가가 퍼부어대는 불화살 공격으로 많은 수가 죽고 몇 명은 겨우 목숨을 건진다.

랑데부 지점에 도착하지만, 지뢰가 터져서 두 명이 죽고, 페러데이와 마일스, 샬롯은 그들에게 사로잡힌다. 그들은 이들이 수소폭탄을 회수하러 온 미군이라고 생각하고, 페러데이가 이를 이용하여 미군 과학자 행세를 하면서, 자기들이 수소폭탄을 해체할 수 있는 유일한 희망이라고 주장하자, 앨퍼트는 폭탄을 해체해달라고 부탁한다.

시간이동이 시도 때도 없이 일어나면서, 로크, 소이어, 줄리엣, 페러데이, 마일스, 샬롯은 졸지에 2004년으로 날아간다. 로크는 분이 죽던 날 밤 하늘높이 치솟았던 해치 불빛을 다시 보고, 소이어는 클레어의 출산을 돕고 있던 케이트를 목격한다.

화물선이 폭파되면서 바다에 떨어진 진은 폭풍에 배가 난파되어 섬 인근에서 표류 중이던 다니엘 루소 일행에 의해 구조된다. 루소는 당시 임신 7개월이었다. 진은 이들이 연기 괴물에게 동료를 잃는 광경과 태아의 아버지인 로베흐가 루소가 쏜 총에 맞아 죽임을 당하는 광경을 목격한다.

달마 이니셔티브가 등대라고 부르는 곳에서 선, 벤, 잭, 데스먼드는 엘로이즈 호킹 부인으로부터 섬으로 돌아가는 방법에 대해 설명을 듣는다. 데스먼드는 못미더워 하면 페러데이의 메세지만 전해주고 자리를 박차고 나간다. 하지만 다른 이들은 이미 섬으로 돌아가기로 마음을 굳혔다. 이때 잭은 로크가 자살했다는 사실을 알고 충격을 받는다.

섬을 벗어나 튀니지로 순간 이동한 로크는 찰스 위드모어에게 구조된다. 로크는 제레미 벤텀이란 이름으로 위조된 여권을 받아 들고, 위드모어의 수하인 애버든의 도움을 받아 사이드, 헐리, 케이트를 만나지만, 단 한 명도 설득하지 못 한다. 그러던 중 애버든이 총격으로 죽고, 로크는 도망을 가다가 교통사고를 당한다.

로크가 우물을 내려가려는 찰라 또 다시 시간이동이 발생한다. 우물은 사라져 버리고, 소이어 등 일행은 발만 남아있던 거대동상이 온전하게 서있는 광경을 보고 직감적으로 상당히 먼 과거로 이동해 왔음을 깨닫는다. 두통이 사라지고 코피 또한 나지 않기 때문에 소이어 등 일행은 막연히 로크가 성공했음을 알게 된다.

케이트와 잭, 헐리는 보안팀장인 소이어의 도움으로 막 잠수함을 타고 들어온 달마 신입으로 위장한다. 비행기 추락 여부를 확인하기 위해서 플레임 기지로 달려간 진은 뜻밖에 사이드와 마주치고, 라진스키는 사이드가 첩자라면서 그 자리에서 죽여야 한다고 주장한다. 하지만 소이어는 임기응변의 기지를 발휘하여 일단 본부 철창에 가둔다.

잭, 케이트, 벤, 선 등과 헤어진 직후, 사이드는 술집에 들렀다가 의도적으로 접근한 일라나의 유혹에 빠져 사로잡힌 채, 본인의 의사와는 무관하게 괌 행 아지라 항공 316편을 타게 된다. 백방으로 노력하지만 사이드를 구할 수 없게 되자, 소이어는 사이드를 탈출시키려 한다. 하지만 사이드는 이를 거절하고, 소년 벤이 마을 집에 불을 질러 사이드를 구해낸다.

사이드가 쏜 총에 중상을 입은 소년 벤은 출혈이 심해서 목숨이 위태롭다. 벤에 대한 감정은 좋지 않지만, 아직 어린애라는 생각 때문에 이를 안타까워하던 줄리엣과 케이트가 잭을 설득해보지만, 잭은 냉정하게 거절하며 그냥 죽게 놔두라고 한다. 케이트는 소이어의 도움을 받아, 소년 벤을 토착민 영역으로 데리고 가서 앨퍼트에게 도움을 청한다.

찰스 위드모어는 벤을 받아들이는 것에 대해 근본적으로 반대하는 입장이지만, 앨퍼트가 섬이 원했기 때문이라고 말하자, 이를 수용한 후, 소년 벤을 만난다. 벤은 소년 이든과 함께 루소의 텐트를 습격해서 모른 척, 못 본 척 조용히 살라고 경고한 후, 아기(알렉스)를 빼앗는다.

소이어는 케이트와 소년 벤을 토착민에게 넘겨준 후 다시 달마 마을로 돌아오고, 로저는 아들이 실종된 것과 관련해서 케이트를 의심한다. 소이어가 자리를 비운 사이에 핵심 멤버가 되어 극비로 호레이스의 심부름을 하게 된 마일스는 판단 착오로 헐리에게 비밀을 들켜버린다.

페러데이가 죽은 직후, 잭과 케이트도 사로잡힌다. 페러데이가 남긴 노트에서 자기 필체로 씌여진 메모를 발견한 엘로이즈는 몹시 혼란스러워한다. 잭과 케이트에게 페러데이에 관해 물어본 후, 잭 일행이 미래에서 왔다는 사실을 알게 된 엘로이즈는 페러데이가 노트에 적어놓은 대로 하겠다고 약속한다.

케이트와 줄리엣 때문에 소이어는 할 수 없이 잠수함에서 내린다. 소이어 일행은 스완 해치를 찾아 헤매다가 로즈와 버나드를 만나는데, 이들 부부는 정신없이 숨가쁘게 돌아가는 섬의 현 상황에는 전혀 관심이 없어 보인다. 수소폭탄에서 핵탄두만 제거한 후 잭과 사이드는 스완 해치로 향하는데, 도중에 달마 마을에서 총격전이 벌어진다.

소이어는 수포폭탄을 터뜨리지 못하도록 설득하려다가 실패하고 잭과 주먹다짐을 하는데, 줄리엣이 생각을 바꿔먹는 사람에 머쓱해진다. 사이드는 총에 맞은 상처 때문에 출혈이 심해서 사경을 헤매게 된다. 라진스키는 드릴 작업을 멈추라는 챙 박사의 경고를 무시하고, 필은 무장한 사람들을 데리고 스완해치에 나타난다.