잭과 케이트는 화물선과 연락을 취한 후 희망에 부풀어있다. 해변으로 돌아온 데스몬드는 사이드, 소이어, 헐리에게 찰리가 죽었으며, 화물선을 보낸 사람이 페니가 아니라는 사실을 알려준다. 여기에 로크까지 가세하자, 생존자는 급기야 잭을 중심으로 화물선에 희망을 거는 팀과 로크를 중심으로 화물선을 위협으로 간주하는 팀, 둘로 갈라진다.

생존자들은 모르고 있지만, 바깥 세상에서는 이미 오세아닉 815 항공편의 잔해가 발견되어 톱뉴스가 되었는데, 나오미와 함께 화물선을 타고 섬에 온 인물들은 하나같이 815항공편과 모종의 연관이 있어 보인다. 이들은 섬에 도착하자마자 생존자들에게 제압당하는데, 이들이 섬에 온 진정한 목적이 무엇인지 아는 사람은 오로지 벤 뿐이다.

로크에게서 샬롯을 구해오면 배에 데려가겠다는 약속을 받아낸 사이드는 케이트와 마일스를 대동하고 로크가 있는 그들의 아지트로 가지만, 그곳에서 뜻밖의 상황에 직면하게 된다. 나오미의 소지품에서 데스먼드와 페니의 사진이 나오자, 급히 해변에서 데스먼드를 불러오지만, 궁금증은 풀리지 않는다.

사이드와 데스몬드는 라피더스와 함께 헬기를 타고 배를 향해 떠난다. 그런데 대니얼이 그려준 방향대로 가기 위해 폭풍 속으로 직접 들어간 라피더스. 그 와중에 갑자기 데스몬드가 이상해진다. 어느 군대 병영에서 잠이 깬 데스몬드는 행동이 느리다는 상관의 호통소리에 벌떡 일어나는데 헬기를 타고 있던 꿈이 마치 현실인 듯 너무나 생생하다.

사라져 버린 대니얼과 샬롯. 숲으로 들어가는 걸 봤다는 진의 말에 따라 흩어져서 찾기 시작하는데 혼자 찾고 있던 줄리엣 앞에 그들의 일원인 하퍼 스탠호프가 나타난다. 그녀는 두 사람이 폭풍 본부로 갔으며 거기서 가스를 유출시키면 이 섬의 모든 사람들이 죽을 테니 가서 두 사람을 죽이라고 얘기한다.

케이트가 샬롯에게 맞았다는 얘기를 들은 선은 그들이 구조해 줄 의사가 없다는 결론을 내리고 진에게 로크의 캠프로 가자고 한다. 산모용 비타민을 찾다가 줄리엣에게 들킨 선은 로크에게 가겠다고 털어놓고 줄리엣은 3주 안에 이 섬에서 못 나가면 선은 죽는다며 절대로 가게 내버려둘 수 없다고 한다.

화물선을 타고 온 사람들의 목적은 벤을 찾는 것이며 일단 벤만 손에 넣으면 섬에 있는 모든 사람을 죽이라는 지시를 받았다는 이야기를 들은 로크 일행. 로크의 결정에 따라 벤을 감금하지 않고 자유롭게 지내도록 해 주는데 벤은 알렉스를 살짝 불러 템플로 가는 지도를 주며 안전한 곳은 거기뿐이라고 어서 떠나라고 한다.

로크 일행을 급습한 용병들은 알렉스를 인질 삼아 벤을 압박한다. 용병대장 키미가 알렉스를 사살하고, 분노한 벤이 용병들을 향해 연기괴물을 풀어 로크 일행은 겨우 위기를 넘긴다. 한편 목이 베인 화물선 의사의 시체가 해변로 밀려오고, 잭은 심한 복통으로 쓰러진다. 살해당한 아내의 장례식을 치르기 위해 고향을 찾은 사이드는 복수를 한다.

모두가 걱정하는 가운데 잭의 맹장수술은 성공적으로 끝나고, 그 와중에 케이트에 대한 잭의 변함없는 애정이 확인된다. 한편 소이어 일행은 해변으로 돌아오는 도중에 키미와 용병들을 만나지만, 라피더스의 도움으로 위기를 모면한다. 하지만 그날 밤 클레어가 뜬금없이 정글로 사라진다.

로크는 꿈에서 호레이스라는 인물로부터 계시를 받는다. 다르마 이니셔티브 직원들의 시체가 버려진 구덩이에서 오두막의 위치를 알아낸 후 제이콥을 만나러 가는데, 뜻밖에도 오두막엔 클레어가 있다. 한편 배로 돌아간 키미는 라피더스를 압박하기 위해 의사를 살해하고, 분쟁 중에 선장마저 죽인다.

잭, 케이트, 사이드, 헐리 등 소위 오세아닉 6인방이 구조되어 기자회견을 갖는데, 이들은 어떤 이유에서인지 추락 후 섬에서 일어난 모든 사건에 대해 거짓말을 한다. 때늦게 치뤄진 아버지 장례식에서 잭은 클레어의 엄마 캐롤을 만나 클레어가 이복여동생이란 사실을 전해 듣고, 선은 항공사로부터 받은 합의금으로 아버지 회사 지분의 반을 사들인다.

마이클과 데스먼드, 진은 폭탄을 냉동질소로 얼려놓고 해체할 방법을 찾아보지만, 가능성은 없어보인다. 사이드와 케이트는 그들과 힘을 합쳐 벤을 구하고, 그에 대한 보답으로 헬기를 타고 화물선으로 향하지만, 연료 탱크가 새는 바람에 진퇴양난의 지경에 처한다. 섬을 옮기기 위해 오키드로 들어간 로크와 벤은 또 다시 용병대장 키미와 마주친다.

키미가 죽자 화물선은 폭발하고, 케이트, 사이드, 데스먼드, 선, 잭, 헐리, 여섯명만 가까스로 헬기를 타고 탈출한다. 마이클과 진은 폭발과 함께 죽고 만다. 섬을 옮긴 사람은 다시는 섬으로 돌아올 수 없기 때문에, 벤은 로크에게 리더 자리를 넘겨준다. 연료 부족으로 헬기가 추락한 후, 바다에서 표류하던 생존자들은 페니가 타고온 배에 구조된다.