貨物船から島に上陸した人々の目的は、本当に生存者たちを救助することなのか？彼らを敵とみなすロックと、救助隊だと信じるジャックは衝突し、生存者たちは2人をリーダーとするそれぞれのグループに割れ、バラックと海岸へと別れて行く。未来の様子を描いたフラッシュフォワードでは、死んだはずのチャーリーの姿を見続けるハーリーが、車の事故を起こし、自ら病院の精神科への入院する。

行方不明となっていたオーシャニック航空815便の期待の一部が、海底から発見されたという衝撃的なニュースが全世界を駆け巡る。島ではジャックたちが、救助に来たと話すファラデーには、別の目的があるのではと疑い始める。ロックは島に上陸した救助隊の1人であるシャーロットの身柄を拘束し、ジャックとケイトは残りの救助隊のメンバーの行方を追う。フラッシュバックでは、貨物船から島に上陸した4人のこれまでの経緯が語られる。

ある目的のために、ロックと一緒に残ると宣言したケイトは、単独でマイルズと接触し、ある情報を吐かせようと試みる。ところが、マイルズは交換条件として、ベンと2人きりで話がしたいと主張。困ったケイトは、ソーヤーに協力を求めるが、結果としてソーヤーとロックの2人から信頼を失い、ロックからバラックを出て行けと通告される。一方ケイトのフラッシュフォワードでは、その後ロサンゼルスで行われるケイトの裁判の様子が描かれる。

フランクの操縦するヘリで、貨物船に向かったデズモンドとサイード。ところがヘリは積乱雲に巻き込まれ、その衝撃がきっかけとなって、デズモンドの意識は、過去に所属していた軍隊のキャンプと現在を行き来するようになる。心配するサイードは海岸で待つジャックに連絡を入れ、デズモンドの錯乱した様子を報告。ジャックにこの現象について追求されたファラーデは、必死に自分の日記帳を探し始める。

海岸から姿を消したシャーロットとファラデーを追ってジャングルに入ったジュリエットは、”他のもの”の1人であるとハーパーに遭遇。ハーパーはベンからの伝言だとして、ジュリエットにどんな手段を使ってでもシャーロットとファラデーの動きを阻止しろと命じる。その頃ベンはロックを口説き落とし、監禁を解いてもらう代わりに、貨物船の乗組員たちを操る黒幕の存在について明かし始める。

ロックの元へ向かおうとするサンを止めるため、サンが心に秘めている出来事をジンに話してしまったジュリエット。サンの脳裏には、忘れようとしていた過去の苦い思い出がよみがえる。貨物船の船長に合ったサイードとデズモンドは、乗組員たちの真の目的に気付き始める。またフラッシュフォワードでは、妊娠中のサンが急遽病院に運び込まれ、医師は直ちに帝王切開が必要と判断。出産の苦しみの中でサンはジンの到着を待ち続ける。

ソーヤーたちを招集し、「すべてを話す」と宣言したロックは、マイルズたちが島に来た本当の理由を明かす。彼らの目的はベンだったのだ。ミーティングの最後で、ベンは娘のアレックスを呼び止め、ルソーとカールと共に島に残された最後の聖域である”テンプル”へ逃げるようにと指示。一方サイードとデズモンドは、貨物船内でマイケルを発見。他人の振りをしようとするマイケルはサイードに問い詰められ、これまでの経緯を白状する。

ロック宅の電話が突然鳴り、受話器からは”コード14-J”という暗号メッセージが繰り返し流れる。敵が近づいていることを察知したベンはロックたちの協力を得て反撃を開始。ところが、戦いは悲劇的な結末を招いてしまう。一方海岸には、ある男の遺体が漂着。男の身元を知ると言うファラデーのあいまいな態度に業を煮やしたジャックは、貨物船に連絡を取るように命じる。フラッシュフォワードでは、イラクを訪れたベンがある重要人物と接触する。

ジャックが体調を崩し、海岸で倒れてしまった。原因は虫垂炎と判明。ジュリエットは切除のために手術を施すことを決め、ケイトにも協力を求める。一方ジャングルに逃げ込んだソーヤー、マイルズ、クレアとアーロンの4人は、驚くべきものを発見。フラッシュフォワードでは、意外な人物と一見幸せな家庭生活を送るジャックの未来が描かれる。ところがジャックは、誰にも言えない悩みを抱えていた。それは、死んだはずのある人物を、度々目撃するという現象だった。

キャビンの場所が分からなくなってしまったロックらは、やむを得ずジャングルの中でキャンプすることに。一方、黒煙の固まりに襲われた仲間を船に運び込んだキーミーは、船にスパイがいることを察知。初めはゴールドに疑いの目を向けるのだが・・・。

ビーチでは、荷物がヘリから投げ落とされたことに皆疑問を持つ。そこで、ファラデーが電話をかけてみると、「オーキッド基地へ向かう」というキーミーとフランクの会話が聞こえたため、ジャックとケイトはその場所へ行ってみることに。

ジャックとソーヤーは、オーキッド基地でハーリーとロックに再会する。仲間を島から脱出させるというジャックに対し、ロックは・・・。一方、船ではデズモンドやジンらが、大量に仕掛けられている爆弾の起爆装置を解除しようと試みるのだが・・・。/ オーキッド基地では、ついにキーミーが息を引き取り、その瞬間、船の起爆装置のライトも赤くなる。これに気付いたジンらは、引き続き起爆装置を解除しようとする。一方、燃料が残りわずかとなったヘリに乗っているジャックらは、ようやく船を発見し、着陸しようとするのだが・・・。