Jack, Kate en Sawyer zijn gevangen genomen door de mysterieuze Others. Nadat hun ontvoerders hen bedwelmd hebben en bloedmonsters hebben afgenomen, worden ze gevangen gehouden in afzonderlijke verblijven. De leiders - Ben en Juliet - proberen om de schipbreukelingen zich op hun gemak te laten voelen.

Sun en Jin's leven komt in gevaar wanneer Sayid probeert Jack en de andere vermisten terug te vinden. Sayid bedenkt een plan om de aandacht van de Others te krijgen. Ondertussen doet Ben een verleidelijk aanbod aan Jack, in ruil voor zijn medewerking. Kate en Sawyer hebben moeite met het aanpassen aan de moeilijke omstandigheden die hen worden voorgeschoteld door The Others.

Locke, Eko en Desmond komen verspreid over het eiland weer bij, na de implosie van het luik. Locke krijgt een boodschap van het eiland, waarin hem wordt gevraagd om de situatie die hij heeft veroorzaakt op te lossen. Hurley keert terug naar het kamp met de mededeling dat Kate, Jack en Sawyer gevangen zijn genomen. Desmond is extreem veranderd door de implosie, waardoor hij ineens mysterieuze nieuwe krachten bezit.

The Others voorkomen dat Sawyer en Kate kunnen ontsnappen. Sawyer is verbijsterd door de omvang van de maatregelen die zijn genomen om ze gevangen te houden. Jack krijgt de vraag om zijn medische kennis te gebruiken met het redden van het leven van een van The Others. Op het strand trekt Desmond's vreemde gedrag de aandacht. Hij begint aan de bouw van een mysterieus apparaat.

Een aantal schipbreukelingen gaan naar het 'Pearl station' om een computer te vinden die ze kunnen gebruiken om Jack, Kate en Sawyer te lokaliseren. Jack weet niet wie hij moet vertrouwen wanneer twee van The Others op gespannen voet met elkaar leven.

Jack maakt een beslissing over Ben's aanbod. Sawyer's leven komt in gevaar wanneer Pickett besluit om zijn dreigement uit te voeren. Locke ontdekt een verborgen boodschap die kan helpen met het ontrafelen van de geheimen van het eiland. Kate's herinneringen uit het verleden laten haar een belangrijke keuze maken.

Jack heeft The Others in een houdgreep wanneer hij Ben's leven in zijn handen heeft. Ondertussen proberen Kate en Sawyer te ontsnappen van hun onderdrukkers.

Nadat Desmond Claire heeft gered van de verdrinkingsdood, proberen Charlie en Hurley erachter te komen waarom Desmond de toekomst kan voorspellen. Desmond weet precies wat er wanneer gaat gebeuren.

Wanneer Kate en Sawyer terugreizen naar het kamp, krijgen ze een discussie over het wel of niet redden van Jack.

Kate heeft het nog steeds moeilijk met de beslissing om Jack achter te laten bij The Others. Ondertussen heeft Hurley een oud busje gevonden in de jungle.Kate heeft het nog steeds moeilijk met de beslissing om Jack achter te laten bij The Others. Ondertussen heeft Hurley een oud busje gevonden in de jungle.

Tijdens hun missie om Jack en Kate te redden, lopen Sayid en Locke tegen een mysterieus gebouw aan. In het kamp speelt Sawyer een tafeltenniswedstrijd, met al zijn bezittingen als inzet.

Claire heeft een idee over hoe ze een bericht kunnen sturen naar de buitenwereld. Charlie is echter sceptisch over het idee. Ook Desmond ziet het niet zitten en hij probeert het plan te saboteren. Als Claire probeert te achterhalen waar de tegenstand van beide heren vandaan komt, herinnert ze zich enkele traumatische gebeurtenissen uit haar verleden.Claire heeft een idee over hoe ze een bericht kunnen sturen naar de buitenwereld. Charlie is echter sceptisch over het idee. Ook Desmond ziet het niet zitten en hij probeert het plan te saboteren. Als Claire probeert te achterhalen waar de tegenstand van beide heren vandaan komt, herinnert ze zich enkele traumatische gebeurtenissen uit haar verleden.

Als de waarheid over haar ontvoering onder Sun's aandacht komt, begint Hurley het gedrag van Sawyer erg verdacht te vinden.

Kate en Juliet zijn gestrand in de jungle nadat Kate erachter is gekomen dat er een verrader onder hen is. Ondertussen kan een slechte houding van Sawyer hem duur komen te staan. Er gaan stemmen op om hem te verbannen van het strand, als hij zijn gedrag niet snel verandert.

De vreugde over de terugkeer van Jack is van korte duur als hij Juliet, een van The Others, aan de rest voorstelt. Ondertussen wordt Claire bedreigd door een vreemde ziekte.

Desmond overtuigt Hurley, Jin en Charlie ervan om met hem mee te gaan op een tocht door de jungle, nadat hij een reeks visioenen heeft gehad. Ondertussen trekt een wanhopige Kate meer naar Sawyer toe voor gezelschap als ze merkt dat Jack en Juliet het heel goed met elkaar kunnen vinden.

Sun laat Juliet haar onderzoeken wanneer ze erachter komt dat alle zwangere vrouwen van The Others hun zwangerschap niet hebben weten te overleven op het eiland. Ondertussen werkt Desmond samen met een onwaarschijnlijke vijand om een leven te redden.

Nadat hij The Others heeft verlaten neemt Locke Sawyer mee op pad door de jungle. Ze proberen samen een gemeenschappelijke vijand uit te schakelen. Ondertussen heeft Naomi cruciale informatie over vlucht 815.

Ben geeft informatie over het eiland aan Locke. Hij neemt hem mee op reis naar diverse locaties en brengt hem naar de mysterieuze Jacob.

Terwijl Jack een plan bedenkt om voor eens en voor altijd van The Others af te komen, ontdekt Sayid een fout in het systeem. Deze fout kan tot de redding van iedereen leiden. Maar Charlie moet hiervoor een zware en gevaarlijke taak op zich nemen. Eentje die Desmond's voorspelling uit kan laten komen.

De overlevenden bereiden zich voor op een invasie van The Others. Charlie en Desmond ontdekken de betekenis van het glazen luik.

De overlevenden bereiden zich voor op een invasie van The Others. Charlie en Desmond ontdekken de betekenis van het glazen luik.