Cuando Jack, Kate y Locke investigan la escotilla abierta, encuentran un hombre que vivía dentro de ella, quien cree que ellos son alguien más. Shannon tiene un misterioso encuentro en la selva.

Michael y Sawyer (quien está lesionado) tratan de sobrevivir al peligro del océano, mientras no pueden encontrar a Jin y Walt en ningún lado. El misterio de la escotilla se resuelve.

Jack y Locke descubren el propósito de la escotilla. Michael, Sawyer, y Jin son capturados por personas que creen que son "Los Otros".

Hurley sufre dificultades con una tarea asignada al interior de la escotilla. Michael, Sawyer y Jin descubren que sus captores son en efecto otros supervivientes del vuelo 815 de Oceanic.

Shannon ve a Walt por la isla en repetidas ocasiones y comienza a buscarlo. Con Sawyer cerca de la muerte, Ana Lucia y el grupo de la cola del avión llegan al campamento de los otros supervivientes.

Los 48 días después del accidente son renarrados desde el punto de vista de los otros supervivientes, que fueron atacados repetidamente por Los Otros.

La llegada de los otros supervivientes al campamento finalmente se produce pero por un malentendido todo acaba en una tragedia.

Kate piensa que se está volviendo loca mientras atiende a un herido Sawyer. Locke y Eko descubren más sobre Dharma, y Michael recibe un inesperado mensaje en el ordenador.

Eko le pide a Charlie que le guíe hasta el aeroplano que transportaba droga. Claire pierde la confianza en él al descubrirse que seguía ocultando droga.

Michael abandona a los supervivientes para ir en busca de su hijo. Jack, Locke y Sawyer lo persiguen, pero encuentran una sorpresa inesperada en la jungla.

Charlie sueña que la vida de Aaron peligra, y que sólo el bautismo puede salvarlo. Por otra parte, Sawyer ayuda a Hurley en su relación con Libby.

Cuando Sun es atacada, la tensión entre los supervivientes se acentúa y surge una lucha interna por el control de las armas.

Rousseau encuentra en la selva a un hombre que parece ser uno de Los Otros. Locke y Sayid se ponen de acuerdo para intentar sonsacarle información, pero todo acaba en una macabra tortura.

Cuando Aaron se pone enfermo, Claire, junto con Kate y Rousseau, va en busca del lugar donde ella fue llevada durante su secuestro para buscar medicamentos. Jack y Locke discuten sobre lo que deben hacer con su prisionero.

Sun cree que puede estar embarazada. Ana Lucia parte con Sayid en busca del supuesto globo que respaldaría la coartada de Henry Gale, el prisionero.

Cuando la escotilla entra en estado de alerta repentinamente, Locke es atrapado por una compuerta y sólo Henry puede pulsar las teclas. La búsqueda del globo finaliza con sorprendentes resultados.

Hurley sufre alucinaciones que le hacen comer y comer, e incluso intentar suicidarse, y es ayudado por Libby a superarlas. Locke comienza a tener dudas sobre el funcionamiento de la escotilla.

Rose está opuesta completamente al plan de Bernard de crear una gigantesca señal de SOS. Jack y Kate parten para negociar sobre la devolución de Henry a cambio de Walt.

Jack y Kate transportan a un exhausto Michael al campamento, quien da noticias sobre la realidad de los otros. Ana Lucía es atacada por Henry Gale y piensa en matarlo, y Hurley prepara su cita con Libby.

El Sr. Eko le pide ayuda a Locke para encontrar un lugar secreto, el cual él cree, tiene todas las respuestas a los misterios de la isla. Mientras tanto, Jack y los otros supervivientes intentan arreglárselas con la terrible situación en la escotilla.

Mientras los supervivientes lloran la pérdida de Ana Lucia y Libby, Michael continúa presionando a sus compañeros para que se le unan en una misión para rescatar a Walt de los Otros.

Los eventos llegan a un clímax cuando Michael lleva a sus amigos a través de la Isla para enfrentarse a los Otros. Mientras tanto, Desmond vuelve a la Isla en un velero, y decide junto a Locke ver qué pasa si el contador de El Cisne pasa de cero.

Jack, Kate, Hurley y Sawyer, guiados por Michael se acercan al campamento de los Otros. En la Escotilla, Desmond y Locke han logrado echar a Eko y se preparan para ver qué ocurre si no pulsan el botón.