Miután a kabint sikerült felrobbantaniuk a túlélőknek, Jack mindenkit visszaparancsol a táborba, hiszen jól láthatóan nincsen hely ennyi ember számára. Locke és Kate azonban az éj leple alatt visszaosonnak. Shannon észreveszi, hogy a kutya eltűnt, ezért elindul megkeresni. Ekkor látja meg Waltot. A teljesen átázott kisfiú mintha mondani próbálna valamit.

Miután a tutajt az idegenek felgyújtották és Waltot elrabolták, Sawyer az eszméletlen Michaelt a felszínen tartva az óceánban hánykolódik. Ráadásul a válla is megsérült, a vérszag pedig könnyen odacsalogathatja a cápákat. Jin eltűnt a hullámokban. Kate tehetetlen, mivel Locke megkötözte az idegen férfi utasítására. Claire megtalálja Charlie szobrát, arra azonban nem jön rá, hogy a belseje drogot rejt. A visszaemlékezésekben Michael emlékeivel szembesülünk, a kétségbeesett igyekezettel, ahogyan a fiát szeretné megtartani. A válás után azonban az anyának ítélik a gyereket, így búcsút kell venniük egymástól. A szigeten Locke megtalálja az eszméletlen Kate-t.

Visszautazunk az időben, így Kate szemszögéből is láthatjuk a kabinban lejátszódó eseményeket. Jack válaszokat követel Desmondtól, aki elmeséli, hogy egy Föld körüli vitorlásversenyen vett részt, amikor partra vetették a hullámok. Itt egy magát Kelvinnek nevező férfi a kabinba vezette, és utasította, hogy minden 108. percben vigyen be egy megadott számsort a számítógépbe. Csak így mentheti meg a világot. Jack szerint ez egy pszichológiai kísérlet, semmi valóságalapja nincs, Desmond ennek ellenére mindent elkövet, hogy rendbehozza a számítógépet. Michael, Sawyer és Jin a parton rájuk támadó idegenek fogságába esik. Egy ismeretlen nőt is közéjük zárnak.

Sawyer, Jin és Michael kiszabadul a gödörből, ahova foglyulejtőik zárták őket. Kiderül, hogy ők is túlélők, akik a gép hátsó részén utaztak. Mostanra csak öten maradtak a huszonháromból. A jó hír a sok rossz között, hogy az egyik túlélő Rose férje, Bernard. Elviszik Sawyert, Jint és Michaelt a bunkerukba, ahol eddig éltek, és megvitatják, hogy mit tegyenek. Eközben Sayid felfedező útja során rájön, hogy a mágneses fal Csernobilban található anyaghoz hasonló, amivel egy ismeretlen el akar rejteni valamit. Továbbra is folyik a vita az élelem miatt. Majd végül sikerül egy mindenkit kielégítő megoldást találniuk.

Sun nagyon feldúlt lesz, amikor észreveszi, hogy eltűnt az eljegyzési gyűrűje. Eközben a sziget másik oldalán Jin elkeseredett kísérletét követhetjük figyelemmel, amint megpróbál visszatérni feleségéhez. Michael megnyugtatja, hogy nemsokára újra megtalálják egymást. A túlélők segítenek Sunnak a gyűrű keresésében. Hurley a kutyát tartja a tettesnek. Sun végül kifakad, amikor ráébred, hogy nem a gyűrű miatt történik az egész. Valójában fél, hogy elveszíti a férjét, ahogy a gyűrűt is. Locke azt mondja neki, hogy ha valamit meg akar találni, néha abba kell hagyni a keresését.

Shannonnak új búvóhelye van, és behívja Sayidot éjszakára. Amikor Sayid elmegy innivalóért, úgy tűnik visszarendeződik minden a régi kerékvágásba. De aztán Walt besétál a sátorba nedvességtől csöpögő ruhában. Shannon sikítani kezd, de mire Sayid visszaér, Walt ismét eltűnik. A hangzavarra mindenki felébred. Sayid azt állítja mindenki előtt, hogy Shannon csak álmodott, és nincs semi gond. Később Claire és Charlie között vita bontakozik ki a gyereknevelés miatt.

Vissza a múltba: a 815-ös járat leszakadt farokrésze becsapódik a vízbe. Újabb káosz veszi kezdetét: lángoló roncsdarabok, sérült utasok mindenfelé. Eko egy kislányt cipel megrémülve. Ana Lucia a kislány újraélesztését vezényli. Emma, felébred és az anyjáért kezd sírni. Ana megígéri neki, hogy rövidesen megtalálják és minden rendben lesz. Hamarosan kiderül, ezek az emberek ugyanarra a szigetre zuhantak le, ahol a többi túlélő is tartózkodik, immár 48 napja.

Kitör a pánik, amikor Ana Lucia és csapata rábukkannak Sayidre és más kitaszítottakra a szigeten. Ana Lucia lelövi Shannont és fogjul ejti Sayidet. Kate és Jack próbálják megmenteni Sawyer életét, amikor Mr. Eko maga viszi el őt a táborba. Ana Lucia végül elengedi Sayidet, aki elviszi magával Shannon testét a táborba. A visszapillantások felfedik Ana Lucia zaklatott rendőri életét, miután egy korábbi gyanúsítottal való lövöldözés következtében elvesztette magzatát.

Ahogy új nap ébred, Jin és Sun egy nagyon intim pillanatot osztanak meg egymással. Számukra a napfelkelte az új kezdet - a második esély a szerelemre. Sawyer még mindig életveszélyes állapotban van, magas a láza, és vérfertőzést kapott. Jack antibiotikumot ad neki, de nem lehetnek biztosak benne, hogy használni is fog. Ahogy Kate háttértörténete folytatódik, fény derül a titokra, miszerint saját apját ölte meg. Kate azt gondolja, hogy valami Sawyerhez hajtja. Locke és Eko érdekes felfedetzést tesznek a filmben, amit Desmond hagyott rájuk.

Ebben a részben fény derül arra, miért fogadott Eko 40 napos szótlanságot. Claire kezdi elveszteni a bizalmát Charlieban, miután Eko egyre többet kérdezgeti a Szűz Mária szoborról. Kate levág egy tincset Sawyer hajából, aki épp gyógyulni kezd. A visszatekintésben látjuk Eko múltját, és kiderül az is, hogy drogot akart kicsempészni az országból, hogy az érte kapott pénzért gyógyszereket és segélyeket vigyen szülőfalujába. Miután Charlie visszatér a táborba, győzködni kezdi Clairet, hogy semmi köze nincs a dologhoz, de aztán az éjszaka közepén kimegy a dzsungel közepébe, és elássa a szobrot - a sok másik közé.

Jack, Locke és Sawyer követik az elszánt Michaelt a dzsungelen át, a rettegett idegenek közé, hogy megtalálják Waltot. Eközben Sun különös módon reagál, amikor Jin azt követeli, hogy fogjanak neki ők is a keresésnek. Hurley és Charley azonban semmiképpen nem ért egyet a nőkkel. A visszatekintésben Jack és apja, Christian múltjáról tudunk meg részleteket. A jelenben, a szigeten, Jack Locke oldalán találja magát egy küldetésben, melynek során meg kell menteniük egy bajtárs túlélőt, Michaelt.

A visszatekintésben Charlie gyerekkorának egy részletét látjuk, amikor karácsony reggelén az édesanyja egy vadonat új zongorához vezeti őt, de még mielőtt élvezni tudná az ajándékot, keservesen megtanulja, hogy ennek ára van. Visszatérve a szigetre látjuk, hogy Charlie egyre elkeseredettebben küzd a bezártság ellen. Kétségbeesetten hiányzik neki Claire és a gyerek, de az érzés nem kölcsönös. Claire nagyon jól érzi magát, különösen Locke-kal.

Néhány szigetlakó attól fél, hogy az idegenek visszatértek, amikor Sun komolyan megsérül a növényes kertjében egy megbukott emberrablási kísérlet közben. A bizalmi korlát meggyengülni látszik Locke és Jack között, ami abban nyilvánul meg, hogy elzárják a fegyvereket, hogy így tartsák biztonságban őket. Az idő során Jack, Locke, Kate és Ana Lucia között egyre nagyobb lesz a feszültség. Végül a visszatekintések sokmindent felfednek Sawyer művész múltjáról.

A visszatekintés Irakban játszódik, az első Öböl-háború idején. Miközben bombák hullanak mindenhol, egy brutális parancsnok arra utasítja a katonáit, hogy semmisítsenek meg minden iratot, mielőtt túl késő lenne. Nem sokkal később amerikai katonák fogságába esnek, szerencsére egyikük beszél angolul. Ő Sayid. A szigeten vagyunk ismét. Sayid megtalálja Rousseau-t a parton, és megkérdezi tőle, mit keres ott, mire a lány elmondja, hogy valami nagyon fontosat akar mutatni neki, és keresztül vezeti a dzsungelen. Végül elérnek egy túlélők által felállított csapdához, amelyben egy kapálózó embert találnak.

A visszatekintésből megtudjuk, mi történt Claire-rel, amikor elrabolták az Idegenek. Rousseau megjelenik a táborban, és elmondja Claire-nek, hogy talán a gyermeke "megfertőződött". Claire elhatározza, hogy elindul, és megkeresi a választ a kérdésre. Rousseau és Libby segítségének hatására bevillan néhány emlékkép, így Claire rájön, hogy elvitték valahova a szigeten, és valamilyen oltóanyagot adtak be a gyerekének. Mivel az az egyetlen módja, hogy meggyógyítsák Aaront, ha megtalálják a vakcinát, Claire Rousseau és Kate segítségét kéri. Időközben Jack és Locke próbálják megtartani a titkukat a többi túlélő előtt, de a dolog egyre nehezebbnek bizonyul.

Amikor Sun elkezd émelyegni és szédülni, vesz egy terhességi tesztet, ami pozitív lesz. Ám ahelyett, hogy boldog lenne, összezavartnak látszik. Hogy miért, azt megtudjuk a visszatekintésből. Miután Jack és Sayid kísérlete kudarcba fullad, hogy kivallassák a foglyot, Locke arra gondol, Ana Lucia talán rá tudja venni Henry Gale-t, hogy elmondja, hogyan került a szigetre. Ezután Ana Lucia, Sayid és Charlie útra kelnek a dzsungelbe, hogy ellenőrizzék Henry sztoriját.

A visszatekintésben a boldog, kiegyensúlyozott, elégedett John Locke felügyelő épp meg akarja kérni Helen kezét, amikor megtudja, hogy az apja meghalt. Hamarosan kiderül azonban, hogy a férfi csak megrendezte a halálát, mert egy igen nagy összeget lopott el. Felajánlja a pénz egy részét Locke-nak, ha fedezi őt. A szigeten vagyunk újra, ahol Ana Lucia, Sayid és Charley a dzsungelben próbál rájönni az igazságra Henryvel kapcsolatban. Hamarosan egy sírra bukkannak, amiről feltételezik, hogy Henry Gale feleségét rejti magában, ráadásul megtalálják a léggömböt is.

A visszatekintésben láthatjuk Hurleyt abban az időszakban, amit az elmegyógyintézetben töltött. Látjuk, ahogyan függősége kísérti a szigeten is, úgy kísérti egy barát a múltból - egy társa az intézetből, ami miatt Hurley kezdi elveszteni a józan eszét.

Ahogy Locke felépül az ajtó okozta sebekből, kezd elharapódzni a viszony Henryvel. Henry ugyanis elmondja Sayidnek, hogy ő is egy Idegen, de megölik, ha beszél erről. A csapat tehát nehéz helyzet előtt álló Hurley és Libby kapcsolata is felmelegedni látszik, amikor Libby elhatározza, hogy formába hozza Hurleyt, erre ő bevallja Libbynek, hogy "beteg", és megmutatja neki, hogy mennyi ételt halmozott fel. Libby azt javasolja neki, hogy pusztítsa el a készletét, de abban a pillanatban, ahogy ezt megtenné, a többi túlélő megtudná, mit tett, és Hurley összeomlana.

A visszatekintésben látjuk Ana Luciát, amint szembekerül az édesanyjával - aki egyben a kapitánya is -, megismerhetjük karrierjének végét a rendőrségnél, és rövid kapcsolatát Jake apjával, Dr. Christian Shepharddel. Újra a szigeten: Jack és Kate az eszméletlenül fekvő Michaelbe botlanak a dzsungel mélyén, majd visszaviszik a táborba. Henry megpróbálja megölni Ana Luciát, de Locke megmenti a nőt az utolsó pillanatban, ezért Ana Lucia megpróbálja rávenni Sawyert, hogy adjon neki egy fegyvert, hogy megölhesse Henryt. Hurley meglepetést tervez Libby számára, ezért elviszi egy titkos helyre piknikezni.

Eko arra kéri Lockeot, segítsen neki megtalálni egy rejtekhelyet, ahol talán megérthetik a sziget titkait. Eközben Jack és a többi túlélő próbál belenyugodni a bunkerben történt szörnyű eseménybe.

Michael puskát szerez, hogy megmenthesse a fiát. A csoport nagy örömmel fogadja a visszatérését, és hajlandóak neki segíteni a mentőakcióban. Michael azonban különös módon ragaszkodik ahhoz, hogy csak Jack, Kate, James és Hurley tartsanak vele az akcióban. A kérés ellenére Sawyer is csatlakozik hozzájuk, annak ellenére, hogy csapdát sejt. Mielőtt nekivágnának, megjelenik egy vitorlás, rajta egy régi ismerőssel.

A csapat elindul Michael fiának a megmentésére. Útközben azonban kiderül, hogy csapdába sétálnak. Michael bevallja a többieknek, hogy megzsarolták és egyezséget kötött: a négy emberért cserébe visszakapja a fiút. Desmond az őrület határán áll, és arra kéri Johnt, hogy két év után végre engedje szabadon. Echo és Charlie az ajtón túlról egy robbantással próbálja megállítani Johnt, aki egyre biztosabb abban, hogy nincs értelme nyomogatni a gombot.

Desmond számára lassan világossá válik, hogy a kísérlet a szigeten nem is az épületen belül zajlik, és hogy a gomb nyomogatásával jelentős szerepet játszott abban, hogy a gép lezuhanjon. Egy váratlan segítség révén azonban hamarosan rájön, mit kell tennie, és nem habozik megnyomni a legfontosabb gombot. Sawyert lelövik, miután kérdőre vonja Michaelt, aki nem mondott el mindent az igazságról. A csapat végül besétál a csapdába, és sorsuk ezzel megpecsételődni látszik.