ついにハッチが開けられたが、ハッチの中に下りたがるロックと慎重なジャックが口論になる。そして洞窟でいなくなったビンセントを探しに出たシャノンが森に入っていく。サイードも後を追い、ビンセントを見つけたのだが…。

ケイトの後を追って、ハッチの中へ下りていくロックは、突然背後から銃を向けられる。そして再びあの謎の数字に行き着くことになる。その人物は一体何者なのか？一方、イカダで脱出したマイケルとソーヤーの前にあの島が…。

島に辿り着いたソーヤーとマイケルは手を縛られたジンの姿を発見した。ハッチの中では、謎の男デズモンドがこの島にやってきた経緯を話し始める。そして数字を押し続ける理由も・・・。反発しあうジャックとロックを尻目に、デズモンドはハッチから逃走。壊れたコンピューターにより、数字が押せなくなった彼らに何が起こるのか？

マイケルたちはアナ・ルシアらと同じ「815便の乗客」であることを説得し、ついに穴の外に出ることを許される。一方、食料管理を任されたハーリー。責任を感じながら仕事にとりかかるが、食べ物に執着していた昔の過去を思い出し、この任務に思い悩む。

結婚指輪を失くして落ち込むサンのためにそれぞれが協力して探し始める。アナ・ルシアたちは、ジャックたちがいるビーチに行くことを決意し、長旅に備え、水と食料の調達に出かける。だが、「他のものたち」がジャングルの中にいると聞いたマイケルは、ウォルトを探しに一人ジャングルへ脱走。その後を追ったジンとミスター・エコーはついに「他のものたち」を目撃してしまう。

サイードはシャノンとロマンテックな夜を過ごしていた。だが、ウォルトの幻影を見ては激しく取り乱す症状が続く。一方、道に迷ったアナ・ルシアはビーチで待つ生存者との合流を目の前にして突然ウォルトの幻影を追って飛び出してきたシャノンと出くわし、思いがけない悲劇が起こる。

815便の機体後部たち23名の知られざる日々。墜落後、救助を待つ生存者たちだったが、1日目の夜に何者かに襲われ、数名がさらわれた。残された人々は、恐怖におびえながら過ごしていき、次第にお互いに対して疑心暗鬼になる。

シャノンを失ったサイードはアナ・ルシアに殴りかかる。そして明かされるアナ・ルシアの過去。アナ・ルシアの独裁的なやりかたに疑問を感じた一行は、ジャックたちがいる海岸へと向かう。

負傷して依然昏睡状態のままのソーヤーが、看病しているケイトへ向かってうわごとで言った意味深な一言。そしてやっと2つの生存者グループは合流を果たす。そんな中、ジャックとロックがハッチに戻ると、警告音が鳴り響き、時計のカウントダウンが始まっていた。

マリア像の話をクレアから聞いたミスター・エコーは急に血相を変え、チャーリーにマリア像のあった飛行機の所へ案内しろと言い、二人ジャングルへ入って行く。マリア像の正体を知り、不信感を抱くクレアに対し、チャーリーは必死で失った信用を取り戻そうとする。

一人でウォルトを探しに行くためにマイケルは突然ジャックを銃で脅し、ロックと共に武器庫に閉じ込め、逃走。そんなマイケルを追い、ロック、ソーヤー、ジャックの3人はついに「他のもの」を名乗る男に遭遇する。

クレアとの信頼関係が崩れ、落ち込むチャーリー。そんな中、次第にロックを慕うようになるクレア。その精神状態からかアーロンに危険が迫る夢ばかり見てしまうチャーリー。そしてついに無意識にアーロンを連れ出してしまう…。

武器と医療品1つの場所に保管して管理することに合意したロックとジャック。だが、銃が武装庫からなくなっているのを発見した彼らは、仲間に裏切り者がいると疑う。そんな中、菜園で作業していたサンが何者かに襲われる。

再び現れたルソーは、自分が仕掛けた罠にかかった男をサイードに見せる。「他のもの」のうちの一員かもしれない彼に対し、サイードが過去に封印していた邪悪な一面を呼び覚ます。

サンは自分の体の変化、そしてジンには打ち明けることができない秘密を知ってしまう。一方、ロックは捕らえた男に対し、警察官であったアナ・ルシアに尋問するよう頼む。

突然ハッチのスピーカーから声が聞こえ、急にカウントダウンが始まる。カウントが「0」になった瞬間、ロックとヘンリーは完全に閉じ込められてしまった。一方、ヘンリーの話の真偽を確かめる為、彼が乗ってきたという気球を探しにサイードたちはジャングルへ。そこで彼らが見つけたものは？

食べることに執着する自分と決別するため、自分が隠し持っていた食料のすべてを捨てるハーリー。だが、その直後になぜか再び大量の食料が空から降ってきた。そして食料に群がる人々の中に、ハーリーは、いるはずのない友人の姿を見る…。

監禁しているヘンリーの解放を条件にウォルトだけでも取り返そうとするジャック。だが、無念にもそれはヘンリーに却下され、ウォルトが捕われた理由が気になる。一方、バーナードは島の生活に満足している人々に疑問を抱き、島から脱出しようと再び呼びかけようとする。

ハッチ内で突然ヘンリーがアナ・ルシアに襲いかかる。幸いなことにロックが入り、彼女は助かった。しかし、ロックは以前、身動きが取れなかった自分には何もしなかったヘンリーのことを思い出し、ヘンリーがここに来た理由に対し、疑問を抱く。

ミスター・エコーは、夢の中であるメッセージを受け、ロックを捜しにハッチへと向かう。その頃、ハッチに到着したジャックらの前に、傷を負ったマイケルが飛び出してきて、そこに広がるハッチの中の光景に言葉を失う。

ウォルトを一刻も早く助け出したいマイケルは、ジャックを含めた4人を選び、「他のもの」たちへ向かうべきだと必死に説得する。そして海岸に教会を建て、自分の価値を見出そうとするチャーリーだが、突然ミスター・エコーに反対され、また落ち込む。

海岸に現れた船で「他のもの」たちのところに先回りしてウォルトを救出しようとするジャックとサイード。そしてマイケル、ケイト、ソーヤー、ハーリーの4人は自分たちに待ち受けている危険を知らずに、ひたすらジャングルへと突き進む。

数字を打ちつづけることに疑問を感じたロック。それを確かめるためにハッチからミスター・エコーを締め出し、数字を打たず、カウントダウンが始まる。果たして彼らは、そして島はどうなってしまうのだろうか？