La trappe, finalement ouverte, donne sur une sorte du tunnel qui descend jusqu'à une quizaine de mètres au moins sous la terre. Tandis que Locke est partisan de tout faire pour explorer les lieux, Jack veut retourner au camp. La menace des autres pèse toujours, et la protection des disparus passent avant tout... Aux grottes, la pression monte. Shannon, qui a perdu le chien que Walt lui avait confié, part à sa recherche...

Les "autres" ont emmené Walt avec eux et fait explosé le radeau. Blessé à l'épaule par une balle, Sawyer se réveille dans l'eau. Il nage tant bien que mal vers un amas de planches qui flotte. Alerté par les cris de Michael, il tente de lui porter secours... Kate ne donnant plus de signe de vie, Locke décide de descendre à son tour par la trappe...

A peine parvenus à rejoindre le rivage, Sawyer et Michael tombent sur Jin qui tentent d'échapper à des poursuivants. Les trois hommes n'ont pas le temps d'agir, ils se retrouvent prisonniers... Une balle perdue endommage l'ordinateur. Desmond panique, il doit à tout prix saisir les codes avant la fin du compte à rebours. Jack trouve cette situation absurde. Pour dissiper les interrogations de Locke et Jack, Desmond leur conseille de visionner un film intitulé "Orientation"...

Mis au secret sur l'existence du bunker et de ses spécificités, Hurley a la responsabilité de la nourriture qui y est stocké. Ces changements font naître chez lui des craintes qui lui rappellent de mauvais souvenirs... Pendant ce temps, Sawyer, Michael et Jin en apprennent un peu plus sur ces gens qui les retiennent prisonniers... Claire découvre que la bouteille contenant tous leurs messages leur est revenue. Que doit-elle en conclure sur le sort des survivants qui étaient sur le radeau ?...

Sun est dans tous ses états : elle a perdu son alliance, son seul lien avec son époux disparu. Quatre jours sont passés, et les chances de le revoir sont minces... Ana-Lucia et ses compagnons décident de faire le plein de provisions avant d'entamer une longue marche jusqu'au camp des autres survivants, de l'autre côté de l'île...

Jin, Michael et Eko rejoignent le reste du groupe. Ensemble, ils se mettent en route vers le campement des disparus. Mais Sawyer, blessé, a du mal à suivre... Alors qu'elle se rapproche de Sayid, Shannon est une fois de plus hantée par les visions de Walt. Elle décide, avec l'aide de Vincent, de se mettre à la recherche du jeune garçon... Locke propose son aide à Claire, qui a du mal à calmer son fils...

L'arrière du vol 815 s'est échoué en pleine mer, près du rivage. Certains passagers parviennent à remonter à la surface et nager jusqu'à la plage. Les victimes sont nombreuses et les rescapés sous le choc tentent de venir en aide aux blessés. Ana-Lucia, Eko, Bernard et Libby font partie des survivants. Mais ils ne savent pas encore qu'un danger les menace sur l'île...

Ana-Lucia réalise qu'elle vient de tuer une innocente. Craignant de faire les frais de la fureur d'un homme amoureux désespéré, elle neutralise Sayid et l'attache à un arbre. Ses amis tentent de la faire revenir à la raison. Mais même Eko n'arrive pas à lui faire entendre raison...

Jack seconde Kate au chevet de Sawyer. La jeune femme en profite pour aller cueillir des fruits frais. Elle fait, en chemin, une troublante rencontre... Alors que la plupart des survivants se rendent à l'enterrement de Shannon, Kate préfère rester près de Sawyer. Lorsque celui-ci tente de l'étrangler, elle prend peur : serait-elle en train de perdre la raison ou est-ce l'île qui lui joue des tours ?... Locke fait découvrir le film à Michael et Eko...

Lorsqu'il apprend que Charlie est en possession d'une statuette de la vierge Marie, Eko devient agité. Il oblige le jeune homme à le conduire à l'endroit, au fin fond de la jungle, où il a trouvé la statuette. Connaissant les problèmes de Charlie avec la drogue, Claire n'apprécie pas que celui-ci lui ait caché le contenu de la statuette... Michael n'a qu'un seul objectif : retrouver son fils...

Jack, Locke et Sawyer partent dans la jungle à la recherche de Michael. Armé et déterminé, ce dernier veut retrouver les autres, ceux qui ont enlevé son fils, Walt. Lorsque Kate veut se joindre à eux, Jack s'y oppose fermement. Jin s'apprête également à rejoindre ses amis pour leur prêter main forte, mais Sun tente de l'en dissuader...

Charlie fait un rêve étrange dans lequel il doit sauver Aaron, en danger. Inquiet, le jeune musicien veut s'assurer que l'enfant va bien, mais Claire le tient à distance. Elle ne lui pardonne pas de lui avoir menti. Le comportement de Charlie amène tout le monde à penser qu'il a replongé dans la drogue... Intéressé par Libby, Hurley ne sait comment s'y prendre... Quant à Jack, il passe beaucoup de temps dans la jungle avec Ana Lucia...

Rousseau a capturé un homme dans la jungle. Persuadué qu'il fait partie des Autres, elle le livre à Sayid, car elle sait que celui-ci saura le faire parler et lui soutirer la vérité. L'inconnu prétend être perdu sur l'île depuis quatre mois et ne pas connaître les Autres. Faut-il le croire ? Est-il l'un d'eux ? Sayid a-t-il raison de le ramener au camp ?...

Claire est inquiète : son bébé est malade et elle est persuadée qu'il est atteint d'une infection contractée lorsqu'elle avait été kidnappée par les Autres. Des bribes de souvenirs de ces deux semaines effacées de sa mémoire commencent à lui revenir... Jack et Locke gardent le secret sur l'individu qu'ils retiennent prisonnier à la trappe...

Sun est prise de nausées et de vertiges. Pour en avoir le coeur net, elle décide de faire un test de grossesse, qui s'avère positif. Mais, étrangement, cette nouvelle ne la rend pas heureuse. Confuse, elle se souvient du temps où Jin et elle tentaient désespérément d'avoir un enfant... Pendant ce temps dans la trappe, Ana-Lucia est appelé en renfort pour interroger le mystérieux Henry Gale...

Pendant que Ana-Lucia, Sayid et Charlie recherchent la montgolfière pour vérifier son histoire, Henry sème le trouble dans les esprits de Jack et Locke. Inquiet de savoir Ana-Lucia tombée dans un piège, le médecin part à sa rencontre, laissant Locke seul avec le prisonnier. Des événements étranges commencent à se produire dans la trappe...

Alors qu'il essaie en vain de régler son problème avec la nourriture, Hurley apprend qu'un stock de nourriture a été parachuté sur l'île... Sayid, Ana-Lucia et Charlie sont de retour de leur petite excursion. Ils ont bien trouvé la mongolfière et la tombe. Le problème est que Sayid, toujours sceptique, a tenu à exhumer le corps. Ils ont alors découvert non pas une femme, mais un homme du nom d'Henry Gale. Qui est donc cet imposteur ?...

Bernard tente de rassembler un maximum de survivants pour dessiner sur la plage un grand signe “S.O.S.” Rose, sa femme, met en doute l'utilité d'un tel message et bientôt, à cause du comportement de Bernard, les autres survivants abandonnent... Pendant ce temps-là, Kate et Jack s'enfoncent dans la jungle, à la rencontre des Autres dans le but de leur proposer un marché...

Jack et Kate sont de retour au camp avec Michael, très affaibli. Après avoir repris ses esprits, il leur parle des Autres. Ana Lucia tente de reccueillir les confessions du prisonnier. Quant à Hurley, il cherche un moyen d'impressionner Libby...

Jack, Sawyer, John et Kate retournent à la trappe pour empêcher Ana Lucia de commettre l'irréparable. Sur place, ils découvrent Michael blessé. Le prisonnier s'est échappé laissant derrière lui les cadavres de Ana Lucia et Libby... Mr Eko entraîne Locke à la poursuivre du fuyard. Sa véritable motivation est d'aider John à découvrir le mystère du point d'interrogation sur l'île...

Michael tente de convaincre Jack et quelques autres de l'aider à sauver Walt. Le médecin s'apprête à organiser une armée pour traverser l'île, mais Michael refuse de prendre des risques inutiles. Il tient à ce qu'ils soient en petit comité... A la grande surprise de Charlie, Eko s'installe dans la trappe, oubliant la construction de l'église...

Alors qu'ils font leurs adieux à Ana Lucia et Libby, les disparus découvrent un bateau qui se dirige vers eux. A bord se trouve Desmond ! A défaut de ne pouvoir fuir l'île, celui-ci se noie dans l'alcool... Sayid, persuadé de la trahison de Michael, propose à Jack un plan pour surprendre les Autres... Quant à Locke, agacé d'avoir été l'instrument d'une expérience durant tout ce temps, il veut savoir ce qu'il se passe lorsqu'on n'appuie plus sur le bouton...

Après avoir poussé Michael à avouer ses véritables motivations au reste de l'équipe, Jack leur confie qu'il a un plan pour coincer les Autres... Locke a convaincu Desmond de l'aider à découvrir ce qui passe lorsqu'on n'appuie plus sur le bouton une fois le compte à rebours écoulé. Eko, déterminé à les empêcher de commettre cette folie, veut utiliser des explosifs pour faire sauter la porte qui le sépare de l'ordinateur...