Jack, Locke en Kate ontdekken het geheimzinnige luik, maar Jack besluit om nog even te wachten met naar beneden gaan. Kate en Locke zijn niet zo geduldig. Als Shannon op Vincent (de hond) jaagt, ontmoet ze een bekend gezicht in de jungle.

Met de ontvoering van Walt vers in gedachte, hun vlot vernietigd, en Jin die ontbreekt, vechten Michael en Sawyer voor hun leven in de oceaan. Ondertussen moet Locke afdalen in het luik als Kate binnen vermist blijkt te zijn. Jack volgt niet veel later. Ten slotte zien we in een flashback meer van de moeilijke relatie van Michael met zijn ex-geliefde Susan en hun baby Walt. Ze vechten om de voogdij van Walt en Michael moet hem uiteindelijk laten gaan.

Jack, Locke en Kate ontdekken meer geheimen over het luik. Ondertussen, nadat ze zijn geslagen en gevangen genomen, vragen Sawyer, Michael en Jin zich af of hun ontvoerders zijn collega-overlevenden zijn of dat ze te maken hebben met de gevreesde 'Others'. De flashbacks onthullen meer over het verleden van Locke.

Hurley worstelt met een toegewezen taak binnen het luik. Ondertussen komen Sawyer, Michael en Jin achter de identiteit van hun ontvoerders op het eiland. Claire ontdekt een verrassend stukje informatie over het vlot.

Michael vertrekt naar de jungle, vastberaden om Walt terug te vinden. Al snel ontdekt hij dat hij niet alleen is. Ondertussen worden Sawyer en Jin bevolen om de ontvoerders mee te nemen naar hun kamp. Sun is op zoek naar haar vermiste trouwring.

Sawyer's wond begint levensbedreigende vormen aan te nemen. Hij is samen met Michael en Jin op weg naar hun eigen kamp. Ondertussen wordt Shannon weer achtervolgd door visioenen van Walt.

De eerste 48 dagen van de levens van de andere overlevenden worden vertoond. Flashbacks onthullen het verhaal van Ana-Lucia, Mr Eko, Bernard, Libby en andere overlevenden nadat ze zijn neergestort aan de andere kant van het eiland. Als ze besluiten het eiland in te gaan trekken om te proberen The Others een stap voor te blijven, beseffen ze dat er iemand onder hen is die niet op vlucht 815 zat.

Geweld barst los als Ana Lucia en haar groep tegen Sayid en de andere schipbreukelingen op het eiland aanlopen. Ana Lucia houdt Sayid gevangen. Kate en Jack houden een oogje op Sawyer wanneer Mr Eko hem terug brengt naar het kamp. Flashbacks onthullen het onrustige leven van Ana Lucia als agent.

In het vervolg van Kate's flashback, zien we haar oorspronkelijke misdaad. Locke en Eko doen een interessante ontdekking over de film en Michael heeft een mysterieuze ontmoeting met de computer.

Deze aflevering laat zien waarom Mr. Eko zijn mysterieuze 40-dagen stilte in stand houdt. Claire begint het geloof in Charlie te verliezen nadat Mr. Eko hem stevig begint te ondervragen over de Maria standbeeldjes. Kate geeft de herstellende Sawyer een nieuw kapsel.

Charlie heeft angstig realistische dromen, die hem vertellen dat baby Aaron in gevaar is. Als hij dit aan Locke vertelt, denkt Locke dat Charlie weer drugs heeft gebruikt. Ondertussen moedigt Sawyer Hurley aan om op Libby af te stappen.

Een deel van de overlevenden zijn bang dat The Others terug zijn gekeerd, nadat Sun ernstig gewond is geraakt. De vertrouwensband tussen Locke en Jack wordt op de proef gesteld aangaande het opsluiten van de wapens. Ondertussen is Sawyer een geamuseerd toeschouwer als het escaleert tussen Jack, Locke, Kate en Ana Lucia. Wanneer Jack met opzet de medicatie van Sawyer afpakt, duwt hij hem meer in de richting van Locke.

Wanneer Danielle Sayid naar een mysterieuze plek in de jungle brengt, is hij vastberaden om erachter te komen of ze een van The Others is.

Een mysterieuze ziekte die baby Aaron plotseling treft brengt een wanhopige Claire, Kate en Danielle terug naar de plek waar Claire in eerste instantie werd ontvoerd. Ze gelooft dat ze daar medicatie voor Aaron kan vinden. In de tussentijd doen Jack en Locke hun best om een geheim verborgen te houden van de rest van de overlevenden op het eiland.

Sun komt tot de ontdekking dat ze zwanger zou kunnen zijn. Ze twijfelt erover het aan Jin te vertellen. Ondertussen, nadat pogingen van Jack en Sayid zonder succes bleven, is Ana Lucia gevraagd door Locke om de nieuwe gevangene, Henry Gale, te ondervragen. Ze moet proberen om meer informatie uit hem te krijgen over de luchtballon, waarmee hij en zijn vrouw zogenaamd landde op het eiland.

Wanneer het luik plotseling een eigen leven begint te krijgen, is Locke gedwongen om de hulp van een onwaarschijnlijke bondgenoot in te schakelen. Ondertussen gaan Ana Lucia, Sayid en Charlie de jungle in om achter de waarheid over Henry Gale te komen. Ze gaan kijken of er echt een ballon in de jungle te vinden is.

Libby ontfermt zich over Hurley die denkt dat het eiland een vreemde invloed op hem heeft. Hurley denkt dat hij Dave ziet op het eiland, een vriend die hij heeft leren kennen in de psychiatrische inrichting.

Rose is verrassend fel tegen het plan van Bernard om een SOS-signaal te maken. Er slaan romantische vonken over tussen Jack en Kate als ze samen de jungle intrekken voor een tocht naar The Others. Locke begint zijn geloof in het eiland te verliezen.

Nadat ze Michael uitgeput in het bos hebben gevonden, brengen Jack en Kate hem terug naar het kamp. Als hij wakker wordt, heeft Michael een aantal nieuwe details over The Others. Hurley is bezig met het plannen van een date met Libby.

Mr Eko heeft dromen over zijn broer. Ondertussen moeten Jack en de andere overlevenden om zien te gaan met de verschrikkelijke situatie in het luik, na de dood van Ana Lucia en Libby.

Een vastberaden Michael overtuigt Jack en een aantal andere schipbreukelingen om hem te helpen Walt terug te halen van The Others. Wanneer Jack weg gaat, is Locke verantwoordelijk geworden voor het luik. Hij moet beslissen of hij Henry kan geloven.

Na weer een verrassende ontdekking, komen Jack en Sayid met een plan om The Others aan te spreken Walt terug te halen. Tegelijkertijd komt er een antwoord op de vraag waar Michael is. Ondertussen vliegen Eko en Locke elkaar in de haren als Locke een potentieel catastrofale beslissing maakt over de knop en het luik. Ten slotte keert Desmond terug. Hij verteld over zijn ervaring op het eiland in de afgelopen drie jaar.

Na weer een verrassende ontdekking, komen Jack en Sayid met een plan om The Others aan te spreken Walt terug te halen. Tegelijkertijd komt er een antwoord op de vraag waar Michael is. Ondertussen vliegen Eko en Locke elkaar in de haren als Locke een potentieel catastrofale beslissing maakt over de knop en het luik. Ten slotte keert Desmond terug. Hij verteld over zijn ervaring op het eiland in de afgelopen drie jaar.