オーシャニック航空815便が乱気流に巻き込まれ、無人島に墜落した。生存者のひとりである医師のジャックは、トランシーバーを見つけ、救援を求めようとする。そして落ち着きを取り戻した頃、ジャングルから謎のうめき声が聞こえ、生存者たちは不安な日々を過ごすことになる。

元共和国軍通信士官だったサイードは、破損したトランシーバーを修理し、無線をとらえられるポイントを探しに山頂に登る。そこで彼らは謎のフランス語のSOS信号を受信する。16年間も送信続けられているこの信号により、彼ら以外の遭難者の影が浮き上がってきた。

機体に残された遺体をめぐって、国籍も宗教も異なる彼らは戸惑いながら苦渋の決断で処理を進めていく。一方、底を尽きてきた食料を探しにロックは狩りを提案する。だが、ロックにはまだ生存者には明かしていない、驚くべき秘密があった。

ジャックの前に人影がちらつき始め、現実と幻影の間で困惑する。再び目の前に現れた影を追い、ジャックはジャングルの中に入っていく。そして明かされるジャックの過去。一方、飲料水が残り僅かになる中、妊婦のクレアが倒れてしまう。

突然韓国人男性ジンが、マイケルに襲い掛かる。だが英語が通じないため、理由が分からない。そして妻のサンはある事実を隠していた。その頃、ジャックはケイトたち数人を水が流れ出る洞窟へと案内していた。そこで彼らが見つけたものは？

ビーチを離れ、安全な洞窟への移住を決めた生存者たち。そんな中、人気バンドの元メンバー、チャーリーはドラッグの禁断症状と必死に闘っていた。一方、サイードは三角測量で謎の遭難信号の発信源を特定しようとする。だがその頃、洞窟にいるジャックに災難が降りかかる！

妹シャノンの喘息の吸入薬を捜すため、疑わしいソーヤーの荷物をあさるブーン。いつも悪人ぶっているソーヤーだが、彼には悲しい過去があった。一方、サイードはジャングルで自分を襲ったのはロックではないかと疑い、信用できずにいた。

ソーヤーを拷問したことを反省し、彼らの元を去るサイードは海からジャングルへと伸びるワイヤを発見。それを辿っていくうちに、罠にかかり意識を失ってしまった。そして女の声に目覚めたサイード。彼は縛り付けられ身動きが取れなくなっていた。果たしてこの女性は何者なのか？

クレアがお腹の中にいる赤ん坊が危険にさらされているという悪夢にうなされる。そしてついに何者かに襲われてしまう。だが目撃者もなく、お腹に傷のあともない。犯人捜索に当たったハーリーは、生存者リストを作成し、乗客の聞き込み調査を始める。そしてそこには元々の乗客名簿にない名前が・・・。

洞窟から姿を消したクレアとチャーリーの身を案じたジャックらが慌てて後を追いかける。そして一番疑わしいイーサンとジャングルで出くわし揉みあいになる。一方、ロックとブーンは生存者たちの運命を変える「あるもの」を発見する。

偶然滝を見つけ、その中で泳いでいたソーヤーとケイトは、水中で機体の残骸とアタッシュケースを見つけた。そのアタッシュケースをソーヤーから必死に取り戻そうと異常な執念を燃やすケイト。果してその理由は？一方サイードは、シャノンに頼んだルソーから持ち帰った書類の翻訳を聞き、驚くべき事実を知る。

ジャングルで発見した謎の物体の事を妹のシャノンに話そうとブーン。それに反対するロックは、ブーンを殴って気絶させ、木に縛りつけ置き去りにしてしまう。意識を取り戻したブーンだが、その時、正体不明の怪物の声がジャングルに響き渡る…。

息子のウォルトがロックになついている姿を目撃したマイケルは、彼ら親子に近付かないようロックに忠告する。だがウォルトのマイケルに対する反抗心は次第に強くなり、ついにビンセントを連れ、一人で洞窟から出て行ってしまう。

行方不明だったクレアが彼らの元に戻ってきた。だが、クレアは墜落後の記憶を全て失っていた。彼女の身には一体何が起こったのか？ 一方、チャーリーとジンがジャングルを歩いているとイーサンに出くわす。そしてクレアを引き渡さなければ、彼らを殺すと脅迫される・・・。

イノシシに次々と襲われ、悩むソーヤー。ついにイノシシを始末しようとするが、ある不思議な囁き声を耳にする。一方、ソーヤーがジャックに銃を返していないと知ったケイトは、ソーヤーの後を追ってジャングルの中へ入っていく。

サンに怒鳴りつけるジンを見かねたマイケルが口を出し、二人は険悪な仲となる。英語ができず、更に孤立を深めていくジンを助けられず、苦しむサン。そんな矢先、ある事件が起きてしまう。

ルソーの隠れ家から持ち出された書類を見たハーリーは、そこに書かれた数字の列に自分の過去を照らし合わせる。彼とこの数字にはある事実が隠されていた。そして遭難信号を発信するためのトランシーバーとバッテリーを探しにハーリーは電池を持っていたルソーを探しに行こうと彼らに提案する。

ジャングルで発見したハッチをなんとか開けようとするためにロックとブーンは破壊力のある装置を作り出すが、扉は開かれず、失敗に終わる。そして驚くべき発見をしたロックとブーンに悲劇的な出来事が起きてしまう。

大怪我を負ったブーンを助けるため、ジャックは自分の血を輸血する中、ロックは一人姿を消してしまった。そんな混乱の中、クレアの陣痛が始まってしまった。医者のジャックに立て続けに災難が起きる。

ブーンの事故後、ずっと姿を消していたロックが皆の前に現れる。隠し事が多いロックに苛立ちを感じたジャックはロックに襲い掛かる。そして兄の仇をとるために、自らの手で復習をしようとするシャノンだが、サイードは悲劇の原因は他にあるのではないかと確信する。

イカダでの脱出のチャンスを狙い、急いで出航準備を進めるマイケルたち。ケイトも自分もイカダに乗せてほしいと志願するが、マイケルはその申し出を断る。だがその直後毒入りの水が原因で腹痛で倒れてしまうマイケル。果たして犯人は誰なのか？

ルソーが突然ビーチに現れ、「彼らが来る」と皆に忠告する。自分の娘アレックスを「彼ら」に奪われたと主張するルソーだが、ジャックたちは彼女を信じず、イカダの出発を優先する。そんな中、そのルソーの言っていた証言を裏付ける決定的な光景を目にする。

「彼ら」からの攻撃から身を守るため、洞窟へと移動した生存者たち。一方、「暗黒地帯」を目指し、ジャングルに入っていったジャックたちは、ようやく「ブラック・ロック」に辿り着き、ダイナマイトを発見する。/ ダイナマイトを持ち帰る途中、ルソーが仕掛けた罠にロックが捕えられてしまう。そして誘拐された赤ん坊を探しにチャーリーとサイードがルソーを追う。一方、ついに開かれたハッチ。果たしてそこには何が潜んでいるのか？