大洋航空公司815航班客机从悉尼飞往洛杉矶，却在空中断开并坠毁于南太平洋一座热带荒岛上，机上48人幸存。奇怪的巨响从森林中传出，树木也一批批地倒下。杰克、凯特和查理出发寻找飞机驾驶舱，准备用飞机上的发射器发出求救信号。他们也找到了生还的副驾驶员，但不久后被那只神秘的“怪物”杀死了。而一个回叙就显示杰克在飞机上。

一组生还者一起往内陆行进，并准备在更高的地方用接收器收到更好的讯号。路上，他们被一头北极熊袭击，索耶一枪把它打死了。海滩上，一位联邦执法官在手术中醒了过来，并问医生杰克凯特在那里。回叙中，那位执法官正在押送凯特。在另一个回叙里，查理正把一包小小的海洛因偷带上机。

杰克了解到凯特是名通缉犯。寻找讯号的人回来了，却决定并不告诉其他人有关信号的事。索耶射死了执法官，把他从痛苦中解脱出来。不过，他射偏了，只打中了肺部，因此杰克让执法官安乐死。回叙描述凯特在一个澳洲农场里的生活，直到她被执法官抓到。

机舱在被野猪搜掠后被烧毁。洛克成功地猎到了一头野猪。他遇上了那只怪物，但是他并没有告诉任何人。又到了回叙里，显示出他在飞机坠毁之前坐在轮椅上，却在失事后痊愈了。

布恩为了帮助大家而偷去越来越少的淡水，但这愚蠢的行动引来了其他人的鄙视。已经一段时间没有睡过觉的杰克追着他看见的去世的父亲进入森林中，幸运地，他发现了满是清水的洞穴。杰克回来时做着领导的角色。回叙中，他去了澳洲认回他爸爸的遗体。

一部分生还者搬到了洞穴那边，剩下的仍然留在海边等待救援。洛克以查理失去的吉他换取海洛因，并劝他戒毒。权真秀揍了麦可一顿，因为他拿着真秀岳父的手表；不过，当中只有他的妻子白善华明白事情的起因，因为他们夫妻都不会说英语。人们把真秀用手铐锁在飞机碎片上。后来善华告诉麦可她其实会说英语并解释真秀为何要打他，所以不久后麦可放了真秀。回叙描述真秀为了和善华结婚而为他岳父工作。结婚后的一天晚上，真秀回家时全身布满了人家的血。善华秘密地安排离开真秀，可是最后她还是回心转意了。

查理在痛苦地挣扎著没有毒品的痛苦，并要求洛克把海洛因还给他，而洛克却说查理第三次问他要的时候他就会给他。查理最终第三次问他要海洛因，他给他了，但是查理一手把海洛因丢进了火堆里。回到了以前，查理和哥哥Liam在DriveSHAFT乐队里，渐渐地，Liam让查理染上了毒瘾。几年后，查理在澳洲找到了Liam的家并想他重入DriveSHAFT，但Liam一口干脆地拒绝了。

大家都怀疑索耶藏起了从碎片中找到的哮喘呼吸器。于是萨伊德用刑逼供，不过最后索耶告诉凯特他并没有把呼吸器藏起来。萨伊德为了对折磨索耶的事情负责，独个儿出发探索小岛的海岸线。凯特读了索耶一直带在身边的一封信，才明白“索耶”是他的假名。其实他小时候，一个名叫索耶的男人和他妈妈上了床，骗了她许多钱，而后来他爸爸把她杀了，再自杀身亡。小小的索耶誓言要把这封信交给真正的索耶。不久后，小索耶也成了一个骗子，并自称索耶。回叙里面，索耶准备骗一对夫妻，但当他看见他们还有一个儿子的时候放弃了行动。

萨伊德发现了一条电缆从森林中伸延下海。他沿着电缆走着走着，他被卢梭设下的陷阱抓住了，而卢梭就是那个发出求救信号的女人。卢梭告诉萨伊德她是一个科学探索队的成员，而他们在十六年前触礁来到岛上。她说岛上有一群原著人并称他们为“其他人”，而她的队友却生了一种奇怪的病死去，最后她说那些其他人在森林中细语。萨伊德逃脱了，带上卢梭的步枪和她在岛上写下的笔记。回去的途中，萨伊德听到了卢梭提到的细语。回到以前，萨伊德被要求拷问一位名为娜蒂娅的罪犯——他的童年好友。他的上司要他处决了她，他却帮助娜蒂娅逃跑。

受伤的萨伊德回到了营地，并把卢梭和岛上“其他人”的事告诉了大家。克莱尔连续两晚醒来时都大叫大喊，并称有人把她按在地上，想要捅她的肚子。这驱使赫利用飞机上的乘客名单作人口调查，却发现伊森并不在那架飞机上。回叙中，克莱尔知道自己怀孕了，不过她的男友离开了她。她于是找到了一位通灵者，说道巨大的危险将发生在她的婴儿身上。

克莱尔和查理被伊森绑架后，杰克和凯特、洛克和布恩分别组成两队寻找他们。杰克遇上了伊森，而伊森却警告其中一人将会被杀。杰克和凯特找到了查理，他当时被懞上眼睛并被人挂在树枝上，吊着脖子。杰克非常生气，立即用心肺复苏法救回了垂死的查理。同时，布恩和洛克发现了一块金属陷在森林中的泥地里。又到了回叙，杰克一口承认他父亲在酒后施行手术。

在湖中游泳时，凯特发现了那个执法官的手提箱。杰克说要是凯特肯告诉他里面的东西的话，他就会帮她打开箱子。里面原来有几把枪和一架玩具飞机。凯特告诉杰克那架玩具飞机属于她曾经爱过、却杀害的人。回叙里，凯特抢劫了银行，才能找回那架玩具飞机。

香农和萨伊德的关系越来越亲近。而洛克和布恩就向进入他们发现的那个舱门中。布恩原想把这件事告诉香农，但是洛克给了他一些草药，导致他产生幻觉，放下对香农的感情。到了回叙中，布恩想给钱赶走虐待香农的男友，最终却发觉这只是香农设下的骗局；而香农不久后和布恩上了床。

烦恼的麦可批评了刚向洛克练习飞刀法的沃特，并命令他帮他用飞机残骸造一个筏子，沃特却径自走开了。麦可和洛克跟着沃特进入森林，这时沃特竟然被一只北极熊困住。麦可奋不顾身地救了沃特，也和他和好了。后来，洛克和布恩看见克莱尔从森林里跌跌撞撞地走出来。回叙描述当沃特只有几个月大的时候，他妈妈接受了一份在阿姆斯特丹的工作，并把儿子也带上了。她在沃特两岁时和一个名布赖恩的工作伙伴结了婚，也不让麦可和儿子说话。几年过去了，苏森过世了，布莱恩并不向交管沃特，原因是这个小孩很“特别”。

克莱尔回到了生还者之中，不过她记得的最后一件事却是那趟飞行。查理使伊森十分愤怒,于是伊森威胁查理要是他再不把克莱尔交出来,他会把营地里的人一个一个地杀光。尽管大家都做好了防备措施，斯高特仍然被杀。带着手提箱里面的枪械，并以克莱尔作为诱饵，杰克、凯特、洛克、萨伊德和索耶设下了一个陷阱，并成功地抓到了伊森。原本的计划是活捉伊森，可是抱着仇恨的查理一枪杀了他。回叙中，查理为了赚取买毒品的钱，准备从一名少女下手。

索耶为了找搜劫他帐篷的野猪而烦恼，他便和凯特一起在森林里寻找，而他找到时并没有杀它。索耶更把枪交给了的杰克，而杰克现在拥有所有从手提箱里发现的枪械。索耶想起原来他在澳洲曾经遇到过杰克的爸爸。在回叙里面，索耶在澳洲找到了一个人，以为他就是骗了他家钱的“索耶”，并一手毁了他一生。他杀了那人，才发现自己杀错了人。

麦可继续建造著自己的筏子。索耶用建造材料换取了筏子上的一个座位，因此那里只剩下一个座位。不过那只筏子不久后着火了，而所有人都把责任怪在真秀头上。第二天早上，麦可狠狠地打了他一顿。善华阻止了麦可，并说真秀并没有烧掉木筏。大家包括真秀都对她会说英语而十分惊讶。洛克就认为这是“其他人”做的。麦可则无奈地建造另一只更好的新筏子。善华去安慰真秀，而真秀却说要重新开始太迟了。真秀回到了海滩上，帮助麦可重建木筏，使他拿到了一个座位。沃特跟洛克承认是他烧毁了木筏，因为他喜欢这个岛。到了回叙里，显示出那次真秀全身是血，是由于他揍了一个人、救了这个人，因为善华的爸爸要真秀杀了他。最后夫妻两人决定到美国过新生活。

赫利发现卢梭的笔记中重复写着4、8、15、16、23和42，这些数字就是使他中乐透头奖的号码。因此他独个儿出发寻找卢梭问个究竟。卢梭说，她并不知道数字的意思；并且说她的科学队是朝着不断发出这些数字的信号来到这个荒岛的。这些数字后来又被发现印在那个舱门的边上。回叙里，赫利赢了头奖，而在接下来的几个星期里，他身边的每一个人都遭到了厄运。

洛克发觉他的腿开始没有知觉了。他和布恩根据他的梦境发现了一架Beechcraft 18挂在悬崖的边上。布恩爬了上去，成功地使用了无线电通讯器，发出了一通紧急求救电话：“我们是大洋航空公司815航班的生还者！”而一个男人（柏纳）回答：“我们也是大洋航空公司815航班的生还者！”那架飞机掉了下来，洛克于是背着受重伤的布恩回到了营地。洛克到达了洞穴并编造了他受伤的原因，又不知不觉消失在丛林中。他不断敲打着舱门，又向着舱门大叫，突然舱里射出了强光。到回叙中，洛克见回了父母，可是父亲却骗取了他的一个肾脏。

虽然洛克叫布恩不要告诉任何人有关舱门的事情，受伤的布恩却告诉了杰克。尽管杰克努力救他，布恩最终还是死去了。另一边，克莱尔则生下了一个男婴。回叙描述杰克和萨拉的婚礼，萨拉曾经是他从车祸伤患中拯救回来的病人。

洛克参加了布恩葬礼，而杰克却揍了他。洛克希望香农原谅他，但是香农从熟睡的杰克偷走了一把枪，在准备杀洛克的时候，萨伊德推走了她，那时子弹擦过了洛克的额头。萨伊德要洛克带他到舱门那里。

卢梭来到海滩，警告所有人“其他人”要来了，也说出了更多她自己的故事。她十六年前来到荒岛时正怀孕中，而一根黑烟柱告示著其他人的来临，他们来了并夺取了她的婴孩，而那女婴从此未被见过。不久后那黑烟柱出现了，杰克、洛克和萨伊德便把舱口的事告诉了卢梭：他们需要打开它，或许使用炸药。卢梭把他们带到了“黑岩”处取出炸药。杰克、洛克、凯特、赫利、阿玆特和卢梭到达那里，一艘巨大的奴隶船搁浅在陆地上。同时，查理在收集各人的信息并放在一个瓶子里带到木筏上去。回叙里，几个生还者出现在起飞前的时间里。

卢梭离开了“黑岩”，而阿玆特却在处理炸药时炸死了。他们遇上了那只怪物——其实是一团黑烟。卢梭偷去了克莱尔的婴儿——艾润。萨伊德推断卢梭或者想用艾润和其他人交换她自己的小孩。查理和萨伊德向黑烟柱进发，而途中，他们经过了那架走私毒品的飞机，而萨伊德就揭发了当中藏满了海洛因，查理带上了一些。当他们到达了烟柱的时候，那里并没有其他人，只有火堆、卢梭和艾润。她还回了艾润并说她曾听到其他人说他们要“那男孩”。筏子上，他们遇到了一艘小艇。而那小艇却属于其他人并要求交出沃特。索耶被射伤，沃特被抢走。丢出的炸弹损坏了木筏。同时，杰克、凯特、洛克和赫利炸开了舱门，下面是一个很深的洞，旁边有一天断开的梯子。回叙描述生还者们在机场和登机时的情景。