De overlevenden rapen alle restanten van de crash bij elkaar om te overleven. Sommigen schieten in paniek, anderen hopen op een reddingsactie. De klanken van een mysterieus monster in het oerwoud boezemen angst in het hart. Gelukkig zijn er Jack en Kate om de groep te leiden. Maar iedereen heeft geheimen. Daar zal de groep snel achter komen.

Ontsnapt aan het wezen ontvangt de groep een mysterieuze oproep en komen ze één van de andere eilandbewoners tegen. In het kamp verzorgt Jack een gewonde man en komt hij één van Kate's geheimen te weten.

Jack en Hurley ontdekken dat Kate niet is wie ze lijkt. Ondertussen overpeinzen Kate, Charlie, Sawyer, Sayid, Boone en Shannon de mysteries van het eiland, en vragen ze zich af of ze dit wel met de rest moeten delen. De vriendschap tussen Locke en Walt valt niet in goede aarde bij Michael, maar deze is meer bezorgd over het vinden van zijn hond.

De overlevenden worden wakker geschud door wilde dieren die hun kamp binnendringen. Kate en Michael vergezellen de mysterieuze Locke op zijn jacht naar voedsel, en komen tot een verbazingwekkende ontdekken over Locke. Jack ziet iemand die er niet zou moeten zijn, en we ontdekken dat iemand kan lopen, terwijl hij dat niet zou moeten kunnen.

Boone komt in levensgevaar als hij een vrouw probeert te redden uit de zee. Jack heeft last van hallucinaties door een tekort aan slaap; hij blijft maar denken aan hoe hij op het eiland terecht is gekomen. Claires gezondheid gaat achteruit door een tekort aan vocht.

Walt en de anderen zijn geschrokken als Michael wordt aangevallen. Sun en Jin weten niet precies wat er aan de hand is, omdat ze geen Engels spreken. Jack en Kate ruziën over waar de mensen moeten gaan 'wonen', aan de kust of in het oerwoud. Locke ontdekt het geheim van Charlie.

Charlie probeert met veel moeite van zijn drugsverslaving af te komen. Locke helpt hem hierbij, maar het is niet duidelijk om welke reden hij Charlie helpt. Ondertussen proberen de andere overlevenden Jack te bevrijden uit een ingestorte grot. Sayid, Kate en Boone worden gesaboteerd wanneer zij het signaal van de Franse vrouw proberen te traceren.

Shannon's inhalator is verdwenen verdwenen. Boone verdenkt Sawyer, maar hij weigert de inhalator af te geven. Na een escalatie blijkt Sawyer niet wie hij zegt te zijn.

Op zijn individuele tocht over het eiland ontdekt Sayid een touw op het strand dat leidt naar de jungle. Gedreven door zijn nieuwsgierigheid besluit hij het touw te volgen. Het lokt hem in een valstrik. Wanneer hij terug bij bewustzijn is bevindt hij zich in de schuilplaats van een Française. Het wordt Sayid al vlug duidelijk dat zij de persoon is die de noodoproep heeft uitgezonden. Ondertussen heeft Hurley het perfecte ontspanningsmiddel gevonden: hij heeft een golfterrein aangemaakt. De bewoners kunnen zich, na dagen in angst geleefd te hebben, eindelijk een beetje ontspannen.

Claire heeft de afgelopen nachten nachtmerries over haar ongeboren kind gehad. Die zijn zo levendig dat ze gelooft dat iemand haar kind pijn wil doen. Jack gelooft haar niet en Claire vlucht terug naar het strand. Ondertussen doet Hurley de ontdekking dat één van de overlevenden, Ethan Rom, niet op de passagierslijst staat.

Na de verdwijning van Charlie en Claire volgen Jack, John, Kate en Boone hun sporen. Op een bepaald moment wordt Jack aangevallen door Ethan, die de uitgeputte Jack uiteindelijk overmeestert. Iets later vinden Jack en Kate Charlies lichaam opgehangen in een boom, terwijl John en Boone stuiten op een geheimzinnig luik.

Het wordt Boone duidelijk dat er al gauw een relatie zal ontstaan tussen Sayid en Shannon, zijn stiefzus. Hij heeft moeite dit te aanvaarden en laat hen dat ook weten. Locke merkt hoe afhankelijk Boone van Shannon is en besluit hem te helpen. Door middel van een verdovend middel op zijn hoofd begint Boone te hallucineren, niet wetende dat alles wat hij nu zal meemaken geen werkelijkheid is.

Michael verbiedt zijn zoon Walt om nog langer met Locke om te gaan, en vraagt hem in plaats daarvan te helpen met het bouwen van een vlot, waarop ze kunnen ontsnappen. Walt loopt echter de jungle in, waar hij bijna wordt opgegeten door een ijsbeer.

John en Boone vinden Claire terug, en brengen haar terug naar het kamp. Ze blijkt haar geheugen kwijt te zijn. De volgende dag zegt Ethan tegen Charlie en Jin dat ze Claire moeten teruggeven; anders zal hij elke avond iemand vermoorden. Ondanks de uitgebreide bewaking wordt Scott vermoord. Jack haalt de pistolen uit de koffer tevoorschijn, en Claire wordt als lokaas ingezet om Ethan gevangen te kunnen nemen. Charlie kan zich echter niet beheersen en schiet Ethan dood voordat ze hem kunnen ondervragen.

Op een nacht wordt Sawyer bruut wakker gemaakt door een everzwijn, dat het zeil van zijn beschuttingsplaats meeneemt. Als Sawyer het zwijn achterna gaat hoort hij in de jungle gefluister. Hij herinnert zich dat Sayid hetzelfde heeft meegemaakt. De volgende dag besluit hij het everzwijn te gaan zoeken, met Kates hulp. Bij een drinkspelletje bij het kampvuur onthullen de twee een hoop over hun verleden.

Op een avond vat het vlot van Michael vlam. Ondanks de bluspogingen is het vlot te zwaar beschadigd. Iedereen verdenkt Jin ervan de brand te hebben aangestoken, en Sawyer en Michael vallen hem aan. Sun komt tussenbeide en onthult zo dat ze Engels spreekt. Jin weigert haar nog langer aan te kijken, omdat ze hem in het openbaar heeft vernederd. Hij wil niet langer bij Sun blijven, en helpt Michael met de bouw van een nieuw vlot om zo snel mogelijk te kunnen vertrekken.

Hurley heeft vroeger de loterij gewonnen met de nummers 4, 8, 15, 16, 23 en 42, maar eigenlijk zijn het eerder ongeluksnummers voor de mensen om hem heen. Hij ontdekt dat de nummers ook in de papieren van Rousseau voorkomen. Hij confronteert haar hiermee, en vraagt hoe zij aan de nummers komt. Aan het einde van de aflevering blijkt dat diezelfde reeks nummers ook op het luik dat Boone en Locke hebben gevonden staan.

Boone verliest de hoop het luik ooit nog open te krijgen, maar John wacht en krijgt een teken van het eiland. Hij droomt van een vliegtuig dat neerstort, en wanneer ze dat de volgende dag op de rand van een klif vinden klimt Boone aan boord. Het vliegtuig zit volgeladen met heroïne, maar Boone vindt wel een werkende radio. Hij krijgt heel even contact, maar door zijn gewicht stort het vliegtuig van de klif af. Boone raakt zwaargewond. John draagt Boone naar het kamp, maar verdwijnt daarna in de jungle.

Jack probeert Boones leven te redden, en stuurt Kate naar Sawyer om alcohol te halen voor het ontsmetten van de wonden. Onderweg komt Kate Claire tegen, die op het punt staat om te bevallen. Jack, die inmiddels met een bloedtransfusie voor Boone bezig is, zegt Kate dat zij de baby ter wereld moet brengen. Met de nodige moeite weet ze Claires zoontje ter wereld te brengen. Jack maakt ondertussen aanstalten om Boones been te amputeren, maar Boone vraagt Jack om hem rustig te laten sterven. Vlak voor zijn dood onthult hij nog dat Locke en hij een luik hebben gevonden.

Alle overlevenden zijn geraakt door Boones dood. Vooral Jack en Shannon hebben het er moeilijk mee. Jack besluit John te gaan zoeken voor tekst en uitleg. Na eindeloos in de jungle te hebben gelopen vindt Kate Jack terug, en ze vraagt of hij terug wil komen naar het kamp voor Boones begrafenis. Na een korte ceremonie daagt Jack Locke uit. Locke zegt dat het hem spijt, maar daar neemt Jack geen genoegen mee. Hij valt John aan, maar hij wordt tegengehouden door Michael en Sayid. Uiteindelijk valt Jack uitgeput neer. Nadat hij wat heeft geslapen, merkt Jack dat er een pistool weg is. Sayid vreest dat Shannon John wil vermoorden en hij blijkt gelijk te hebben. Sayid, Jack en Kate treffen Shannon aan terwijl ze Locke onder schot houdt. Sayid kan ervoor zorgen dat Shannon mist, maar hun relatie loopt hierdoor wel een forse deuk op.

Tijdens een drinkpauze stort Michael in elkaar van de pijn. Jack onderzoekt hem en ontdekt dat hij vergiftigd is. Diverse mensen worden verdacht, en Sawyer onthult dat Kate degene was die door de federale agent werd bewaakt. Ondertussen ruziën Jack, Locke en Sayid over wat ze met het luik moeten.

Er stijgt een zwarte rook op uit de jungle, en Rousseau waarschuwt de overlevenden dat de Anderen er aan komen. Om iedereen in veiligheid te kunnen brengen worden voorbereidingen getroffen om het luik op te blazen. Michael, Walt, Sawyer en Jin vertrekken met het vlot.

De voorbereidingen om naar het luik te verhuizen gaan door. Rousseau ontvoert Claires baby, Aaron, en Charlie en Sayid gaan achter haar aan. Ondertussen overvallen de Anderen het vlot, met dramatische gevolgen.