De overlevende begynder at lære om øens hemmeligheder. Jack, Charlie og Kate vover sig ind i junglens mørke hjerte for at prøve at finde flyets radiosender.

De overlevende er flygtet fra væsnet og har fået fat i senderen, og de går mod højere grund for at transmittere.

Jack og Hurley opdager en hemmelighed om Kate. Sheriffens liv hænger i en tynd tråd. Nogle af de overlevende tænker over de mysterier, de har opdaget. Lockes venskab med Walt foruroliger Michael.

Locke jager efter føde og nogen på jagten er såret. En hemmelighed om Locke afsløres. Nogle overlevende er forfærdede over Jacks plan for de døde, som stadig ligger i vraget.

Jack kæmper med at overvinde de hændelser som bragte ham til Australien. Boone bliver fanget i en springflod da han prøver at redde en kvinde som var ude at svømme.

Folk er chokerede, da Michael bliver slået, men kun de ikke-engelsktalende Jin og Sun kender til sandheden om angrebet. Locke opdager Charlies hemmelighed.

Med hjælp fra Locke begynder Charlie at vænne sig fra stofferne. Der er en kamp for at finde og befri Jack, da han bliver begravet levende i et stenskred.

Shannons inhalator løber tør. Da Sawyer nægter at slippe de tre sidste inhalatorer griber Jack og Sayid til tortur indtil han afslører deres gemmested.

Sayids liv er i fare efter han snubler over kilden til den franske transmission. Hurley planlægger at gøre livet på øen mere civiliseret.

Charlie og Claire bliver bortført, og et redningshold vover sig ind i junglen for at lede efter dem. Mistanken falder på Ethan, som ikke var passager på flyet.

De overlevende kæmper over indholdet af en låst attachémappe som kan afslører noget om Kates fortid. Sayid beder Shannon om at oversætte beskeder fra den franske kvinde.

Locke erfarer at Boone vil dele deres hemmelighed med Shannon og beslutter sig for at give ham en lærestreg. Boone og Shannons mørke fortid afsløres.

Det udvikler sig voldeligt, og øens uhyre dukker op igen, da Michael og Locke bliver uenige om Walts opdragelse. Sayid beder Shannon om at afkode den franske kvindes kort.

Claire vender tilbage uden minder om hvad der er sket siden inden hun gik ombord på flyet. Jack og Locke formulerer en forsvarsplan mod hendes kidnapper.

Kate og Sawyer afslører deres hemmeligheder for hinanden. Hurley og Sayid er bekymrede over om Charlie er ved at miste grebet efter at have set døden i øjnene.

Tømmerflåden som de overlevende har bygget brænder, og Michael er overbevist om, at Jin er ansvarlig. Sun kommer med en afsløring. Boone advarer Sayid om Shannon.

Hurley er besat af den franske kvinde og tager ind i junglen for at finde hende. Jack, Sayid og Charlie har intet andet valg end at følge efter.

Boone bliver bekymret, da Locke får fysiske problemer i deres forsøg på at finde en vej ind i den mystiske bunker. Jack hjælper kun modvilligt Sawyer, da han får frygtelige hovedpiner.

Jack plejer en såret Boone efter Locke leverer ham tilbage til hulerne. Locke forsvinder for at håndtere sin skyld over krisen. Claire går i fødsel dybt inde i skoven.

Efter endnu en begravelse stiger spændingerne, og de overlevendes mistillid til hinanden vokser. De hændelser der fik Sayid ombord på flyet afsløres, da han tvinger Locke ind i et psykologisk spil.

Jack tror noget er galt, da Michael bliver syg mens han bygger tømmerflåden. Sawyer og Kate gør alt for at få den sidste plads på tømmerflåden. En hemmelighed fra Kates fortid afsløres for de andre.

Den franske kvinde overrasker de overlevende, da hun dukker op med en advarsel om "De andre", mens Michael og Jin gør tømmerflåden klar til sejlads.

Noget uventet til søs overrasker dem på flåden.