自由外科医生大门未知子乘巴士到露天温泉游玩。没想到车子行进在山路上时，司机车田一久突然昏倒，心跳停止。在偶然路过的神秘女人帮助下，未知子把司机送到只有一个医生的山间医院。而医院中唯一的医生就是曾经崇拜未知子、跳出医局体制之外的外科医生森本光。未知子让森本当助手，实施了紧急手术。但是在这个连手术室都没有的小医院，要实行根治手术是不可能的。未知子嘱咐病人就近到大医院再进行一次手术。另一方面，东帝大学医院迎来了首位女院长志村元。她在院中展开清洁运动，大搞改革。就在此时，未知子出现在东帝大医院。实际上，志村正是前几天未知子遇到的神秘女人。志村把车田送到东帝大医院，她认为用最新设备做手术才是上策，而且决定雇未知子来主刀。很快，车田的术前会诊开始了。然而，志村不知出于什么打算，决定把未知子排除在手术之外。她宣布，将请世界心脏外科权威、美国的杰克·麦克斯教授远程遥控手术机器人进行手术。这时，未知子在炸猪排店看到著名新闻记者一色辰雄倒在地上，便将他送到东帝大学医院。结果，她的举动竟招致了出乎意料的状况。

蛭间重胜重新夺回东帝大学医院的院长宝座，“白色巨塔”再次变回交织着金钱与权欲的组织。然而，西山直之和伊东亮治等“宽松世代”医生对组织的事丝毫不感兴趣，他们我行我素，连庄严的院长巡诊也敢不参加。这时，大门未知子在院内遇到一位捂着胸口倒在地上的女性。这位女士就是伊东的母亲不二子。未知子快速判断出不二子有必要做进一步检查，但伊东漠不关心，他抛下母亲离开了医院。第二天，不二子因故拜访蛭间，结果再次倒地而且吐血。原来，不二子得了极其罕见的进行性胆脏肿瘤。在蛭间策划下，不二子留在东帝大学医院接受手术。不过，术前会诊上却发生了意想不到的事情。伊东提议采取一种难度极高、只有未知子才敢做的手术方式。蛭间觉得这是个吸引社会关注的机会，便指定伊东任主刀。但是，不二子却拒绝手术，连铁面无私的伊东也无法说服她。

东帝大学附属幼儿园的园长三鸭寿昏倒了，被正巧路过的未知子送到东帝大学医院。未知子发现三鸭的肺部有肿瘤，马上建议他动手术，但是三鸭的反应却很迟钝。特别是三鸭原本是外科副部长猪又孝的患者。而猪又孝对他说在用药物缩小肿瘤前不要手术。面对强烈反对手术的猪又孝，未知子声称自己不会失败。这时，三鸭突然提出由其他医院会诊的要求。数日后，三鸭来到未知子所在的名医介绍所。神原晶听了发生的事情后，去找东帝大学医院院长蛭间。听说要重新接收去其他医院求诊的患者，蛭间面露难色，但神原晶说服他允许三鸭入院。结果，蛭间指名由猪又孝主刀，未知子担任第一助手，但自尊心超强的猪又孝听说让他与打工的自由医生一起手术后十分气愤。蛭间却伏在他的耳边悄声说出了自己的计划。另一方面，未知子遇到非常崇敬三鸭的幼儿园小朋友们，听了他们的无心之言后，不由得心有所动。

森本光在相亲活动上认识了叫四织的女孩，二人的感情发展到了订婚的地步。四织在上班时间来找森本，对他说已预订了最受欢迎的婚礼会场。就在这幸福的时刻，她突然在森本面前昏倒了。未知子正好路过，马上进行紧急处置，诊断出森本的女友四织得的是重度肝癌。虽然，四织准备在东帝大学医院做手术，但是她自己的肝脏中有再生能力的组织所剩不多。在术前的会诊上，外科副部长海老名敬看到女患者的名字时不由得一愣。四织的全名是内神田四织，和那个连院长蛭间重胜都不敢得罪他的日本医师俱乐部会长内神田景信同姓。因为“内神田”是个罕见的姓氏，海老名小心翼翼地向四织确认，得知四织是景信与前妻所生的女儿。收到海老名的报告后，蛭间非常慌张。为了安全起见，蛭间指定海老名、猪又孝、鸟井高三个外科副部长一起参加手术。然而，四织坚持要森本主刀，除他之外不接受任何人为自己做手术。森本虽然也渴望挽救四织的性命，但他对自己的技术没有自信，于是指名让未知子担任助手。然而，无论他怎么请求，未知子都拒绝参与手术。四织的手术终于开始了，就在手术进行中， 发生了让人难以置信的情况。

日本医师俱乐部的会长内神田景信出于某种目的要在东帝大学医院试用最先进的人工智能诊断系统“希波克拉底”。院长蛭间马上同意了，但外科副部长鸟高却对这种AI持怀疑态度。这时，年轻的天才将棋选手五反田五郎在与世上最强的将棋机器人对决过程中，突然发生手腕痉挛，随后昏了过去。五反田被送到东帝大学医院。以他的症状来看，极可能是患了脑部肿瘤，但是根据MRI画像却不能确诊。恢复意识后，五反田因鸟井不告诉他病名而大怒，准备出院回家。就在此时，他的腿部出现无力状况。东帝大学医院对五反田进行紧急会诊。但是他的血液检查指标一切正常，令医生无法确诊。本应是反AI派的鸟井竟提出由“希波克拉底”进行诊断。AI根据数据诊断五反田是脑脓肿。未知子认为这个诊断错了，但她也说不出病名来。很快，在病房里的五反田出现一过性意识障碍。脑脓肿的可能性越来越高了。按“希波克拉底”的指示，接下来五反田可以进行脑脓肿手术。蛭间觉得不能让AI诊断的病例出现失败，所以指名未知子为主刀医生。未知子严辞拒绝，但突然她想到一件事。

东帝大学医院外科副部长猪又孝主刀的VIP病人在术后对手术过程不满，提出索赔。猪又慌乱中试图逃避责任，谎称是由于麻醉医生城之内博美技术不精的原因才浪费了手术时间。本来就没出错的博美堂堂正正地反驳，但是猪又动了手脚，导致博美被禁止出入东帝大学医院。然而，以这件事为契机，本来友情深厚的未知子与博美产生了争执。这时，未知子主刀的某一手术快开始了。这手术原本预定由博美担任麻醉师，手术的患者是未知子、博美常光顾的中华料理店的店主良夫之妻敦子。敦子手术前，良夫被诊断出有胰脏有多个肿瘤。他病情很严重，想根治只能全部摘除胰脏。这样的手术加上术后的生活都有极大风险。即使如此，未知子为救良夫的生命，坚持主张全部摘除。而良夫的手术被交给顾虑重重、只想采用最安全措施的猪又手中。未知子不肯放弃，她认为要救良夫的命必须做全部摘除手术，而那样就需要借助博美的技术。于是，未知子请神原帮忙解除禁止博美出入东帝大医院的禁令，然而，博美却说自己不想做手术。

日本医师俱乐部会长内神田景信的妻子小百合拜访东帝大医院院长蛭间重胜，把一件重要的事托付给他。那就是在医生中为小百合的表妹萌萌香寻找合适的相亲对象。结果，原守雀屏中选。他得意洋洋地去与萌萌香见面。没想到的是，自称是客人的未知子突然闯进了相亲现场，她还带来了一个外国女人。一看到那个外国女人的脸，原守马上目瞪口呆。原来，她就是曾与原守同时在俄罗斯医院工作，而且曾经与原守交往过的美国外科医生娜尼亚·娜金斯基。娜尼亚是个水平出众的个科医生，不知为何她辞掉了工作，一心一意跑到日本来与原守相会。蛭间夫妻怕伤了内神田夫妻的面子，命令原守与娜尼亚断绝关系。原守希望心平气和地解决此事。然而，娜尼亚却表示自己只预定在日本呆三个月，她恳求原守在这三个月里和自己在一起。她的想法让原守产生了动摇。就在此时，未知子发现娜尼亚的身体有些异常情况。经过检查确诊娜尼亚得的是一种很难完全摘除的脑肿瘤。如果放任不管，娜尼亚的生命就只剩下三个月了。未知子绝不肯放弃患者的生命，她提出亲自为娜尼亚做手术。而娜尼亚不但拒绝手术，更从东京消失了。

前大臣秘书官八云拓哉召开记者会，揭发厚生劳动省隐瞒某大学医院不正当使用补助金的事。八云前一天被诊断出患有不可能以手术根治的肝外部发育型肝细胞癌，他已做好了赴死的准备，而且表示自己至死都要伸张正义。不久后，一心想借八云的名气炒作的蛭间把八云请到东帝大学医院住院治疗。八云的手术难度非常高，除了未知子，其他人都不可能做得到。令人意外的是，“宽松世代”新人医生西山直之成为八云手术主刀候选人。不过，这次的手术即使由未知子来做，实际进行时也会出现无法预料的情况，所以需要医生能随机应变。因此，未知子也好，医局的众人也好，都认为西山不行。最后，决定由未知子担任主刀。就在此时，发生了令蛭间始料未及的事。原来，八云告发的人竟是日本医师界的大佬内神田景信的友人。根据内神田的吩咐，蛭间决定改由外科副部长海老名敬主刀。不仅如此，蛭间还解雇了未知子。对此未知子当然不肯接受。而西山向她讲了迄今为止从未说出的话，更采取了令人难以置信的行动。

城之内博美的女儿在芭蕾舞教室的同学九重遥与祖父九重节郎一起来到东帝大学医院。芭蕾舞选拔赛举行在即，但是小遥的脚痛得受不了，所以来医院检查。幸好，检查结果表明她得的是不太严重的炎症。然而，未知子暗示小遥如果不认真治疗，其支撑运动能力的舟状骨有骨折的可能性。博美很了解小遥，所以很担心，便联络小遥的母亲比佐子，建议她带小遥再来检查一下。没想到的是，比佐子却责备了与节郎一起来医院的小遥。过了几天，东帝大医院整形外科医生木元再次为小遥做了检查，发现她果然发生了舟状骨骨折。为了彻底治好，必须花费半年时间做两次手术，如此一来，小遥就无法参加选拔赛了。这残酷的现实让小遥备受打击。就在这时，未知子提议做一次手术，在选拔赛前完成整个治疗过程。不过这种高难度术式就算是未知子也不能轻松完成。另一方面，为了把未知子彻度从医学界清除出去，日本医师俱乐部的会长内神田景信开始在暗地活动。而此时，为了救患者的性命而努力的未知子正面临着难以想像的困难。

从未失败过、一直致力于挽救患者生命的未知子自己病倒了。晶叔和博美都非常担心她。这时，医疗界的领袖、“日本医师协会”会长内神田景信得了食道癌，准备在东帝大做手术。内神田的病情极重，除了未知子以外无人能成功实施手术。然而，内神田敌视未知子，拒绝由她主刀。医局的众医生害怕失败，都裹足不前。就在此时，连未知子都认可其医术的“腹腔镜魔术师”加地秀树出现了。加地提出交换条件，自荐做主刀。而院长蛭间出于某目的，指定让内神田的私生子、新人外科医生西山直之主刀。但未知子断言这场手术除了自己谁都做不来。偏偏此时，未知子自己面临着性命交关的危机。