Après trois semaines d'absence, Lois est de retour à Métropolis mais ne semble avoir aucun souvenir de sa disparition... Peu après, elle fait la rencontre de son nouveau collègue au Daily Planet. Tess, quant à elle, fait la connaissance de mystérieux militaires... De son côté, Clark doit dire adieu à Lois avant de commencer son entrainement avec Jor-El.

Après s'être fait renversé par un camion John Corben se réveille seul dans un appartement abandonné. Il a été transformé en machine avec un cœur de Kryptonite. Ce dernier découvre rapidement avoir la force de superman et prépare sa vengeance.

Un virus se répand sur Metropolis et transforme les habitants en zombies. Chloe and Dr. Hamilton apprennent que le sang de Clark peut y remédier. Pendant ce temps, Oliver montre son côté sombre et reconsidère l'avenir de l'Archer Vert. Tess localise Zod et ses soldats Kandorian.

Tess oblige Oliver à venir au gala de Queen Industries, afin de mettre le conseil à l'aise, mais les choses tournent mal quand le Toyman se pointe avec une bombe et un plan pour se venger de Oliver. Le Toyman dit à Olivier qu'il doit avouer le meurtre de Lex ou il fera sauter la baraque. Pendant ce temps, dans le cadre de sa formation, Jor-El donne à Clark la faculté d'entendre les pensées des autres.

Mia, une jeune fille, est contrainte de ce prostituer pour régler un dette. Devenue la proie de dangereux proxénètes, Oliver essaie de lui venir en aide. De son côté, Lois demande à Clark de l'aider à passer un test pour présenter une émission matinale à la télévision. Contre toute attente, le duo plaît à la productrice et celle-ci décide de les embaucher tous les deux. Tess se retrouve piégée par Zod.

Jor-El, à la recherche de son fils Kal-El, débarque mystérieusement à la ferme des Kent où il rencontre Chloe. Convaincu que Red Blue Blur est en fait Jor-El, Zod demande de l'aide à Tess afin de le retrouver et le forcer à révéler le secret de ses pouvoirs. Quand Clark réalise que Jor-El est vivant et qu'il est sur la planète Terre, il se dépêche de partir à sa recherche, car il doit le retrouver avant Zod.

Zan et Jayna, les super jumeaux, viennent à Métropolis pour aider The Blur à combattre le crime. Mais ils font capoter les sauvetages et mettent Clark en difficulté avec la police. Clark décide de révéler l'identité du Blur pour protéger sa réputation....

Tess enlève Lois pour savoir ce qu'elle a fait pendant les semaines où tous la croyaient disparue. Elle se connecte à ses souvenirs et découvre un avenir apocalyptique : Metropolis en ruine est tombée sous le contrôle de Zod. Clark n'a plus aucun pouvoir et Chloé et Oliver ont rejoint un groupe de résistance. Lorsque Clark découvre ces informations, il prend une décision déterminante au sujet de Zod.

Le passé d'Oliver revient le hanter sous la forme du Dark Archer, son ancien professeur, qui cherche à se venger de son ancien élève en prenant Lois et Chloé pour cible. Oliver affronte le Dark Archer après que son ancien mentor ait kidnappé Mia alias “Speedy” mais il est poussé dans ses derniers retranchements et Clark entame une course contre la montre pour l'empêcher de faire une autre erreur fatale.

Un homme nommé Sylvester Pemberton traque Chloé et lui dit qu'il est courant pour son équipe de supers-héros et qu'il a besoin de leur aide. Cependant, avant de pouvoir expliquer qui il est, il est attaqué et tué par Icicle. Les recherches de Clark et Chloé conduisent Clark à l'ancier quartier général de la Societé des Justiciers d'Amérique où il rencontre Nelson alias Dr Fate, Carter Hall alias Hawkman et Courtney alias Star Gril. Courtney supplie Hawkman et Dr.Fate de l'aider à attraper le tueur qui a pris leur groupe pour cible mais ils sont peu enthousiastes à l'idée de reprendre leur activité de supers-héros. Clark, John Jones, l'Archer Vert et Chloé s'associe pour aider la JSA à stoppper Icicle avant qu'il ne tue un autre membre du groupe. Pendant ce temps, Lois reçoit un paquet d'une mystérieuse organisation nommée Checkmate, dirigée par Amanda Waller.

Une bande dessinée, ensorcelée par le père de Zatanna, a été volée par un certain Stephen. Ce dernier développe alors de superpouvoirs. Il se transforme en Warrior Angel et sauve Chloe d'un accident. Zatanna fait appel à Clark pour qu'il l'aide à retrouver le précieux ouvrage et que Stephen redevienne un simple humain. Très vite, Lois devient jalouse du rapprochement qui s'opère entre Clark et Zatanna.

C'est la Saint Valentin. Pendant que Clark est à un rendez-vous avec Lois, il est accidentellement infecté par de la kryptonite qui a la particularité d'accomplir des vœux. Clark dit à Lois qu'il souhaite une relation plus traditionnelle, donc Lois quitte le journal, emménage avec lui et prépare leur mariage...

Pour connaître la source de leurs pouvoirs, les kandoriens font des expériences sur des humains. Bernard Chisholm, un de leur cobaye s'échappe et décide de prouver la présence des extraterrestres. Pour ce faire, il enlève Loïs et l'oblige à écrire un article sur le sujet. Zod et Clark se lancent chacun de leur côté à la recherche de Bernard.

Clark et Lois partent en tête en tête romantique hors de la ville quand leurs plans sont compromis par une rencontre avec Chloe et Oliver au Bed and Breakfast Inn. Ils sont tous interrompus par l'arrivée de Silver Banshee qui visent Clark et Oliver. Pendant ce temps, Tess affronte Zod...

Tess met en place un plan complexe afin de kidnapper Green Arrow et le livre à Amanda Waller qui lui annonce que le gouvernement le recrute pour servir son pays. Cependant il réussit à s’échapper avant que son identité ne soit révélée. Oliver fait part de son aventure à Clark et Chloe et, ensemble, se mettent à faire des recherches. Mais Clark est surpris de trouver sur son chemin John Jones enquêtant lui aussi sur l'enlèvement d'Oliver. Clark pense que John garde certaines informations pour lui. Waller menace de tuer Chloe à moins que Clark ne lui donne les noms et les emplacements du reste des membres de la Ligue de Justice.

Zod suggère à Lois d'enquêter dans l'un des laboratoires secrets de Tess. Une explosion détruit entièrement les lieux et Lois ne doit la vie qu'à l'intervention de John Corben. Alors qu'il enquête sur la déflagration, Clark est exposé à la kryptonite rouge. Chloe sait ce que cela signifie pour son ami...

Lois enquête sur la sortie de prison précoce de l'ancien procureur Raymond Sacks. L'homme se montre particulièrement agressif avec la journaliste. Heureusement, l'intervention inattendue de Red-Blue Blur la sauve des griffes du truand. De son côté, Chloe découvre enfin l'identité secrète de Zod...

En entrant dans la Tour de guet, Tess déclenche le système de sécurité programmé par Chloe et les deux jeunes femmes se retrouvent alors enfermées. Chloe découvre que les Kandoriens partagent une information à partir du serveur de la Tour de guet. Clark apprend que Zod a retrouvé ses superpouvoirs

A la grande surprise de Clark, Martha Kent revient à Smallville avec son nouveau petit ami, Perry White. Lois et Perry, qui réalisent qu'ils travaillent sur le même histoire concernant la Reine Rouge, décident de faire équipe et se retrouvent dans une situation dangereuse. Chloe aide Clark à trouver le Livre De Rao, dans lequel ils espèrent apprendre comment vaincre Zod et son armée.

Zod lâche ses troupe sur le monde, ce qui force Chloé à appeler du renfort. Pendant ce temps, il raconte à Lois qu'il est le Flou et lui demande de voler le Livre de Rao à Clark. Partagée, elle demande à Clark d'être honnête avec elle sur tout, mais il refuse...