Clark řekne Jor-Elovi, že je připraven zahájit výcvik, ale Jor-El ho pošle zpět do Metropolis, aby přerušil styky s Lois, než bude moci začít. Chloe je šokována, když se Lois po několika týdnech pohřešování náhle objeví, ale Lois si na to, že by se rozplynula v povětří s prstenem Legie, nevzpomíná. Chloe prosí Clarka, aby použil prsten Legie a vrátil se v čase, aby zachránil Jimmyho, ale on odmítá, čímž vrazí klín do jejich přátelství. Mezitím do Luthorova sídla dorazí Zod...

John Corben se po srážce s náklaďákem probudí sám v opuštěném bytě jako člověk-stroj s kryptonitovým srdcem. Corben si uvědomí, že má nyní nadlidskou sílu, a vydá se pomstít Rudomodré skvrně, kterou považuje za nezodpovědného mstitele. Lois se proti Clarkově vůli zapojí do vyšetřování Červeno-modré skvrny a skončí tak, že ji Corben unese.

Zod a jeho vojáci vypustí do vzduchu virus, který mění lidi v zombie. Jediný způsob, jak ho zastavit, je vyrobit protilátku z krve jiného Kryptoňana. Poté, co je Lois nakažena, Chloe prosí Clarka, aby daroval svou krev a epidemii zastavil, i když tím riskuje, že ho Zod prozradí.

Tess donutí Olivera, aby přišel na slavnostní akci Queen Industries a uklidnil představenstvo, ale vše se zvrtne, když se objeví Hračkář s bombou a plánem pomstít se Oliverovi. Hračkář Oliverovi řekne, že se musí přiznat k vraždě Lexe, jinak to tu vyhodí do vzduchu. Mezitím Jor-El v rámci svého výcviku dává Clarkovi schopnost slyšet myšlenky jiných lidí.

Oliver se snaží pomoci mladé dívce z ulice Mie alias Speedy dostat se z nebezpečného života a nabídne jí, že ji vycvičí, ale Mia ho podrazí. Lois požádá Clarka, aby jí pomohl získat práci televizní moderátorky, ale oba jsou šokováni, když je stanice chce zaměstnat jako tým.

Jor-El záhadně přijíždí na Kentovu farmu a hledá svého syna Kal-Ela, ale místo toho se setkává s Chloe. Zod je přesvědčen, že Šmouha je Jor-El, a požádá Tess o pomoc při jeho hledání, aby ho donutil odhalit tajemství jeho schopností. Clark si uvědomí, že Jor-El je naživu a na Zemi, a závodí, aby ho našel dříve než Zod.

"Zázračná dvojčata" Zan a Jayna z DC Comics se objeví v Metropolis, aby pomohly Skvrně v boji proti zločinu, ale nakonec zpackaly několik záchranných akcí a dostaly Clarka do problémů s okresním státním zastupitelstvím.

Tess unese Lois, aby zjistila, kam Lois odešla poté, co na několik týdnů zmizela. Loisina vzpomínka na budoucnost představuje Metropolis pod Zodovou nadvládou a Clarka bezmocného pod rudým sluncem, zatímco Chloe s Oliverem vytváří skupinu odporu. Poté, co se Clark dozví o těchto budoucích událostech, učiní důležité rozhodnutí ohledně Zoda.

Oliverova minulost se vrací v podobě Temného lučištníka, Oliverova bývalého učitele, který se chce pomstít svému žákovi a zaměří se na Lois a Chloe. Oliver se Temnému lučištníkovi postaví poté, co jeho bývalý učitel unese Miu alias "Speedy", ale je dotlačen až na hranici svých možností a Clark závodí, aby mu zabránil udělat další smrtelnou chybu.

Chloe vyhledá muž jménem Sylvester Pemberton a řekne jí, že ví o jejím týmu superhrdinů a potřebuje jejich pomoc. Než však stačí vysvětlit, kdo je, je napaden a zabit Icicle. Pátrání Clarka a Chloe zavede do bývalého sídla Justice Society of America, kde se setkává s Nelsonem alias Dr. Fatem, Carterem Hallem alias Hawkmanem a Courtney alias Star Girl. Courtney prosí Hawkmana a Dr. Fatea, aby jí pomohli dopadnout vraha, který se zaměřil na jejich skupinu, ale ti se zdráhají vrátit ke svým povinnostem superhrdinů. Clark, John Jones, Green Arrow a Chloe se spojí, aby pomohli JSA zastavit Iciclea dříve, než zavraždí dalšího člena skupiny. Lois mezitím obdrží balíček od tajemné agentury Checkmate, kterou vede Amanda Wallerová.

Clark se setká se Zatannou na komiksovém srazu, kde mu řekne, že její otec očaroval výtisk komiksu "Anděl bojovník", který má kouzelnou moc. Mladík jménem Stephen komiks ukradne a získá superschopnosti, promění se v Anděla bojovníka a zachrání Chloe před strašlivou nehodou.

Je Valentýn a Clark je na rande s Lois a nevědomky se nakazí drahokamem kryptonitem, který má magické vlastnosti plnící přání. Clark se Lois zmíní, že by si přál, aby měli tradičnější vztah,a tak Lois odejde z Daily Planet, nastěhuje se ke Clarkovi a začne plánovat svatbu. Clark, který si stále není vědom své nové schopnosti, také náhodně řekne Chloe, že by si přál, aby na něj více dohlížela, a tak si infikovaná Chloe vezme jeho přání k srdci a zaměří se na nový cíl - Lois.

Bernard Chisholm, doktor, který zemřel a Kandoriané ho oživili, aby na něm mohli provádět pokusy, uteče a unese několik Kandorianů, aby dokázal, že Zemi napadli mimozemšťané. Bernard se snaží přimět Lois, aby napsala článek potvrzující jeho tvrzení, ale když Lois odmítne, unese i ji. Ve snaze zachránit svůj lid se Zod vydává za reportéra z Daily Planet a odhalí Bernardovu tajnou laboratoř. Clark dorazí do laboratoře právě včas, aby viděl, jak je Zod zastřelen.

Clark a Lois se vydají z města na klidnou romantickou dovolenou, ale jejich plány jsou zmařeny, když v hostinci Bed & Breakfast narazí na Chloe a Olivera. Trapnou chvilku dvojice přeruší příchod Stříbrné banshee, která se zaměří na Clarka a Olivera. Mezitím se Tess utká se Zodem s překvapivým výsledkem.

Tess vymyslí důmyslnou mystifikaci, aby Green Arrowa unesla, a předá ho Amandě Wallerové, která mu řekne, že ho vláda verbuje do služby vlasti. Green Arrow však uteče dříve, než se jim podaří odhalit jeho totožnost. Poté, co Oliver seznámí Clarka a Chloe s případem, všichni tři začnou vyšetřovat a Clark je překvapen, že únos Olivera vyšetřuje i John Jones. Clark vycítí, že mu John zatajuje informace. Oliver a Clark jsou šokováni, když jim Tess prozradí, že Amanda jde po něčem, co se jmenuje "Strážná věž". Wallerová vyhrožuje, že Chloe zabije, pokud jí Clark neprozradí jména a umístění zbytku Ligy spravedlnosti.

Zod se nadále vydává za "Skvrnu" a požádá Lois, aby prozkoumala jednu z Tessiných tajných laboratoří. Laboratoří otřese výbuch a Lois zachrání John Corben, který byl předmětem několika experimentů. Při vyšetřování výbuchu je Clark vystaven červenému kryptonitu. A nakažený Clark odvádí Zoda do Pevnosti. Tess se obrátí na Chloe s prosbou o pomoc a společně pošlou Corbena, aby Clarkovi zabránil odhalit všechna jeho tajemství.

Lois vyšetřuje předčasné propuštění bývalého okresního prokurátora Raymonda Sacse z vězení, ale ten jí při konfrontaci vyhrožuje zbraní. Skvrna ji zachrání, ale je zachycena na filmový pás poslíčkem, který má v plánu prodat fotografii Sacksovi. Lois a Clark se každý z nich pokusí doručení fotografie překazit a narazí na Maxwella Lorda, bohatého magnáta a agenta Šachové organizace, který se snaží zjistit identitu Skvrny, aby ho mohl zlikvidovat. Mezitím Chloe odhalí Zodovo tajemství.

Tess se vloupá do Strážné věže, čímž spustí důmyslný bezpečnostní systém, který Chloe nainstalovala, a nakonec obě ženy uvězní uvnitř. Clark si uvědomí, že Zod dal svým vojákům superschopnosti.

Ke Clarkovu překvapení se do Smallville vrací Martha Kentová se svým novým přítelem Perrym Whitem v závěsu. Lois a Perry si uvědomí, že oba pracují na stejném příběhu o Rudé královně, a rozhodnou se spojit, což je nakonec vystaví vážnému nebezpečí. Chloe pomáhá Clarkovi hledat Raovu knihu, o níž se domnívají, že obsahuje informace o tom, jak zastavit Zoda a jeho armádu.

Když Zod a Kandoriané zahájí brutální útok na Zemi, Chloe povolá do boje proti mimozemšťanům staré přátele. Clark a Zod se utkají v epické bitvě o vládu nad Zemí.