Clark decide que ya es hora de comenzar su entrenamiento en la Fortaleza, pero Jor-El insiste en que primero debe regresar a Metrópolis para cortar de raíz los lazos que mantiene con Lois.

El nuevo colega de Lois, John Corben, sufre un accidente del que despierta con fuerza sobrehumana y el corazón de kriptonita.

Zod y sus soldados liberan un virus en el aire que convierte a los humanos en zombies. La única manera de pararlo es fabricar un antídoto con la sangre de otro kriptoniano. Después de que Lois es infectada, Chloe le suplica a Clark que done su sangre para parar la epidemia, aunque eso pone en riesgo el que se revele ante Zod.

Tess obliga a Oliver a ir a la gala de las Industrias Queen para hacer descansar al Consejo, pero las cosas se tuercen cuando Toyman aparece con una bomba y planea cobrarse venganza contra Oliver. Toyman le dice a Oliver que debe confesar el haber asesinado a Lex o volará el lugar. Mientras tanto, como parte de su entrenamiento, Jor-El le da a Clark la habilidad de escuchar los pensamientos de la gente.

Oliver es drogado y secuestrado por una mujer llamada Victoria Roulette, quien le dice a Oliver que está involucrado en un juego peligroso y que debe de luchar por su vida. Después de que Victoria aparezca muerta y Oliver sea arrestado por la policía, él regresa a Chloe para pedirle ayuda. Mientras tanto, Lois le recrimina a Clark el no haberle contado el intento de suicidio de Oliver.

Oliver intenta ayudar a una joven chica de la calle, Mia Speedy, a que salga de su peligrosa vida ofreciéndole entrenarla, pero Mia lo engaña. Lois le pide a Clark que la ayude a hacerse con un trabajo como presentadora de un programa que se emite para la televisión, pero los dos se quedan en shock cuando la cadena quiere contratarlos como equipo.

Jor-El misteriosamente llega a la granja de los Kent buscando a su hijo, Kal-El, pero se encuentra con Chloe en su lugar.

Convencido de que el Borrón es Jor-El, Zod alista a Tess para que le ayude a encontrarle y forzarle a que le revele el secreto de sus poderes. Clark se da cuenta de que Jor-El está vivo y en la Tierra y corre a encontrarle antes de que Zod lo haga.

Los gemelos superhéroes Zan y Jayna aparecen en Metrópolis para ayudar al Borrón a luchar contra el crimen pero terminan estropeando varios rescates, lo que termina con Clark metido en líos con la oficina del Fiscal del Distrito. Clark decide ofrecerse como el Borrón para limpiar su nombre.

Tess secuestra a Lois para descubrir dónde fue Lois tras haber desaparecido durante semanas. Los recuerdos de Lois del futuro representan a una Metrópolis bajo las reglas de Zod y a Clark sin poderes bajo el sol rojo, mientras que Chloe forma un grupo de resistencia con Oliver. Después de conocer estos eventos futuros, Clark toma una importante decisión sobre Zod.

El pasado de Oliver regresa para perseguirlo en la forma de The Dark Archer, el antiguo maestro de Oliver, quien busca venganza de su estudiante apuntando a Lois y a Chloe.

Un misterioso hombre aparece ante Chloe para hacerle una terrible revelación , que desencadena una serie de descubrimientos sobre un grupo de justicieros aparentemente olvidados.

Clark se encuentra con Zatanna en una convención de cómics, donde le dice que su padré hechizó una copia del libro de cómic “Warrior Angel” y que tiene poderes mágicos. Un joven llamado Stephen roba el cómic y desarrolla súper poderes, transformándose él mismo en Warrior Angel y salvando a Chloe de un horrible accidente.

Es el Día de San Valentín y mientras que Clark está en una cita con Lois, sin saberlo se ve infectado por una gema de kriptonita, que tiene propiedades mágicas para satisfacer deseos. Clark le menciona a Lois que él desearía que tuvieran una relación más tradicional, así es que Lois deja el Daily Planet, se muda con Clark y empieza a planear su boda. Aún ajeno a su nuevo poder, Clark también le dice de forma casual a Chloe que desearía que pasara más tiempo vigilándole, así es que una infectada Chloe se toma a pecho su deseo y pone la vista sobre un nuevo objetivo – Lois.

Bernard Chisholm, un doctor que murió y fue devuelto a la vida por los Kandorianos para que pudieran experimentar con él, se escapa y rapta a algunos Kandorianos para probar que los aliens han invadido la Tierra. Bernard intenta que Lois escriba una historia que respalde su afirmación, pero cuando Lois se niega, la rapta también. En un esfuerzo por salvar a su gente, Zod posa como resportero del Daily Planet y descubre el laboratorio secreto de Bernard. Clark llega al laboratorio justo a tiempo para ver que Zod es disparado.

Tess secuestra a Green Arrow y lo lleva a ver a Amanda Waller, pero se escapa antes de que su identidad sea revelada.

Mientras investiga un misterioso laboratorio Lois es rescatada de una explosión por John Corben.

Durante una investigacion de un fugado, Lois acaba encontrandose con un agente de Checkmate.

Cuando Tess intenta entrar ilícitamente en la Watchtower, esta y Chloe son atrapadas por su parte Oliver se enfrenta a Zod.

Martha, la madre de Clark, regresa a Smallville y lo hace con su nuevo novio, Perry White.

Clark y Zod se enfrentarán en una batalla épica que definirá la libertad de la Tierra.