Clark vertelt Jor-El dat hij klaar is om met zijn training te beginnen, maar Jor-El stuurt hem terug naar Metropolis om de banden met Lois te verbreken voordat hij kan beginnen. Chloe is geschokt wanneer Lois plotseling weer verschijnt nadat ze wekenlang is vermist, maar Lois kan zich niet herinneren dat ze met de Legion-ring uit het niets is verdwenen. Chloe smeekt Clark om de Legion-ring te gebruiken om terug te gaan in de tijd om Jimmy te redden, maar hij weigert en drijft een wig in hun vriendschap. Ondertussen arriveert Zod in het landhuis Luthor ...

Nadat hij door een vrachtwagen is geraakt, wordt John Corben alleen wakker in een verlaten appartement als een machine voor mensen met een Kryptonite-hart. Corben realiseert zich dat hij nu bovenmenselijke kracht heeft en gaat wraak nemen op de Red-Blue Blur, die hij als een onverantwoordelijke burgerwacht beschouwt. Tegen de wensen van Clark in, neemt Lois deel aan het onderzoek van de Red-Blue Blur en wordt uiteindelijk ontvoerd door Corben.

Zod en zijn soldaten brengen een virus in de lucht dat mensen in zombies verandert. De enige manier om het te stoppen is door een tegengif te maken uit het bloed van een andere Kryptonian. Nadat Lois is geïnfecteerd, smeekt Chloe Clark om zijn bloed te doneren om de epidemie te stoppen, ook al dreigt het hem naar Zod te brengen.

Tess dwingt Oliver om naar een Queen Industries-gala te komen om het bestuur op zijn gemak te stellen, maar het gaat mis als de Toyman opduikt met een bom en een plan om wraak te nemen op Oliver. De Toyman vertelt Oliver dat hij moet bekennen dat hij Lex heeft vermoord, anders zal hij de boel opblazen. Ondertussen geeft Jor-El Clark als onderdeel van zijn training de mogelijkheid om de gedachten van anderen te horen

Oliver wordt gedrogeerd en ontvoerd door een vrouw genaamd Victoria AKA Roulette, die Oliver vertelt dat hij betrokken is bij een gevaarlijk spel en voor zijn leven moet vechten. Nadat Victoria dood is opgedoken en Oliver is gearresteerd door de politie, wendt hij zich tot Chloe voor hulp. Ondertussen hekelt Lois Clark omdat hij haar niet heeft verteld over Oliver's zelfmoordpoging.

Oliver probeert een jong straatmeisje, Mia AKA Speedy, te helpen uit haar gevaarlijke leven te komen door aan te bieden haar te trainen, maar Mia kruist hem dubbel. Lois vraagt Clark om haar te helpen een baan als on-air televisiepresentator te krijgen, maar de twee zijn geschokt als het station ze als team wil aannemen.

Jor-El arriveert op mysterieuze wijze op de boerderij van Kent op zoek naar zijn zoon, Kal-El, maar ontmoet in plaats daarvan Chloe. Overtuigd van de vervaging is Jor-El, Zod roept de hulp van Tess in om hem te vinden om hem te dwingen het geheim van zijn krachten te onthullen. Clark realiseert zich dat Jor-El leeft en op aarde is en racet om hem te vinden voordat Zod dat doet.

DC Comics " The Wonder Twins 'Zan en Jayna verschijnen in Metropolis om The Blur te helpen de misdaad te bestrijden, maar eindigen met het redden van verschillende reddingsacties en landen met Clark in heet water met het kantoor van de officier van justitie.

Tess ontvoert Lois om erachter te komen waar Lois heen ging nadat ze wekenlang was verdwenen. Lois 'herinnering aan de toekomst toont een metropool onder Zod's heerschappij en Clark machteloos onder de rode zon, terwijl Chloe samen met Oliver een verzetsgroep vormt. Na kennis te hebben genomen van deze toekomstige gebeurtenissen, neemt Clark een belangrijke beslissing over Zod.

Oliver's verleden komt hem achtervolgen in de vorm van The Dark Archer, de voormalige leraar van Oliver, die wraak wil nemen op zijn student door zich op Lois en Chloe te richten. Oliver gaat de confrontatie aan met The Dark Archer nadat zijn voormalige mentor Mia AKA "Speedy" heeft ontvoerd, maar tot het uiterste wordt gedreven en Clark racet om te voorkomen dat hij nog een dodelijke fout maakt.

Clark ontmoet Zatanna op een stripboekconventie, waar ze hem vertelt dat haar vader een exemplaar van het stripboek "Warrior Angel" heeft gecharmeerd en dat het magische krachten heeft. Een jonge man genaamd Stephen steelt het stripboek en ontwikkelt superkrachten, transformeert zichzelf in Warrior Angel en redt Chloe van een vreselijk ongeluk.

Het is Valentijnsdag en terwijl Clark op een date is met Lois, raakt hij onbewust besmet met edelsteenkryptoniet, dat magische wensvervullende eigenschappen heeft. Clark vermeldt aan Lois dat hij zou willen dat ze een meer traditionele relatie hadden, dus Lois verlaat de Daily Planet, trekt in bij Clark en begint met het plannen van hun bruiloft. Nog steeds niet op de hoogte van zijn nieuwe kracht, vertelt Clark ook nonchalant aan Chloe dat hij zou willen dat ze meer tijd voor hem zou vrijmaken, dus neemt een geïnfecteerde Chloe zijn wens ter harte en richt haar zinnen op een nieuw doelwit - Lois.

Bernard Chisholm, een arts die stierf en weer tot leven werd gewekt door de Kandorians zodat ze op hem kunnen experimenteren, ontsnapt en ontvoert sommige Kandorians om te bewijzen dat buitenaardse wezens de aarde zijn binnengevallen. Bernard probeert Lois ertoe te brengen een verhaal te schrijven dat zijn bewering bevestigt, maar wanneer Lois weigert, ontvoert hij haar ook. In een poging om zijn volk te redden, doet Zod zich voor als een verslaggever van de Daily Planet en ontdekt Bernard's geheime lab. Clark komt net op tijd bij het lab om Zod te zien schieten.

Clark en Lois gaan de stad uit voor een rustig romantisch uitje, maar hun plannen worden gedwarsboomd wanneer ze Chloe en Oliver tegenkomen in hun Bed & Breakfast Inn. Het ongemakkelijke moment van de koppels wordt onderbroken door de komst van de Silver Banshee, die haar zinnen op Clark en Oliver zet. Ondertussen confronteert Tess Zod met een verrassend resultaat.

Tess creëert een uitgebreide hoax om Green Arrow te ontvoeren en levert hem af aan Amanda Waller, die hem vertelt dat de regering hem rekruteert om zijn land te dienen. Green Arrow ontsnapt echter voordat ze zijn identiteit kunnen onthullen. Nadat Oliver Clark en Chloe op de hoogte heeft gebracht, onderzoeken de drie en Clark is verrast dat John Jones ook Oliver's ontvoering onderzoekt. Clark voelt dat John informatie voor hem achterhoudt. Oliver en Clark zijn geschokt als Tess onthult dat Amanda op zoek is naar iets dat 'Wachttoren' wordt genoemd. Waller dreigt Chloe te vermoorden, tenzij Clark haar de namen en locaties van de rest van de Justice League geeft.

Zod blijft zich voordoen als "The Blur" en vraagt Lois om één van Tess 'geheime labs te onderzoeken. Een explosie brengt het lab op zijn kop en Lois wordt gered door John Corben, die het onderwerp was van meerdere experimenten. Tijdens zijn onderzoek naar de explosie wordt Clark blootgesteld aan rood kryptoniet. En de geïnfecteerde Clark brengt Zod naar het fort. Tess wendt zich tot Chloe voor hulp en ze sturen Corben om te voorkomen dat Clark al zijn geheimen prijsgeeft.

Lois onderzoekt de vroege vrijlating van ex-officier van justitie Raymond Sacks in de gevangenis, maar hij bedreigt haar met een pistool wanneer ze wordt geconfronteerd. The Blur redt haar, maar wordt op film vastgelegd door een bezorger die van plan is de foto te verkopen aan Sacks. Lois en Clark proberen elk de levering van de foto te dwarsbomen en komen Maxwell Lord tegen, een rijke magnaat en Checkmate medewerker, die probeert de identiteit van The Blur te leren kennen om hem te elimineren. Ondertussen ontdekt Chloe het geheim van Zod.

Tess breekt in bij Wachttoren en activeert een uitgebreid beveiligingssysteem dat Chloë heeft geïnstalleerd, waardoor uiteindelijk de twee vrouwen binnenin gevangen zitten. Clark realiseert zich dat Zod zijn soldaten superkrachten heeft gegeven.

Tot grote verrassing van Clark keert Martha Kent terug naar Smallville met haar nieuwe vriend, Perry White en neemt hem op sleeptouw. Lois en Perry beseffen dat ze allebei aan hetzelfde verhaal over de Rode Koningin werken en besluiten om samen te werken, wat hen uiteindelijk in groot gevaar brengt. Chloe helpt Clark bij het zoeken naar het Boek van Rao, dat volgens hen informatie bevat over hoe Zod en zijn leger te stoppen.

Wanneer Zod en de Kandorians hun brute aanval op aarde lanceren, roept Chloe een paar oude vrienden in om deel te nemen aan de strijd tegen de aliens. Clark en Zod nemen het tegen elkaar op in een epische strijd om de controle over de aarde terug te krijgen.