Tess Mercer prend la direction des opérations à la tête de LuthorCorp, selon les instructions laissées par Lex. Celui-ci, ainsi que Clark, ont disparu depuis leur confrontation en Arctique. L'Archer vert, aidé de Black Canary et Aquaman, est également à la recherche de Clark... Lois, de son côté, tente d'en savoir plus sur la disparition de sa cousine. Le Département de la Sécurité Intérieure, qui avait arrêté la jeune femme, déclare n'avoir aucun dossier au nom de Chloé Sullivan...

Les premiers pas de Clark au Daily Planet sont mouvementés. Dès son premier jour, il vole au secours des victimes d'un attentat à la bombe. Chloé, arrivée rapidement sur les lieux, apporte également sa contribution avec l'aide de Davis, un jeune et charmant secouriste...

La Ligue de Justice, dirigée par Green Arrow, explore l'Arctique à la recherche de Clark, qui a disparu lorsque la Forteresse s'est effondrée. L'équipe se confronte rapidement avec le nouveau directeur de la Luthorcorp, Tess Mercer. Pendant ce temps, Chloé est détenue prisonnière par un groupe mystérieux qui a découvert qu'elle a un nouveau pouvoir, et les pouvoirs de Clark ont été retirés par Jor-El.

Tess et son équipe effectue des tests sur le cristal de Clark qu'elle a rapporté d'arctique, lançan une lumière intense dans l'univers. Ceci a pour conséquence l'arrivée de Maxima, une reine de la planète Almerac, recherchant son âme soeur qu'elle croit provenir du signal. Malheureusement, son pouvoir est trop fort pour les humains et chaque baiser qu'elle donne les tue. La séductrice Maxima arrive à Métropolis et commence ses recherches, en commençant par Jimmy.

Après qu'ils quittent leur fête de fiançailles, Chloe et Jimmy sont enlevés par un bijoutier psychotique qui a été marqué émotionnellement par l'infidélité de son épouse et maintenant enlève des couples et les soumet à un détecteur de mensonges avec l'aide d'une kryptonite améliorée qui les choque s'ils mentent. Le ravisseur demande alors à Chloe si elle aime quelqu'un d'autre. Entre-temps, dans l'effort de trouver Chloe et Jimmy, Clark et Lois posent comme un couple et sont eux-mêmes enlevés puis interrogés dans le but de savoir ce qu'ils ressentent l'un pour l'autre.

Clark se penche sur une récente attaque dans un théâtre, qui est peut-être l'oeuvre d'un tueur en série. Pensant qu'il pourrait s'agir de quelqu'un infecté par les météorites, il exige que Chloe lui fournisse le noms des personnes qui la consultent à la Fondation Isis, ce qui provoque un clash entre les deux amis. Davis craint que ses malaises ne signifient qu'il soit le tueur et il recueille les éléments de preuves qui pourraient l'impliquer. Craignant le pire, il confesse ses soupçons à Chloe.

Jimmy a pris une photo de Clark arrivant en super vitesse pour sauver Loïs d'un agresseur et parvient à identifier du rouge et du bleu qui sont flou sur la pellicule. Jimmy la montre à Tess, qui décide de la mettre en première page du Daily Planet. Clark craint que son identité soit découverte, et demande alors à Chloé de faire pression sur Jimmy, mais elle refuse.

Clark reçoit un paquet anonyme contenant le cristal que Tess a trouvé dans l'Arctique. Quand il prend le cristal, il l'active ce qui l'envoit lui et Loïs dans la zone Fantôme où ils retrouvent Kara. Kara ouvre un portail pour que Loïs reparte, mais la femme de Zod, Faora s'échappe avec elle et prend possession du corps de Loïs. Et c'est une Loïs possédée qui se déchaîne sur Metropolis.

Brainiac commence à supprimer les souvenirs de Chloé un par un jusqu'à ce que la seule personne dont elle se souvienne est Davis. Clark réalise que le seul moyen d'arrêter Brainiac de prendre le contrôle de Chloé est de reconstruire la forteresse et demande à Jor El de la soigner.

Chloé est emballée de se marier à Jimmy. Oliver dit à Clark qu'il pense qu'il a découvert où se cache Lex et prend son envol pour Cuba afin de vérifier. Mais, lorsque il arrive sur place, il est choqué de trouver Lana à la place. Clark et Lois se rapprochent mais le chaos intervient lorsque Doomsday provoque des dégâts à la cérémonie de mariage et tente d'enlever Chloé.

Clark est en état de choc après l'enlèvement de Chloe par Doomsday. Prêt à partir à sa recherche, il est attaqué par le «Persuader». Rokk, Imra et Garth, trois super-héros membres de la Légion, arrivent du futur pour aider Clark à vaincre ce nouvel ennemi. Brainiac, qui a pris le contrôle de Chloe, révèle à Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été créé dans le but de détruire le monde...

Clark découvre que John Jones s'est fait tirer dessus alors qu'il enquêtait sur une affaire, Clark endosse alors l'uniforme de police pour découvrir le coupable. Pendant ce temps, Lana essaie de convaincre Tess que Lex n'est pas l'homme qu'elle croit. Les nouvelles consternantes de Lana forcent Tess à réévaluer sa position en tant que gérante de Luthorcorp.

Clark se rend à l'appartement de Lana et découvre qu'il a été saccagé. Tess arrive soudain, armée, et annonce à Clark qu'elle voulait avertir Lana qu'elle est en danger. Cette dernière a disparu et Tess pense que c'est Lex qui l'a enlevée. Elle révèle également à Clark qu'elle a obligé Lana à tourner la vidéo dans laquelle elle lui fait ses adieux. Lana aurait en effet enquêté sur les activités secrètes de Lex et fait une découverte surprenante dans les locaux de la LuthorCorp. Clark, aidé par Tess et Chloe, part à la recherche de la jeune femme...

Linda Lake revient à Metropolis et menace Clark de révéler son secret s'il ne lui fournit pas un scoop, qui lui permettrait de redevenir une journaliste vedette. Il essaie de la stopper mais celle-ci parvient à s'échapper. Refusant de se soumettre à ce chantage, Clark révèle son secret à Lois. Elle lui rit d'abord au nez mais Clark lui montre ses pouvoirs pour la convaincre. Elle croit être la première à connaître la vérité mais Clark lui révèle que Chloe et Lana sont aussi au courant. Il lui demande de rédiger et de publier son histoire dans le «Daily Planet»...

Tess invite Clark à une conférence de presse à Los Angeles, mais lorsqu'une explosion retentit dans l'avion privé qui les emmènent, Clark doit trouver une solution pour sauver tout le monde sans que Tess n'apprenne son secret. Sans qu'il le sache, Tess a organisée l'explosion pour forcer Clark à dévoiler ses pouvoirs. Dans le même temps, Davis découvre un moyen surprenant de contrôler le monstre en lui.

Lors de la fête d'anniversaire de Chloé, une mystérieuse magicienne prénommée Zatanna fait le souhait que Chloé ressemble plus à Loïs et échange le corps des deux jeunes femmes. Zatanna recherche le livre de sorts de son père afin de pouvoir invoquer son esprit, mais pas avant d'avoir exaucé le voeu le plus cher de Clark. Cassie demande de l'aide à Oliver, elle lui demande de voler un objet que Lex avait avant qu'il ne disparaisse. Elle propose d'assouvir le moindre désir du jeune homme s'il réussit. Un sort est lancé sur Clark, pour qu'il croit qu'il est un simple reporter avec des lunettes. Alors qu'elle est Lois, Chloé voit Clark lui révéler ses sentiments pour elle.

Tess tente de tuer Davis en faisant exploser son camion. Cependant, après qu'il se soit échappé, elle réalise qu'elle a besoin d'aide pour le détruire et se tourne vers Clark. Elle révèle alors à ce dernier les secrets d'enfance de Davis avec les Luthor et lui laisse entendre qu'elle connaît la véritable identité de Clark. Au même moment, Davis part trouver Chloé afin qu'elle puisse l'aider.

Loïs croit qu'elle a besoin d'un gros scoop pour conforter sa réputation de journaliste star mais le Flou Rouge et Bleu continuent de lui échapper. Cependant, alors que Chloé se fait agresser, Loïs intervient pour repousser un de ceux qui l'attaquent et se sert de cette occasion pour prétendre qu'il y a un nouveau super héros en ville, Stiletto. Clark est inquiet, Loïs pourrait se blesser en prétendant être une super héroïne, mais alors qu'il est capturé par des voyous avec de la kryptonite, Loïs intervient pour remettre les choses en ordre.

Lorsque Clark apprend que Davis est toujours en vie, il reproche vertement à Chloe de l'avoir protégé. Oliver découvre Jimmy en train de s'introduire par effraction dans l'appartement de Chloe. Alors que les deux hommes ont une explication, ils sont attaqués par Davis, qui était tapi dans l'ombre...

Chloe revient et supplie Clark de tuer Davis, affirmant qu'il ne peut plus garder la bête sous contrôle. Tess a assemblé une équipe de Krypto-monstres, dont Plastique, pour traquer Davis afin que Clark puisse le tuer. Toutefois, les choses échappent au contrôle de Tess lorsque l'équipe découvre qu'elle les a doublés.

Oliver dit à Clark qu'il faut tuer Davis car Doomsday est une menace sérieuse qui doit être arrêtée à tout prix. Cependant, Clark refuse de prendre une vie humaine, si bien que l'Archer Vert et son équipe décident de prendre les choses en mains. Loïs s'en prend à Tess mais la lutte prend une tournure inattendue. Pendant ce temps, Chloe se retrouve au milieu de la bataille que se livrent Oliver et Clark sur la mort de Davis.