Clark se enfrenta a Bizarro, el último ocupante de la Zona Fantasma. Durante su enfrentamiento, se rompe una presa y el agua fluye peligrosamente hacia tierra. Lex, acaba de ser arrestado por el asesinato de Lana y se ve sumergido en el coche de policía, sin embargo, es rescatado por una misteriosa mujer joven. Lois consigue poner a Chloe a salvo, pero en el hospital certifican la muerte de su prima.

Clark y Lois descubren la nave de Kara, pero antes de poderla abrir, aparece Kara y deja a Lois sin sentido. Clark se sorprende cuando Kara le informa que ella está ahí para proteger al bebé Kal-El. A pesar de la aparición de Kara, Clark decide que sin Lana, no hay nada que le retenga en Smallville y se marcha a la Fortaleza de la Soledad donde empieza su entrenamiento como superhéroe. Jor-El le dice quién es el padre de Kara y que ella es peligrosa, por lo que Clark se debe quedar en Smallville para averiguar por qué ella ha venido a la Tierra. Lex averigua algo sorprendente sobre Lana y el proyecto 33.1.

Chloe averigua que un medico, el doctor Curtis Knox, ha estado tratando personas afectadas por los meteoritos, eliminando sus habilidades. Desesperada para que le quiten sus poderes, Chloe se cita con él sin saber que el medico se dedica a matar a sus pacientes y a utilizar sus órganos.

Los residentes de Smallville están acosados por el Ángel de la Guerra, una película basada en un tebeo hecha realidad. Cuando Clark interviene para detener un vehículo, es observado por una testigo que decide que Lana impide que el superhéroe pueda llevar a cabo su verdadero destino y que hay que eliminarla.

Clark averigua que Kara se encuentra en Washington buscando el cristal. Kara es sedada y capturada después de entrar en el laboratorio. Clark llega a tiempo para salvarle, pero también cae víctima del suero que sedó a Kara y ve lo que está viendo Kara: a su madre.

Gracias a un accidente, Lana tiene los poderes de Clark. Clark averigua que Lana los ha estado escondiendo para que él no lo supiera. Lana se comporta de forma diferente con los poderes y su comportamiento molesta a Lex y a Clark.

Clark escucha la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara y decide liberarla a pesar de las advertencias de Jor-El. Pronto descubrirá que ha sido manipulado, aunque demasiado tarde. Mientras tanto, Chloe y Lex descubren que Lois y Grant se han estado viento y le advierten que se detenga.

Chloe y Jimmy se encuentran atrapados en un ascensor con una bomba y Jimmy no comprende por qué Chloe no utiliza su teléfono para contactar con Clark.

Clark se encuentra tan feliz con su relación con Lana, que le cuenta que se siente como si pudiera volar. Lex trabaja en un negocio nuevo. Hay otro Kriptoniano oculto en la Tierra.

Oliver regresa y consigue que Chloe se una a él en su venganza de Lex, aunque hay un nuevo superhéroe que se pondrá en medio, a pesar de que Lex es uno de los chicos malos.

Aprovechando que Lex ha sido herido de bala, Clark es convencido de que puede hallar el paradero de su prima si entra en la mente de Lex y lo averigua.

Pete Ross vuelve a Smallville y se encuentra varios cambios desde su partida. Además de resolver sus sentimientos hacia Clarke, Pete tiene que apañarse con la adquisición de un nuevo superpoder por haber mascado un chicle de kriptonita. Lex descubre sus poderes y le chantajea.

Lionel secuestra a Clark y lo mantiene en una celda de kriptonita en Luthorcorp. Chloe y Lana se enfrentan a Lionel que hace recaer las sospechas sobre Lex.

Kara decide enseñar a Clark a volar para aumentar sus posibilidades. Sin embargo, Brainiac tiene otra ventaja frente a ellos. Algunos seres queridos de Clark se verán envueltos en su fuego cruzado.

A pesar de las advertencias de su padre, Lex se encuentra en una encrucijada donde se desata una lucha importante de energía… Con consecuencias mortales.

Clark busca a Brainiac, el único que puede revertir la situación de Lana. Chloe intenta aumentar su energía y entrar en los ordenadores del gobierno.

Jor-El le enseña a Clark lo que hubiese sido la vida en la Tierra si él no le hubiese enviado a ella y le hubiera dejado seguir la misma suerte que los habitantes de su planeta.

Lex es atacado por un miembro de Veritas que talla símbolos kriptonianos en el pecho. Es un mensaje para Clark. Clark, fiel a sus principios, no quiere intervenir en el destino de las personas, incluso si la víctima es Lex Luthor.

Clark piensa que Kara se encuentra bajo los efectos de la kriptonita roja cuando descubre que ella es la razón de la explosión del avión donde iba el último miembro de Veritas. Lex consigue averiguar un lugar donde se encuentran las respuestas de Clark: la Fortaleza de la Soledad y conoce el secreto de Clark.