Clark s'oppose à Bizarro, le dernier fantôme issu de la fantôme zone, et les conséquences du combat provoque la destruction du barrage, déversant un immense torrent d'eau sur les plaines. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, se retrouve submergé dans une voiture de police mais est sauvé par une mystérieuse jeune femme. Lois arrive à mettre Chloé en sécurité mais sa cousine est prononcé morte à l'hôpital. La même femme qui a sauvé Lex réapparait à la ferme et se révèle être Kara Kent, Supergirl, la cousine kryptonienne de Clark.

Clark et Lois découvrent le vaisseau spatial de Kara mais avant qu'ils puissent l'ouvrir, Kara s'en prend à Lois. Clark est choqué d'apprendre de la bouche de Kara qu'elle est ici pour protéger un bébé : Kal-El. Malgré l'apparition de Kara, Clark est déprimé et prend une décision : Sans Lana, plus rien ne le retient à Smallville et se rend dans la Forteresse de Solitude pour débuter son entrainement de super-héros. Cependant, Jor-El lui dit quelque chose de troublant qui concerne Zor-El, le père de Kara. Ce dernier est le mal en personne et Kara est dangereuse, Clark décide alors de rester à Smallville pour découvrir la raison de sa venue sur Terre. Dans le même temps, Lex fait une découverte surprenante concernant Lana et le projet 33.1.

Kara veut à tout prix se faire des amis et s'intégrer sur Terre, mais Clark lui conseille de faire profil bas jusqu'à ce qu'elle puisse contrôler ses pouvoirs. En dépit de ses avertissements, quand l'occasion de se participer à l'élection de Miss Pop Corn se présente, Kara s'engage et rencontre ses concurrentes (Tyler (Eva Marcille), Carly (Elsa King) et Tempest (Christine Chatelain)), 3 krypto-monstres qui projettent d'utiliser leurs pouvoirs pour voler une carte au trésor cachée dans une capsule temporelle de Smallville. Après que Tyler ait vu Kara utiliser ses pouvoirs, les 3 filles prétendent être ses amies mais veulent en réalité l'utiliser...

Chloe apprend qu'un docteur, le docteur Curtis Knox, a réussi à traiter les personnes infectées par la kryptonite, leur retirant ainsi leur capacité. Prête à tout pour se séparer de ses pouvoirs, Chloe prend un rendez-vous avec le docteur, sans savoir que le docteur Knox possède un plan abominable pour tuer ses patients et récupérer leurs organes. Pendant ce temps, Kara séduit Jimmy pour qu'il l'aide à localiser son cristal, défiant l'ordre de Clark de rester à la ferme.

Les habitants de Smallville sont en ébullition lorsque "Warrior Angel", un film basé sur le comic-book, commence à être tourné en ville. Cependant, après que l'actrice principale, Rachel Davenport (Christina Milian), ne peut arrêter sa voiture car les freins ont été coupés, Clark doit intervenir pour stopper la voiture. Malheureusement, un fan obsédé est témoin de la scène héroique et décide que Clark est un vrai super-héros, dont la petite amie Lana doit être éliminée pour qu'il puisse accomplir sa destinée. Pendant ce temps, Lex découvre Lionel dans une cabane...

Clark apprend que Kara est à Washington pour rechercher son cristal. Après être rentrée par effraction dans un laboratoire, Kara est capturée et un sérum de vérité à base de kryptonite, lui est administré. Le sérum lui fait révéler un voyage passé jusqu'à la Terre lorsque elle suivait la mère de Clark, Lara, jusqu'à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passer la machine aux rayons thermiques, il tombe également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.

Lana absorbe les pouvoirs de Clark durant une tempête ou la kryptonite et l'electricité se mélangent. Lana utilise ses nouveaux pouvoirs pour faire irruption dans le coffre-fort de Lex et vole des preuves contre Lex qu'elle livre alors à Lois et à Grant, exigeant qu'ils publient un article dévoilant les secrets de Lex. Après que Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper de Lex d'elle-même. Clark essaye d'arrêter Lana qui veut tuer Lex et la bataille commence alors entre les deux.

Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide à travers le cristal de Kara et décide de la libérer, en dépit des avertissements de Jor-El. Lara et Clark sont alors réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, contenant de la krypronite bleue. Alors que Clark la met, il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé et que la kryptonite bleue lui a retiré ses pouvoirs, permettant à Zor-El de prendre le controle de la Forteresse de Solitude. Dans le même temps, Chloé et Lex ont découvert que Lois et Grant commencent une relation et leur demandent d'y mettre un terme.

Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara a disparu. Clark suggère également à la jeune femme de faire équipe ensemble pour faire tomber Lex, ce qu'elle accepte, en lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.

Alors que Clark est prisonnier des glaces dans la Forteresse de Solitude, Bizarro s'acapare sa vie aux côtés de Lana. Ne sachant pas qu'elle côtoie Bizarro, Lana profite du "nouveau Clark" et partage les informations qu'elle a rassemblé sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac, et Bizarro se lance à sa recherche. Lex est surpris de la réaction de Lionel après que Grant lui ait révélé être un clone de Julian.

Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un des dossiers de projets de Lex, mais elle est attaquée par Black Canary, une femme mystérieuse dotée d'un cri strident. Dinah Lance, l'alter-ego de Black Canary, est la présentatrice d'un talk-show et travaille également au Daily Planet où elle est en conflit avec Loïs. Lex persuade Black Canary que Green Arrow et son équipe sont des terroristes, elle lance alors l'attaque sur Green Arrow et Clark. Dans le même temps, Loïs découvre le secret d'Oliver.

Loïs suit Lex jusqu'à Détroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui souffre d'amnésie. Finley, un serveur obsédé par Kara, craint que Lex ne l'éloigne de lui, tire alors dessus et retient Kara et Loïs en otage. Après la découverte du corps inanimé de Lex, Chloe se propose de le guérir, mais Clark refuse de la laisser faire.

Kara et Jimmy suivent le concert de "One Republic" et l'un des machinistes s'avère être l'ancien résidant de Smallville : Pete Ross. Pete mâche inconsciemment un chewing-gum de kryptonite et développe de supers pouvoirs. Clark et Chloe sont ravis de revoir leur vieil ami mais l'avertissent contre l'utilisation de ses pouvoirs en public. Pendant ce temps, Lex découvre le pouvoir de Pete et le fait chanter pour ouvrir un lieu sécurité de Lionel. Lex menace Pete de révéler que Chloe est une "krypto-monstre".

Afin de pouvoir lutter efficacement contre Brainiac, Kara décide d'apprendre à Clark comment voler. Jimmy et Lois enquêtent sur la mort mystérieuse de Patricia Swann. De son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas. Pour obliger Kara à le suivre, Brainiac capture Lana et la plonge dans une léthargie kryptonienne...

Lex s'empare du médaillon de Lionel, qui contient la deuxième clé permettant d'ouvrir le coffre situé à Zurich. A son grand désarroi, il constate que le précieux sésame ne se trouve pas à cet endroit. Il se rend alors au Daily Planet, où il espère découvrir la clé. Quant à Clark, il s'inquiète pour Lana, internée dans un asile...

Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, puisque Brainiac est le seul à pouvoir inverser la situation de Lana. Clark demande à Chloé de vérifier une quelconque source de puissance dans les alentours, elle pirate alors les ordinateurs du gouvernement, déclenchant des alarmes. Jimmy est coincé entre le département de sécurité, qui le menace de le mettre en prison à moins qu'il ne les aide à capturer Chloé, et Lex qui lui offre de blanchir Chloé si Jimmy accepte de passer un accord avec lui.

Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton du passé qui indiquent que Brainiac veut tuer le Bébé Kal-El donc Clark n'existera pas dans le futur. Clark est déchiré parce qu'il croit que le monde serait meilleur s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El prend des dispositions pour qu'il voit ce que la vie aurait été si Clark n'avait pas existé : Lex est le Président des États-Unis, Kara est élevée par les Luthors, Jonathan est vivant, Lana est une épouse heureuse et Chloe et Lois sont des as en tant que reporters.

Lex est attaqué par un inconnu qui grave un symbole kryptonien sur son buste : un message pour Clark. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu et se cache dans une église. Clark et Lex se précipitent pour être le premier à trouver ce mystérieux membre de Veritas, qui détient la clé de la survie de Clark.

Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et lui propose de l'emmener à la forteresse pour lui montrer comment le vaincre. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara vis à vis de mais c'est en fait Brainiac qui a prit l'apparence de Kara tandis qu'elle est piégée dans la zone fantôme. Chloé est arrêtée par la sécurité nationale et Lana se réveille de son état de comat. Finalement, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la forteresse et Lex découvre le secret de Clark.