Envoyé dans la zone fantôme, une prison krypronienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels avides de revanche exilés par son père. Pendant ce temps, ayant pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive en exigeant d'elle un héritier et entame ses projets pour transformer la Terre en une version de Krypton avec l'aide du disque dur du vaisseau spatial. Après que l'avion de Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El explique à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloe retrouve un ancien flirt, Jimmy Olsen...

Clark travaille dur pour réparer les dégats causés par Zod. Alors qu'il s'affaire à la grange, il découvre qu'il a attrapé son premier rhume. Lois, qui voit tomber du ciel la porte de la grange, se met en tête d'élucider ce mystère... L'école étant fermée pour cause de rénovation, Lana s'installe au manoir des Luthor où Lex lui a fait préparer une chambre. Celui-ci semble d'ailleurs très préoccupé. Il a le sentiment étrange, depuis quelques jours, d'être suivi...

Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements... Martha espère obtenir un financement de la part d'Oliver Queen. Mais Lois éconduit par erreur le jeune homme...

Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...

Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux... Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père...

Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu... Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué...

Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir...

Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin... Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet... Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow...

Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve... Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp...

Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos super pouvoirs, une descendance alien et une identité secrète...

Lex et Lana organisent une réception à l'occasion de leurs fiançailles. Au Talon, une mystérieuse femme donne à Lois un rouge à lèvres contenant de la kryptonite rouge. Lois s'empresse de l'essayer et tombe éperdument amoureuse de Clark. Elle l'embrasse passionnément, ce qui réveille en Clark son côté sombre. Il révèle à son amie la véritable identité d'Oliver et la conduit au manoir des Luthor grâce à ses pouvoirs. Alors que Lex et Lana s'apprêtent à porter un toast, Clark intervient et enlève Lana. Il lui avoue ses sentiments et la demande en mariage. Pendant ce temps, Jimmy décide de rompre avec Chloe, persuadé qu'elle est amoureuse de Clark...

Un mystérieux inconnu épie les moindres faits et gestes de Lana et ne cesse de la harceler. Se sentant en danger, la jeune femme part se réfugier dans la ferme des Kent en attendant le retour de Lex, parti en voyage d'affaires. Chloe parvient à identifier l'individu et charge Clark et Jimmy de le surveiller, d'autant que Lana vient d'être menacée de mort...

Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

Clark et Chloé découvrent que Titan (Kane), un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite diffusés sur Internet. Lois renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et forcée à participer au combat avec pour première adversaire, Athena. Clark utilises ses pouvoirs afin de combattre Titan, mais il est stupéfait lorsque arrive Lois sur le ring à sa place.

Après que Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites, il développe une drogue pour sortir Moira de son état catatonique de l'asile, ensuite menace de tuer Chloe à moins qu'elle n'utilise son pouvoir pour l'aider. Clark aide Chloe a s'introduire à l'asile pour secourir Moira et ainsi rencontrer la mère de son amie.

Après que Jodi, une femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est sérieusement blessé et Lex est retenu en hôtage par l'épouse enragée. Clamant que Lex a kidnappé son mari disparu, Jodi menace de détruire entièrement le laboratoire avec Lex à l'intérieur à moins qu'il ne lui dise où son mari est. Clark décide de sécourir Lex, mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Lex et Clark réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

Après un rendez-vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie les photographies de la scène du crime, Jimmy est assomé et se met à rêver d'une version de Smallville dans les années 40, dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son magnat de mari, Lex, Clark travaille au Daily Planet comme reporter et Lois est une chanteuse travaillant dans un club appartenant à Lionel. Pendant ce temps, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex...

Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan, en un "super soldat" en lui injectant de l'ADN prélevé sur différents sujets exposés aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur corrompu menace de réveler le laboratoire secret, Lex ordonne à Wes de tuer le sénateur, mais Lois est témoin de l'attaque et devient ainsi la prochaine cible du super soldat. Dans le même temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

Clark, découvrant que Lionel a menacé Lana de le tuer si elle n'épousait pas Lex, se précipite chez lui pour le réduire au silence une fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à arrêter Lex, qui essaye de trouver le dernier fantôme échappé afin d'utiliser son ADN pour activer son armée de supers soldats. Pendant ce temps Lois se rend au barrage Reeves pour en savoir plus sur le laboratoire secret de Lex, mais elle est brutalement poignardée par un garde. Enfin le pouvoir de Chloe est révélé.