Clark découvre la Forteresse de Solitude. Jor-El lui explique qu'il doit débuter son apprentissage afin d'être prêt pour sauver cette planète... Lana est témoin du crash d'un vaisseau spatial. Plutôt agressif, le couple qui en sort recherche un certain Kal-El... Jonathan tente de retrouver son épouse dans les débris de leur maison... Dans les grottes, Lex reprend connaissance et s'interroge sur ce qu'il vient de se passer. Et où est Chloé ?...

Jor-El a retiré à Clark ses pouvoirs, le rendant humain. Ravi de finalement être "normal", Clark poursuit une relation avec Lana, en faisant table rase du passé. Cependant, trois patients de Belle Reve en fuite débarquent à la ferme et oblige Clark à s'introduire au niveau 3 de Luthorcorp pour se procurer le sérum dont ils ont besoin. Clark doit trouver une solution pour sauver sa famille sans ses supers-pouvoirs...

Insouciants, Clark et Lana ont savouré leur première nuit passé ensemble. Ils n'ont pas idée de ce que la journée leur réserve. S'apprêtant à rejoindre l'université de Métropolis, Chloe reçoit un étrange appel de Gabriel Duncan, un ami qui bossait avec elle à la Torche. Il lui conseille vivement de quitter Smallville car la ville sera rayée de la carte d'ici une heure. Le jeune homme s'apprête en effet à lâcher un missile sur Smallville. Inquiète, Chloe se rend chez les Kent...

A la plage avec ses amis, Lois, partie nager, se cogne la tête en plongeant dans le lac. Avant que Clark ait pu la sauver, un mystérieux nageur, Arthur Curry, vient à son secours. Frustré, Clark n'apprécie pas ce jeune homme qui nage plus vite que lui et tourne autour de Lois. Avec l'aide de Chloe, il cherche à en savoir plus sur A.C... Professeur d'Histoire à l'université de Metropolis, Milton Fine propose à Clark un poste d'assistant de recherche...

Inscrite au dernier moment, Lana a été acceptée à l'Université de Metropolis. Recherchant un logement, elle s'inscrit dans une fraternité qui a des coutumes quelques peu particulières... Chloé postule au Daily Planet pour un stage, mais la rédactrice en chef se révèle plus coriace que prévu... Lex n'apprécie pas que le professeur Fine fasse des recherches approfondies sur tout ce qui le concerne...

Alors qu'elle bosse tard au Daily Planet, Chloe reçoit un appel étrange d'une jeune femme, retrouvée morte quelques heures plus tard. La victime se révèle être une strip-teaseuse. Une photo compromettante montre le respectable sénateur Jake Jennings en compagnie de la dénommée Melissa. Jonathan est déçu de voir son vieil ami ainsi compromis dans une telle histoire. Mais Jennings nie connaître cette femme et préfère laisser les soupçons se porter vers Lex Luthor, qui fait campagne contre lui pour le prochain mandat de sénateur...

Clark quitte précipitamment Lana après d'être coupé avec un fragment d'une kryptonite inconnue, envoyée par Lex. Sur la route qui le mène à Smallville, le jeune homme est victime d'une tentative de meurtre... Jonathan hésite encore à se présenter en tant que candidat aux prochaines élections sénatoriales contre Lex Luthor. Martha s'inquiète des retombées que cette campagne pourrait avoir sur la santé de son mari... Agacée par les mensonges et le comportement ultra-protecteur de Lex, Lana exige la vérité...

Après avoir retrouvé sa mère inconsciente devant la maison, Clark est inquiet. Il n'a pas oublié l'accord de Jor-El : sa vie contre celle d'un proche ! Ses craintes semblent se confirmer lorsque le lendemain Martha a les premiers symptômes. La médecine n'ayant pas de réponse, Clark se tourne vers le Professeur Fine... Lionel Luthor pousse Chloe à enquêter du côté du Professeur Fine...

Alors qu'il s'apprête à donner le feu vert pour compromettre la campagne de Jonathan Kent, Lex est victime d'un homicide. Hospitalisé d'urgence, dans un état grave, il voit en rêve la vie qu'il pourrait avoir s'il décidait de s'éloigner de son père et de la LuthorCorp. Dans cette vie alternative, Lex est marié à Lana. Parents d'un petit garçon, le couple vit heureux depuis 7 ans...

Jonathan reçoit des appels anonymes menaçants pour l'inciter à abandonner sa campagne électorale... Quant à Lex, il met tous les moyens à sa disposition afin de remporter les élections. Il a notamment engagé quelqu'un pour trouver des infos compromettantes susceptibles de mettre son adversaire définitvement hors course. Lex reçoit quelques étudiants qui soutiennent activement sa campagne, dont Samantha Dunn, l'une de ses plus ferventes supportrices...

Deux officiers de police débarquent au manoir des Luthor et retiennent Lex en otage. Ils exigent de savoir où se trouve le vaisseau. L'officier Flynn a en effet été témoin de l'atterrissage du vaisseau spatial lors de la pluie de météorites. Il a aussi vu une équipe de Lex emporter l'engin... Lana déplore le comportement distant de Clark... Quant à Jonathan, il commence à se poser des questions sur les dépenses effectuées par Lois pour sa campagne...

Craignant de perdre Lana, Clark lui dévoile enfin son secret. Il emmène la jeune femme dans sa forteresse de solitude et la demande en mariage. Sous le choc de ces révélations successives, Lana ne sait quoi décider... Entretemps, Jonathan et Lex se préparent à découvrir les résultats des élections sénatoriales...

A Metropolis pour apporter les affaires de son défunt mari à des nécessiteux, Martha se fait agresser par des voyous. Une justicière masquée vole heureusement à son secours et lui sauve la vie. Clark, qui ne se remet pas de la mort de Jonathan, est déterminé à retrouver les voleurs et leur reprendre la montre qu'ils ont dérobé...

La foudre qui s'abat sur le Talon libère l'esprit d'une jeune fille. Un esprit que seule Chloé semble voir. Lois trouve sa cousine dans la salle de bains les veines coupées au niveau des poignets. Hospitalisée, Chloé ne comprend pas ce qui lui est arrivé. Le médecin pense qu'elle a fait une tentative de suicide. Clark s'inquiète pour son amie : serait-elle en train de devenir folle ?... comme sa mère... Martha étudie sérieusement la proposition qui lui a été faite de prendre la place de Jonathan au Sénat...

Compatissant, le Dr Hong libère un homme mi-humain mi-machine répondant au nom de Victor Stone. Retenu prisonnier, le jeune homme a fait l'objet d'expérimentations. Lors de son évasion, il est renversé par la voiture de Lana. Accompagnée à l'hôpital, celle-ci ne comprend pas comment il a pu s'en sortir sans une égratignure. Troublée, elle appelle Clark...

Sous l'emprise de Simone, qui utilise l'hypnose pour contrôler les autres, Clark lui révèle son secret et est envoyé pour tuer Lex. Pendant ce temps, ce dernier part à la recherche du Professeur Fine, réfugié au Honduras, pour lui demander des comptes.

Bouleversée par sa rupture avec Clark, Lana tombe sous l'influence d'un étudiant en médecine qui expérimente un dangereux sérum à base de kryptonite, permettant aux gens de voyager dans l'eau-delà et de communiquer avec les êtres chers. Lana est impatiente de le tester. Lorsque Clark rentre du Honduras pour l'aider, le docteur réussit à lui injecter le sérum et Clark parle avec son père... l'avertissant que Lionel connaît son secret. D'ailleurs, ce dernier continue de se rapprocher de Martha.

Clark se lie d'amitié avec une fillette ayant le pouvoir télékinésique de briser le verre et à qui il doit venir en aide lorsqu'elle est soupçonnée d'avoir tué sa mère, victime d'une violente agression. Pendant ce temps, Chloé est témoin de la complicité grandissante entre Lana et Lex.

Lionel est pris en otage par un vengeur masqué qui le force à jouer à de périlleux jeux de survie. Clark révèle à sa mère que Lionel connaît son secret et s'inquiète également de leur amitié naissante. Peu après, Martha est kidnappée et se retrouve aux côtés de Lionel à lutter pour rester en vie...

Graham, un jeune homme que Clark a sauvé in extremis d'un accident, décide de lui rendre la pareille en projetant de tuer Lex, de manière à réunir de nouveau Lana et Clark. Avant de se faire agresser, Lex prend contact avec Fine. Puis Chloe confond Graham avec un tueur à gage, surnommé

Au cimetière, le fantôme de Jonathan visite Clark et lui demande d'éliminer Lionel, alors que ce dernier désire collaborer avec son fils. Pendant ce temps, Fine, dont le virus est élaboré, fait tout ce qui est en son pouvoir pour obtenir le vaccin de Lex. Une réaction incroyable se produit lorsque Lex se voit injecter sa propre découverte scientifique...

Le professeur Milton Fine a libéré le virus capable de tuer des millions de personnes sur terre et provoque un chaos d'une ampleur mondiale. Il donnera l'antidote à Clark à condition que ce dernier libère Zod. Pour le stopper, Clark se tourne vers Lionel qui établit le contact avec Kal-El. Pendant ce temps, Lex confie le secret de ses pouvoirs à Lana et assiste à son propre avènement...