Clark viene trasportanto nelle Fortezza della Solitudine e deve scegliere se salvare Chloe dal congelamento o la Terra dalla distruzione. Nel frattempo Lana incontra due Kryptoniani che emergono dall'astronave caduta sulla terra durante la pioggia di meteoriti. Gli alieni stanno cercando Kal-El e seminano caos e distruzione sul loro cammino.

Jor-El priva Clark dei suoi poteri e decide di dare a Clark la possibilità di una vita normale. Disgraziatamente le persone care a Clark vengono prese in ostaggio in cambio di un siero contenuto nel Livello 3 alla LuthorCorp. Clark deve cercare di impadronirsi del siero e allo stesso tempo salvare i suoi cari, ma stavolta senza superpoteri.

Gabriel, un'ex studente del liceo, ottiene i codici di lancio di alcuni missili e decide di eliminare i Krypto-mutanti di Smallville una volta e per sempre. Clark, sempre senza poteri, cerca di fermarlo, ma viene ferito da un colpo di arma da fuoco. Clark è in fin di vita e ora soltanto Jor-El può salvarlo.

Durante una festa al Lago del Cratere, Lois viene salvata dall'annegamento dal Arthur "A.C." Curry, nuotatore provetto che però nasconde dei segreti. Nel frattempo il professor Fine discute con Clark sulla nuova operazione di Lex che prevede la fabbricazioni di armi.

Lana si unisce a una confraternita universitaria per avere un alloggio, ma le "sorelle" hanno strane intenzioni: trasformarla in vampiro e usarla contro Clark. Nel frattempo Chloe comincia il suo apprendistato come giornalista al Daily Planet e si scontra con Pauline Kahn, il capo redattore.

Un vecchio amico di Jonathan, il senatore Jack Jennings, arriva a Smallville per ottenere voti per la prossima campagna elettorale. Purtroppo il Senatore viene accusato di aver assassinato la sua amante e per scoprire la verità Lois si finge una spogliarellista per raccogliere le prove.

Martha è contagiata da una strana malattia e il Professor Fine convince Clark che Jor-El è responsabile per la sorte di sua madre; il Professore è convinto che l'unico modo per salvarla è distruggere la Fortezza, ma in realtà Fine ha altri scopi...

Lex sta considerando un piano per sabotare la campagna elettorale di Jonathan, ma viene colpito da un proiettile e finisce in ospedale. Mentre è in coma Lex riceve la visita del fantasma di sua madre la quale gli mostra come potrebbe essere la sua vita se riuscisse a liberarsi della influenza nefasta di Lionel. Purtroppo, nonostante le buone intenzioni, Lex non percepisce il messaggio, ma anzi si risveglia ancora più ossessionato dal potere. Clark nel frattempo aiuta con la consegna dei regali di Natale.

La corsa elettorale per il seggio senatoriale tra Jonathane e Lex subisce una svolta quando Jonathan riceve una minaccia anonima che gli intima di ritirarsi dalla candidatura. Jonathan viene aggredito e malmenato e Clark è deciso a scoprire chi è che si nasconde dietro le minacce. Lois viene coinvolta e costretta a uccidere Jonathan durante il suo discorso.

Lex e Lana si trovano alla mercè di un poliziotto corrotto che li cattura per sapere dov'è nascosta l'astronave Kryptoniana. Mentre i due sono tenuti in ostaggio nel castello, Lex viene ferito e Lana accetta di condurre Flynn all'astronave in cambio di aiuto per Lex. Nel frattempo Jonathan ha un discussione con Lois, che si occupa della sua campagna elettorale, e pretende di sapere da chi provengono i fondi; Lois confessa che il nuovo sponsor altri non è che Lionel Luthor.

Clark rivela il suo segreto a Lana, mentre Lex e Jonathan ricevono finalmente i risultati delle elezioni. Purtroppo un incidente stradale risulta fatale per una persona molto vicina a Clark, il quale si rivolge a Jor-El chiedendogli aiuto.

Clark scopre che la nuova assistente al Daily Planet , una donna di nome Andra, è in realtà la persona che si nasconde dietro la maschera di una misteriosa eroina che combatte il crimine durante la notte. Martha cerca di aiutare Clark a elaborare il lutto per la perdita di suo padre, ma Clark è distante e chiuso nel suo dolore.

Chloe viene posseduta dallo spirito di una ragazza il cui corpo è sigillato nelle mura del Talon; Chloe sparisce dalla circolazione e si mette sulle tracce dell'assassino della ragazza, mentre Clark e Lois cercano di scoprire che fine ha fatto Chloe.

Clark fa la conoscenza di Vicotr Stone, un esperimento della LuthorCorp, un ibrido metà umano e metà macchina. Victor è riuscito a scappare dal laboratorio grazie all'iuto di un dottore e Clark si trova a fronteggiare Lex nel tentativo di aiutare Victor.

Clark viene ipnotizzato da Simone, una donna che usa la magia per controllare le persone. Clark le rivela i suoi poteri e la donna ne approfitta per costringerlo a uccidere Lex. Nel frattempo Lex è riuscito a rintracciare il Professr Fine ed è ansioso di avere delle risposte, ovviamente è all'oscuro del fatto che Clark sta per attuare il piano di Simone.

Distrutta dal dolore dopo la rottura con Clark, Lana si rivolge a uno studente di medicina che sta facendo degli esperimenti a base di Kryptonite per comunicare con i defunti. Lana cerca di parlare con i suoi genitori usando il siero; Clark tenta di aiutare Lana e lo scienziato riesce a iniettargli una dose di siero. Clark riceve un avvertimento da Jonathan: Lionel è al corrente dei suo segreto.

Clark fa amicizia con una ragazzina che ha il potere di spaccare il vetro con la forza del pensiero. La piccola viene accusata di aver ucciso sua madre, ma Clark crede nella sua innocenza e cerca le prove per scagionarla. Nel frattempo Chloe scopre che il legame tra Lex e Lana sta diventando sempre più intenso...

Lionel è tenuto in ostaggio da un uomo in maschera che lo costringe a obbedire ai suoi ordini in cambio della vita. L'uomo coinvolge Lionel in un gioco elaborato e pericoloso e Martha rimane coinvolta nel gioco quando decide di parlare con Lionel in merito al segreto di Clark.

Clark salva la vita a un uomo con il dono dell'invisibilità. Graham per sdebitarsi, decide di usare il suo potere per eliminare Lex, così che Lana e Clark possano ricongiungersi. Alla fine Clark chiede apertamente a Lana cosa prova per Lex.

Clark e Martha ricevono la visita del fantasma di Jonathan che li mette in guardia contro Lionel e istiga Clark ad eliminarlo. Il Professor Fine è disperato ed è pronto a fare qualsiasi cosa pur di ottenere il vaccino da Lex.

Il Professor Fine ormai non ha più freni e minaccia di usare un virus informatico che potrebbe causare il caos sul pianeta Terra, in realtà il suo vero scopo è un altro: liberare Zod dalla sua prigione, la Zona Fantasma. Clark cerca di fermarlo, mentre Lex cerca di prendere una decisione che potrebbe comportare la fine della sua storia con Lana.