קלארק מועבר ל-"מבצר הבדידות" והוא חייב לבחור, האם יציל את דור הארץ או שיציל את קלואי מלקפוא למוות? לאנה פוגשת שני בני קריפטון היוצאים מהחללית וגורמים הרס וחורבן שעה שהם מחפשים את קאל-אל.

ג'ור-אל לוקח מקלארק את כוחותיו והופך אותו לבן-תמותה. מאושר מכך שהוא סוף סוף "נורמלי", קלארק מתחיל להתמיד במערכת היחסים שלו עם לאנה ללא סודות. אבל לאחר שקרוביו נלקחים כבני-ערובה, קלארק חייב למצוא דרך להציל את משפחתו ללא עזרת כוחותיו.

קלואי מקבלת אזהרה מגבריאל על כך שהוא עומד לשגר טיל אטומי ולהשמיד את סמולוויל. קלארק מתעמת עם גבריאל ולבסוף נורה על ידיו. בבית-החולים, קלארק נפטר וגורלו מוטל בידיו של ג'ור-אל. בינתיים לקס מאמין שלאביו, ליונל, יש את המפתח החללית.

במסיבה על שפת אגם לויס ניצלת מטביעה ע"י "איי-סי" קרי. לארתור יש יכולות שחיה מדהימות, אך גם תכניות נגד לקס. פרופ' פיין מנסה לגייס את קלארק כדי שיעזור לו לחקור את תעשיות לותר.

לאנה מצטרפת לאחווה באוניברסיטה, אבל הבנות הופכות אותה לערפד, ושולחות אותה להביא להן את קלארק. קלואי מבקשת להתקבל להתמחות בדיילי פלאנט וצריכה לכתוב סיפור מיוחד כדי להוכיח את עצמה.

חבר ותיק של ג'ונתן, סנטור ג'ק ג'נינגס, מגיע לסמולוויל במסגרת מסע בחירות שלו, אך מופלל ברצח פילגשו. לויס נאלצת לעבוד כחשפנית כדי לחקור את הפרשה.

לאחר שקלארק נחשף לקריפטונייט כסוף, שגורם לו לפרנויה והזיות. הוא הוזה שקלואי עומדת לגלות לכולם את סודו, שאביו זומם נגדו ושלקס ולאנה מנהלים רומן חשאי. קלואי והוריו של קלארק מחפשים נואשות אחר תרופה, אך פרופסור פיין הוא שבא לבסוף להצלתו של קלארק.

כשמרתה נופלת למשכב עם מחלה מוזרה, משכנע פרופ' פיין את קלארק שג'ור-אל גרם למחלתה ושהדרך היחידה לרפא אותה היא להרוס את מבצר הבדידות.

לקס שוקל שימוש במידע כוזב כדי להפליל את ג'ונתן קנט הרץ לסנאט, אך לפני כן הוא נורה ושוקע בתרדמת, שבמהלכה מופיעה אימו החושפת בפניו את עתידו.

ג'ונתן מקבל איומים על חייו ממקור מסתורי הדוחק בו לפרוש מהמירוץ לסנאט, ובהמשך אף מותקף ע"י אלמוני. בעקבות זאת קלארק מחליט ללכוד את התוקף.

לקס ולאנה נלקחים בשבי ע"י שני קציני משטרה שהיו עדים לנחיתת החללית במהלך גשם המטאורים. הקצינים מאיימים להרוג את שניהם אם לא יגלו להם את מיקום החללית.

קלארק פוגש בכתבת החדשה של ה-"הדיילי פלאנט" - אישה ממושקפת ומגמגמת העונה לשם מאיה, שהיא בעצם נוקמת במסכה שנלחמת בפשע בלילה. בינתיים קלארק מנסה להתגבר על רגשות העצב והיגון על מנת להשיג את הטוב ביותר מעצמו.

רוחה של נערה צעירה משתחררת לאחר שקלואי מוצאת את הגופה שלה בתוך קירות ה-"טאלון". קלארק מנסה להתחקות אחר עקבות הרוח ולמצוא את רוצחה, שרצח מספר נערות בסמולוויל במשך עשר השנים שעברו. כאשר לויס נחטפת לפתע, קלארק נחלץ לעזרתה.

דוקטור סימפטי משחרר פרוייקט סודי העונה לשם ויקטור, שהוחזק בשבי ושימש כשפן נסיונות של תעשיות לותר. בזמן שהוא נמלט, ויקטור נפגע ע"י המכונית של לאנה ולאחר שלאנה רואה אותו ממשיך ללכת ללא שריטה עליו היא מתקשרת לקלארק.

לקס מגלה שפרופסור פיין נמצא בהונדורוס ויוצא על מנת להתעמת איתו. קלארק פוגש אישה מפתה ויפה העונה לשם סימון שגרומת לאנשים לעשות כרצונה. קלארק המהופנט מגלה את כוחותיו לסימון, שמנצלת את ההזדמנות ומורה לו להרוג את לקס.

אומללה עקב פרידתה מקלארק, פונה לאנה לשני סטודנטים לרפואה הגורמים לה למות ולעבור לעולם המתים, שם היא נפגשת עם הוריה, ומחזירים אותה בחזרה לחיים. אך העניינים מסתבכים ולאנה נמצאת בסכנה.

קלארק מתיידד עם ילדה קטנה שיכולה לשבור זכוכית באמצעות המחשבה בלבד, ויוצא לעזרתה כאשר היא מואשמת שהרגה את אימה בהתקפה אכזרית. לקס ולאנה מתקרבים אחד לשניה, וקלואי מגלה זאת.

מענה במסכה לוקח את ליונל בשבי ועורך מספר משחקים שלינול חייב לנצח בהם על מנת להישאר בחיים. לאחר שמרתה מגלה שליונל יודע את סודו, היא יוצאת על מנת להתעמת איתו, אך כעת היא ניצב במשחק של המענה ונלחמת על חייה.

קלארק מציל אדם זר שנשבע להחזיר לו על טוב ליבו. למרבה הצער, אותו אדם מתגלה כמתנקש בעל יכולת להסוות את עצמו, והוא מחליט שהדרך הטובה ביותר לגמול לקלארק היא ע"י הריגת לקס. בינתיים קלארק מתעמת עם לאנה לגבי יחסיה עם לקס.

קלארק המום לאחר שראה את רוחו של אביו בבית הקברות, אך הוא יותר מבולבל לאחר שג'ונתן מספר לו שהוא חייב לרצוח את ליונל. לקס מפתח חיסון לוירוס הקטלני של פיין, אך פיין מתערב ומחדיר את הוירוס לתוך גופו של לקס.

בפרק החותם את העונה, מילטון פיין מערים על קלארק ומשחרר את זוד מכלא, משתכן בגופו של לקס ומעורר תוהו ובוהו עלי אדמותמ בצורת וירוס קטלני שיכול להרוג מיליונים. האם קלארק יצליח לעצור בעדו?