קלארק חוזר לסמולוויל כקאל-אל. לויס ליין מגיעה לסמולוויל כדי לחקור את מות בת דודתה, קלואי סאליבן. לאנה שבה מפריס וג'ונתן שקוע בתרדמת בבית החולים. ליונל לות'ר ממתין למשפטו בבית הכלא.

אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם לקס.

קלארק ולויס חוקרים את הרצח של קלואי, אבל נעצרים ע"י אביה של לואיס. לואיס חושדת שאביה יודע יותר ממה שהוא מספר וקלארק מגלה שהוא היה עד לא מזמן בקשר עם לקס. ג'ייסון חוזר ומשכנע את לאנה להמשיך במערכת היחסים שלהם.

קלארק מחליט להצטרף לקבוצת הפוטבול ומקבל את עמדת הקווטרבק לאחר שקודמו התנפל על ג'ייסון בגלל בחורה. קלארק ולויס חוקרים ומגלים שיש גורמים בקבוצה שמשפיעים על השחקנים בלי ידיעתם.

קלארק יוצא במרדף מהיר בעקבות גנב, אך נדהם כאשר הוא לא מצליח לתפוס אותו. הגנב, הידוע בכינוי "פלאש", מופיע מאוחר יותר בחווה ומנסה לשכנע את קלארק לעזוב את סמולוויל. לקס קונה תמונה יקרה עם סימנים קריפטוניים עליה וקלארק מגלה שהיא מכילה מפה חבויה ומסתורית.

קלארק ולליונל מחליפים גוף. כאשר ליונל לומד שלגופו החדש יש כוחות-על הוא מתחיל מיד להשליט טרור בסמולוויל. לכוד מאחורי סורגים, קלארק חייב למצוא דרך על מנת להשיג את גופו ואת כוחותיו בחזרה על מנת להציל את חבריו ומשפחתו.

קלואי נמשכת לתוך הימורים מחתרתיים המנוהלים ע"י תלמיד בשם מקסיזפטלק ומפסידה את כל חסכונותיה לאחר שזה משתמש בכוחותיו על מנת לשלוט בכולם. כאשר קלואי מגלה את סודו, הוא חוטף אותה ומאיים להרוג אותה אם קלארק לא יפסיד במשחק האליפות.

לאנה קוראת ספר כישוף מהמאה ה- 17. המכשפה, איזבל נכנסת לגופה ומחייה את שתי חברותיה המכשפות ויחד הן יוצאות לחפש את גבישי הקריפטונייט ומשתמשות בכוחן נגד קלארק.

לקס מואשם ברצח בחורה צעירה וקלארק פונה לליונל לעזרה. לאנה חולמת על איזבל ועל אישה מסתורית אחרת, הדומה שתי טיפות מים לאמו של ג'ייסון, ג'נביב, שבאה לבקר את בנה ואת חברתו החדשה.

פרוייקט סודי משתחרר וגורם לרעל קטלני להתפשט בסמולוויל. אלו שנפגעו ע"י הרעל מדמיינים את פחדיהם הגדולים ביותר מתגשמים ונופלים לתרדמת. נואש למצוא תרופה קלארק נותן קצת מדמו ללקס והוא המום עם מה שלקס עושה עם התרופה.

אלישיה משתחררת מ-"בל-ריב" וחוזרת לסמולוויל על מנת לחדש את יחסיה עם קלארק. קלארק מטיל ספק באלישיה, אך כאשר היא מאיצה בו הוא מהסס, מה שגורם לה להשתמש בקירפטונייט האדום עליו. קלארק ה-"רשע" מתעורר ומבקש מאלישיה להינשא לו בלאס וגאס.

כשרוצח מיסתורי מנסה להרוג את לאנה וג'ייסון, אלישה הופכת להיות החשודה העיקרית, ואפילו קלארק מתחיל לחשוד בחפותה. ג'נביב חוזרת העירה עם הצעה עבור לקס, שמצדו מציע הצעה לג'ייסון.

קלארק מקבל הזמנה להצטרף לקבוצת הפוטבול של אונ' מטרופוליס ופוגש את ג'ף, שחקן לשעבר של תיכון סמולוויל. במהרה מתברר שג'ף משתמש בכוחותיו לשתק את כל מי שעומד בדרכו, כולל לויס...

לויס דורסת כלב והיא מביאה אותו לחווה על מנת שיחלים. קלארק ולויס מגלים שהכלב הוא תוצר של פרויקט של תעשיות לותר ומשתמשים בו על מנת לבצע פשעים, אך כאשר לויס נחטפת ע"י השודדים וקלארק נחלש ע"י הקריפטונייט, הכל תלוי בכלב שיציל אותם.

לאחר שקלארק מגלה כי ג'ייסון ולקס נמצאים בסין בחיפוש אחר אחד הקריסטלים המסתוריים, הוא יוצא בחברת לאנה בעקבותיהם במטרה להקדימם אל המטרה.

לוסי ליין, אחותה של לויס, מגיעה לסמולוויל. קלארק תופס אותה גונבת כסף מטאלון כדי לשלם חוב לסינדיקט פשע. לקס מציע לעזור. גנב פורץ לדירתה של לאנה וגונב את האבן וג'ייסון חושד בליונל.

הצצה אל לקס לות'ר העתידי מתאפשרת בעקבות פיצוץ של קריפטונייט שמפצל את לקס לשניים וחושפת את צדו האפל - אלכסנדר. אלכסנדר כולא את לקס באחוזה ויוצא למסע של הרג. קלארק וקלואי נמצאים על הכוונת שלו.

קלואי ההמומה מכך שהפכה מועמדת לתואר מלכת הנשף, מנסה לשכנע את קלארק ולאנה להשתתף בנשף. דון, הטוענת לכתר, מידרדרת עם מכוניתה לעמק מלא בקריפטונייט. רוחה משתחררת ומשתלטת על האחרים, וגורמת להם לשינוי התנהגותי קיצוני.

קווין גריידי ניחן ביכולת לגרום לאנשים לאבד את זיכרונם, ומשתמש בכוחו המיוחד על קלארק. קלואי מגלה את מצבו של קלארק, מלמדת אותו על כוחות-העל שלו ובמקביל מנסה למנוע ממנו לחשוף בטעות את כוחותיו בפני אחרים.

קלארק ולאנה מוצאים תינוק בשדה תירס, ולוקחים אותו לחוות קנט. התינוק הופך לילד בן שבע בפחות מיום והם פונים ללקס בבקשת עזרה. ג'נביב חושדת שלקס מחזיק באבן מסין ופוקדת על ליונל להחזיר אותה.

קלארק חייב לעצור את צלם ביה"ס לאחר שהוא הופך את כולם לבובות. לקס וליונל נחטפים ומעונים בניסיון לגלות היכן מוחבאים הקריסטלים. אך לאחר שג'נביב מגלה שלאנה מחזיקה באחת מהאבנים, היא מחליטה לשים סוף למצוד אחת ולתמיד.

קלארק פונה לג'ור-אל כדי לקבל תשובות וזה מספר לו שהוא מוכרח לאחד את שלושת הקריסטלים אחרת אסון נוראי, שאפילו קלארק לא יוכל למנוע, יקרה. ג'ייסון לוקח את ג'ונתן ומרתה קנט בשבי ומאיים להרוג את מרתה אם ג'ונתן לא יספר לו מיד היכן קלארק מחביא את הקריסטלים.