Hij is klaar om zijn gruwelijke lotsbestemming uit te voeren. Clark keert naar Smallville terug als zijn alter ego, Kal-El...maar misschien kent Martha wel een manier om hem weer in zijn vorige ik te veranderen. Lois Lane komt het vermoedelijke overlijden van Chloe onderzoeken.

Terwijl Clark en Lois op zoek gaan naar Chloe, stuurt Lionel een moordende metaalmutant op pad om haar de mond te snoeren. En misschien heeft de magnaat nog meer pijlen in zijn boog: het ziet ernaar uit alsof Lois' vader, Generaal Sam Lane, de zijde van Luthor gekozen heeft.

Schoonheid heeft zijn prijs. Een radicale behandeling met Kryptonite tovert een lelijk eendje om in een oogverblindende schoonheid, maar o wee wie haar kust. Clark wil football gaan spelen. En de affaire Lana-Jason blijft geheim.

Drink niet van het groene goedje! De cheerleaders doen iets in het sportdrankje van het footballteam in de hoop dat het liefdesdrankje van de jongens (en de nieuwe quarterback Clark) de ideale vriendjes maakt. Zoek dekking, Clark: Chloe heeft per ongeluk een slokje genomen!

Dus niemand is sneller dan Clark, hè? Dat dacht Clark zelf ook... tot hij een razend intelligente, met mysterieuze krachten uitgeruste dief leert kennen: Bart, aka The Flash. Lana verklapt aan Jason waar haar tatoeage vandaan komt.

Clark is zichzelf niet de laatste tijd. Hij is Lionel. Doordat ze op hetzelfde ogenblik een kristal van de planeet Krypton aanraakten, zijn Clark en Lionel van lichaam gewisseld. Daar maakt Lionel (als Clark) handig misbruik van: met zijn nieuwe superkrachten zet hij de boel op stelten.

Een bookmaker die mensen kan beïnvloeden door middel van suggestie, is van plan om de geest van Clark te sturen tijdens de finale van het kampioenschap. Lex laat zijn eigen invloed gelden op de relatie tussen Jason en Lana.

Drie vrouwen, die in 1604 als heksen verbrand werden, komen uit de dood terug en nemen bezit van de lichamen van Lana, Chloe en Lois. Hun uiteindelijke doel is de stenen van Krypton bemachtigen, maar dat sluit een beetje fuiven natuurlijk niet uit.

Wanneer Lex van een moord wordt verdacht, helpt Clark zijn 'vriend' wel uit de brand, maar zijn wantrouwen groeit zienderogen. Jasons moeder komt in Smallville aan, en Lana beseft dat deze vrouw ook in haar droom van de verbrande heksen voorkwam.

Een heuse nachtmerrie! Wanneer LuthorCorp per ongeluk een giftige stof loost, beginnen de inwoners van Smallville, Clark en zijn vrienden incluis, spontaan te hallucineren. In de volle overtuiging dat hun ergste vrees bewaarheid werd. Jason maakt het uit met Lana.

Alicia, die een ongezonde obsessie koestert voor Clark, is terug. Ze misbruikt haar supermacht en laat hem, na toediening van rood Kryptonite, het jawoord geven in een kapel in Las Vegas. Lana wil Jason terug en besluit het over een seksuele boeg te gooien.

Hoe zou hun leven eruit zien, mocht de wereld weten dat Alicia en Clark allebei over superkrachten beschikken? Ze creëert een fictieve noodsituatie die zijn geheim moet onthullen aan de persoon die het best geplaatst is om zijn verhaal te verkondigen: journaliste Chloe.

Sportheld Clark wordt benaderd door de topploeg van Metropolis University. Maar Clark komt zelf voor een zware beslissing te staan wanneer hij het dilemma van sterspeler Geoff ontdekt. Ook Geoff heeft namelijk bovenmenselijke krachten en hij aarzelt niet om die te gebruiken.

Zit. Af. Red! De hond die Lois naar de boerderij van de Kents meebracht, beschikt over 'bovenhondse' krachten. De kracht van de hond, het gevolg van de geheime experimenten van LuthorCorp, werpt zijn vruchten af wanneer Clark aan Kryptonite ten prooi valt.

Een ongelukje komt nooit alleen. Jason en Lex zoeken een verborgen krachtsteen van Krypton in China. Lana en Clark volgen hen op de voet. Maar er hangt een vreemde dubbele dreiging over de hele zoektocht: het vervloekte verband tussen Gertrude en Isobel.

De zus van Lois, Lucy Lane, komt op bezoek. Op vakantie, zegt ze zelf. Maar wie hecht daar waarheid aan? Er zit haar immers een woekeraar op de hielen. Of is dit slechts wat zij de mensen wil doen geloven?

Lex vs. Lex! Een lab-explosie rukt Lex' normale en kwaadaardige alter ego's uit elkaar. De Slechte Lex zet zijn gewone ik gevangen, ontdekt Clarks geheim en nodigt hem uit om samen de wereld te regeren.

Leest Clarks geheime leven als een open boek? Wanneer Clark plots zijn geheugen verliest, kan iedereen (Lex!) hem alles vragen wat ze willen. Zijn lot ligt in handen van een vertrouwelinge (Chloe!), die moet vermijden dat hij zijn mond voorbijpraat en zijn geheime krachten prijsgeeft.

De Kents zorgen voor een kind dat ze in een veld vonden. Al snel zitten ze met een huizenhoog probleem: het kind groeit exponentieel snel op en zijn volgende groeikramp zou wel eens het einde van het stadje kunnen betekenen. Lionel wedijvert voor een van de Kryptoniaanse elementen.

De laatste schooldag. Chloe valt nergens te bespeuren. Een student die eeuwig in de middelbare school wil blijven, houdt Chloe, Lana en anderen gevangen op een geheime locatie, een replica van hun schoolomgeving. De confrontatie tussen Luthor en Genevieve escaleert.

De tijd voor pracht en praal is aangebroken, maar de feestelijke uitreiking van de diploma's wordt onderbroken door een evacuatiebevel. Meteoren zetten koers naar Smallville en dat is slechts één van de verrassingen in deze ongelofelijke seizoensfinale.