Clark se vrací do Smallville jako Kal-El - chce naplnit svůj osud a vydává se za mocným kryptonským krystalem, který Lex získal v Egyptě. Mezitím do Smallville přijíždí nováček Lois Laneová, aby vyšetřila smrt své sestřenice Chloe, a Lana se vrací z Paříže s novým přítelem. Jonathan leží v kómatu po událostech z loňského finále a Lionel se musí vyrovnat s novým životem ve vězení.

Poté, co Clark a Lois Laneová zjistí, že Chloeino tělo není v rakvi, pátrají po něm, ale zastaví je Loisin otec, generál Sam Lane. Domnívají se, že generál Lane ví víc, než říká, a zjistí, že byl v kontaktu s Lexem. Mezitím se po Lanině náhlém odchodu Jason vydává za ní do Smallville. A Lionel vyšle mutantského zabijáka, aby zjistil, zda je Chloe naživu, a pro jistotu ji zabil.

Ošklivá středoškolačka Abigail si nechá od své matky-chirurgyně udělat plastickou operaci, aby si zvýšila popularitu. Její krása však skrývá temné tajemství - když někoho políbí, dostane životu nebezpečné halucinace. Když Lana uvidí Abigail s jednou z jejích obětí, stane se dalším terčem.

Clark se na Jonathanovo přání rozhodne připojit k fotbalovému týmu a získá místo rozehrávače, když jeho předchůdce napadne Jasona kvůli dívce. Clark a Lois vyšetřují a zjistí, že roztleskávačky používají kryptontie v zásobě vody pro tým, aby z nich udělaly poslušné nemyslící chlapce.

Jonathanovu peněženku ukradne superrychlý zloděj Bart Allen, který je rychlejší než Clark. Bart přijíždí na farmu a spřátelí se s Clarkem, ale když uvidí starobylý rukopis, který má Lex, vrátí se ke zločinu. Jak Clark brzy zjistí, rukopis obsahuje mapu k jednomu z kryptonských krystalů a on se musí postavit Bartovi, aby ji získal zpět.

Clarka přitáhne do státního káznice jeden z kryptonských krystalů, který Lionel používá k výměně těla s Lexem. Clark zasáhne a Lionel místo něj vstoupí do jeho těla. Zatímco Lionel využívá své nově nabyté superschopnosti, aby získal zpět ztracené jmění a odcizil se Clarkovu příteli, Clark musí přesvědčit své rodiče, že je "pravý" Clark, a zvrátit proces, přičemž se musí vyhnout vraždícím odsouzencům.

Mikail Mxyzptlk, student na výměnném pobytu v zahraničí a bookmaker, má moc ovládat ostatní a využívá ji k sabotování fotbalových zápasů, včetně toho, který vede Clark. Clark a Chloe přijdou na jeho tajemství, ale on vyhrožuje, že Chloe zabije, pokud Clark neodehraje další zápas. Mikail přišel do Smallville přes LuthorCorp a Lex udělá téměř cokoli, aby se dozvěděl jeho tajemství.

Lana si přečte knihu kouzel, která patřila jejímu předkovi ze 17. století, čarodějnici Isabelle, a je posedlá jejím duchem. Isabelle vzkřísí své další dvě čarodějky a společně hledají kryptonské krystaly a pomocí jejich magie zbaví Clarka moci.

Lex je obviněn z vraždy mladé ženy a Clark se obrací na Lionela s prosbou o pomoc. Mezitím se Laně zdá sen o jejím předkovi a tajemné druhé ženě - mrtvém zvonku Jasonovy matky Genevieve, která přijíždí navštívit svého syna a jeho novou přítelkyni.

Do atmosféry je vypuštěn experiment Luthorcorpu - toxin, který způsobuje, že jeho oběti mají halucinace, z nichž mají největší strach. Chloe, Clark, Lana a Jason se stanou obětí toxinu a Lex, který se zoufale snaží najít lék, přijme nebezpečnou protilátku. Mezitím je Lionel díky tajemnému dobrodinci propuštěn z vězení a jeho odsouzení zrušeno.

Alicia (z filmu "Posedlost") je údajně vyléčena a vrací se do Smallville, aby začala s Clarkem znovu žít. Když na něj naléhá a on se zdráhá, Alicia ho vystaví červenému kryptonitu a oba odjedou do Las Vegas, aby se vzali. Lana si mezitím klade otázku, zda se sex může ukázat jako klíč k získání Jasona zpět.

Když záhadný vrah zaútočí na Lanu i Jasona, Alicia je hlavní podezřelou a dokonce i Clark začne pochybovat o její nevině. Cítí se zrazená, a tak Clarka tajně přiměje, aby před jedním ze svých přátel odhalil své schopnosti. A Genevieve se vrací do města s nabídkou pro Lexe, který má zase nabídku pro Jasona.

Lois omylem zasáhne psa a přivede ho na farmu, aby se uzdravil, ale Clark si rychle uvědomí, že pes má supersílu. Vyšetřuje to a zjistí, že to byla součást přerušeného experimentu LuthorCorpu... a že lupiči používají psy, aby jim pomohli ukrást peníze. Lana se mezitím zajímá, co má Jason s jeho matkou za lubem, a Jason je nucen položit Genevieve několik vlastních otázek.

Poté, co Clark obdrží zprávu od nedávno zesnulého doktora Swanna, vydává se s Lanou za Jasonem a Lexem do Číny, kde hledají jeden z kryptonských krystalů. Lana je mučena, což způsobí, že se objeví Isabelle a při hledání krystalu způsobí spoušť.

Do Smallville přijíždí Loisina mladší sestra Lucy Laneová, ale Clark ji přistihne při krádeži peněz z Talonu, aby vyplatila evropský zločinecký syndikát. Lex jí nabídne pomoc, ale vše není takové, jak se zdá. Mezitím se do Lanina bytu vloupe zloděj a ukradne krystal a Jason podezřívá Lionela.

Výbuch černého kryptonitu rozdělí Lexe na dvě části a jeho zlá stránka - Alexander - se uvolní. Alexander uvězní Lexe v sídle a pak dá naplno průchod své zlé stránce - vyhrožuje Laně, že ji vystěhuje z Talonu, pokud se nestane jeho družkou, utká se s Lionelem a pokusí se zabít Clarka a Chloe, když přijdou na jeho tajemství.

V předvečer maturitního plesu na Smallvillské střední škole upadne namyšlená kandidátka na královnu plesu Dawn Stilesová do kómatu, když se stane účastnicí autonehody v rokli plné desítek kusů kryptonitu. Zatímco její tělo leží v kómatu, Dawn zjistí, že její duch může posednout těla ostatních, kde může pokračovat ve své snaze stát se královnou plesu. Výsledkem je, že Martha, jejíž tělo Dawn posedla, flirtuje s Clarkem a pozve ho na ples, Lana se pokusí zabít elektrickým proudem bývalého přítele, který Dawn odkopl, Lois se ze všech sil snaží zajistit, aby šla s Clarkem na ples společně, a Chloe se pokusí v noci plesu zapálit školu.

Když chlapec, který dokáže způsobit, že lidé ztrácejí paměť, přepadne Talon, Clark se za ním vydá, ale dostane úplnou amnézii. Chloe zjistí, co se stalo, a musí Clarka doučovat, jak používat své superschopnosti, a dohlédnout, aby náhodou neprozradil své tajemství. Zatímco se Clark, Chloe a Lois snaží vypátrat Kevina, Clark využije svého "nového života" a pozve Lanu na rande. A Lex se snaží obrátit Clarkovu ztrátu paměti ve svůj prospěch tím, že ho přiměje odhalit tajemství jeskyní.

Při prohlídce kráteru v kukuřičném poli Clark a Lana objeví dítě bez rodičů a odvezou ho zpět na Kentovu farmu. Když však dítě, Evan, zestárne z novorozence na sedmiletého během necelého dne, je jasné, že stárne rychlým tempem, a tak se obrátí na Lexe s žádostí o pomoc. Genevieve mezitím pojme podezření, že Lex má čínský kryptonský artefakt, a nařídí Lionelovi, aby ho buď získal zpět... nebo riskoval, že Lex bude v ohrožení života.

Clark musí zastavit školního fotografa poté, co založí falešnou střední školu a využije své schopnosti zkamenět k únosu studentů - včetně Chloe a Lany - aby zachoval slavné dny střední školy navždy. Mezitím jsou Lex a Lionel uneseni a mučeni Teagery ve snaze najít kryptonský artefakt, přičemž se ukáže, že... ho má Lana.

Po noční můře se Clark vydává do jeskyně, aby se utkal se svým otcem Jor-Elem. Jor-El ho varuje, že krystaly se dostaly do lidských rukou a spustily nový meteorický déšť, který zničí Zemi, pokud znovu nespojí tři krystaly. Lex mezitím pomáhá Laně, která se zřejmě dopustila vraždy, ale pak se obrátí proti ní, aby získal její kryptonský kámen. Zatímco se blíží katastrofa, Chloe a Lois se snaží najít Lanu, zatímco Clark se pokouší znovu sestavit kameny, a Jason se vrací, aby Kentovým znepříjemnil život.