Alors que Lois Lane est en chemin pour Smallville afin d'enquêter sur la mort de sa cousine Chloe, elle tombe sur un Clark reprogrammé en Kal-El... Trois mois après son attaque, Jonathan est toujours dans le coma. Le médecin, pensant qu'il n'y a plus rien à faire pour lui, tente de convaincre Martha de débrancher la machine qui le maintient artificiellement en vie... A Paris, Lana s'est découvert un nouveau petit ami du nom de Jason. Et Lex est sur la trace de mystérieux artefacts...

Clark et Lois Lane enquêtent sur la disparition de Chloe, mais sont interrompus par un officier de l'armée, le Général Sam Lane, qui se révèle être le père de Lois. Lois suspecte son père d'en savoir plus sur ce qui est arrivé à Chloe qu'il ne veut bien l'admettre, et Clark découvre que Sam Lane a été récemment en contact avec Lex. Suspectant que Chloe est toujours en vie, Lionel envoie un assassin ayant la faculté de transformer ses membres en armes métalliques afin d'empêcher la jeune fille de témoigner contre lui... Lana, de retour de Paris, fait la connaissance de Lois...

De retour au lycée avec une nouvelle apparence, Abby 'le laideron' espére devenir populaire. Elle doit ces changement à la chirurgie esthétique, un traitement spécial à base de kryptonite que sa mère a mis au point. Evidemment, cela ne va pas sans effets secondaires... Tandis que Chloe encourage sa cousine Lois à travailler pour la Torche, Clark décide d'intégrer l'équipe de foot du lycée contre l'avis de son père. Il y fait la commaissance de Jason, le petit ami secret de Lana, engagé comme assistant du coach...

Après avoir bu un mystérieux breuvage à base de kryptonite, un joueur de l'équipe de football de l'école tombe sous le charme d'une pom-pom girls et est prêt à exécuter ses quatre volontés. Férocement jaloux d'un regard que le coach Teague a jeté sur elle, le joueur ensorcelé tente de tuer l'entraîneur. Heureusement, Clark intervient à temps...

Après qu'il se trouve avec son fils à Metropolis, Jonathan manque de peu de se faire écraser par une voiture. Clark, qui a assisté à la scène, sait qu'un jeune garçon, doté d'un extraordinaire rapidité, est intervenu pour sauver la vie de Jonathan. Et il en a profité au passage pour voler le porte-feuille de Jonathan. Clark convainc son père de ne pas faire opposition sur la carte de crédit pour pouvoir retrouver la trace de cet étrange voleur à travers ses transactions...

Clark entend un son douloureux qui l'attire à la prison où est détenu Lionel. Lorsqu'il surprend Lionel essayant de poignarder Lex à l'aide d'une étrange pierre brillante, Clark saisit la pierre provoquant l'échange de leur corps. Comprenant que son nouveau corps possède des supers pouvoirs, Lionel commence aussitôt à provoquer des dégâts à Smallville. Piégé derrière des barreaux sans ses pouvoirs, Clark doit trouver un moyen pour récupérer son corps et ses pouvoirs afin de sauver ses amis et sa famille...

Enquêtant sur les paris illégaux pour les besoins d'un article, Chloe fait la connaissance de Mikail Mxyzptlk, un étudiant étranger intégré au lycée de Smallville par Luthorcorp. Le jeune homme utilise ses pouvoirs pour contrôler les joueurs du match de foot sur lequel les paris ont été effectués. Entrainé dans une chute incontrôlable alors que le match touche à sa fin, Clark blesse grièvement un joueur de l'équipe adverse...

Lana s'est procuré par internet un livre de sortilèges du XVIIe siècle ayant appartenu à la comtesse Isabelle Theroux. En feuilletant les pages, elle se retrouve possédée par l'esprit maléfique de la redoutable sorcière. Réincarnée dans le corps de son héritière, Isabelle entend poursuivre sa quête des trois pierres du pouvoir...

Lors d'une soirée, Lex rencontre une jeune femme avec laquelle il passe la nuit. Au petit matin, il est réveillé par les cris de la femme de chambre. A ses côtés, la demoiselle gît dans un bain de sang. Accusé du meurtre, Lex fait la une des journaux. Clark, qui mène sa propre enquête, obtient l'aide d'une source inattendue : Lionel Luthor... Entretemps, Lana fait la connaissance de la mère de Jason...

Une expérience secrète initiée chez Luthorcorp tourne mal et provoque la libération d'une dangereuse toxine dans toute la ville. Ceux qui sont infectés se retrouvent confrontés à leur pire cauchemar avant de tomber dans le coma. Jason est l'une des premières victimes...

Clark sort toujours avec Alicia en dépit de ce que pensent sa famille et ses amis. Et lorsque quelqu'un tente de tuer Lana, c'est Alicia qui est immédiatement soupçonnée. La jeune femme a beau nié mais personne ne veut la croire. Seul Clark lui donne le bénéfice du doute... jusqu'à ce qu'il découvre qu'elle ne porte plus le bracelet l'empêchant d'utiliser ses pouvoirs... Quant à Genevieve, l'énigmatique mère de Jason, elle propose un marché à Lex...

Clark reçoit une bourse pour intégrer l'université de Metropolis et son équipe de foot. Geoff Johns, vedette de l'équipe et originaire de Smallville, l'accueille à bras ouverts... Lois Lane, de son côté, a des ennuis après une altercation avec l'un des joueurs de l'équipe. Le jeune homme est à l'hôpital dans un état grave...

En rentrant chez les Kent, Lois percute un chien avec sa voiture. Elle ramène l'animal à la ferme pour lui porter secours. Mais le chien se rétablit assez vite et semble doté d'une force étonnante. Alors que Clark commence à s'attacher à son nouvel ami, Lois débute des recherches pour retrouver son propriétaire...

Alors que les Kent apprennent par la télé la mort du Pr Swann, Clark reçoit un courrier du défunt qui l'amène jusqu'à Jor-El, son père naturel, qui lui révèle que sa destinée est d'éviter que les 3 pierres renfermant le savoir de leur civilisation tombent entre de mauvaises mains susceptibles de mener le monde à sa perte... Lana découvre que Jason lui a menti et qu'il se trouve à Shangaï avec Lex sur les traces du mystère Isabelle Theroux...

Lucy, la jeune soeur de Lois, débarque en ville. Elle s'impose chez les Kent et séduit toutes les personnes qu'elle rencontre au grand dam de Lois, jalouse de sa soeur. Intriguée par la jeune fille, Clark la suit et la surprend en train de voler de l'argent dans la caisse du Talon. Il l'oblige ainsi à révéler la vérité sur sa soudaine apparition à Smallville : une vérité qui pourrait bien mettre Lois en danger... L'appartement de Lana et Jason a été mis à sac et le cristal, pourtant très bien caché, volé. Qui a bien pu dérober la pierre tant convoitée ?

Chez Luthorcorp, Lex assiste, plein d'espoirs, à une expérience menée par l'un de ses empoyés, le Dr Sinclair. La température de la kryptonite utilisée augmente dangereusement et crée une explosion qui affecte étrangement le jeune milliardaire. Des conséquences qui donnent un aperçu de l'avenir de Lex Luthor...

Le bal de fin d'année du lycée bat son plein à Smallville, et Chloe, furieuse, s'apprête à mettre le feu au bâtiment après avoir assommé Jonathan Kent, le père de Clark. Elle semble vouloir se venger de tous. Qu'est-ce qui a bien pu pousser la jeune journaliste à commettre un tel crime ?

Lois donne un coup de main au Talon pendant que les Kent sont à Metropolis où Jonathan doit passer un examen pour son coeur. Profitant de la confusion qui règne à cette heure d'affluence, un jeune homme vole la caisse. Alors que Lois tente de s'interposer, ce dernier utilise sa faculté de lui faire oublier les dernières minutes...

Clark et Lana découvrent un bébé abandonné dans un champ. Ils l'emmènent immédiatement à l'hôpital. L'enfant, abandonné par ses parents, est en parfaite santé. Les services sociaux n'ayant pas de place, Clark et Lana décident de s'occuper de lui en attendant... De son côté, Genevieve exige de Lionel qu'il se procure la pierre dont Lex est en possession s'il ne veut pas qu'elle s'en prenne à son fils...

C'est le dernier jour de cours au lycée de Smallville. Brendan, photographe de l'école, a recréé un faux lycée où il a décidé de retenir prisonnier certains élèves afin de faire perdurer cette époque glorieuse... Quant à Lex et son père, ils sont retenus prisonniers par les Teague. Genevieve et Jason semblent déterminés à utiliser la torture pour savoir où se trouve le cristal que Lionel leur a extorqué...

En rentrant chez elle, Lana se retrouve face à Geneviève qui l'attend une arme à la main. La mère de Jason exige que la jeune fille lui remette la pierre dont elle est en possession. Une bagarre s'ensuit et du sang coule sur l'artefact. Les conséquences sont terribles : une nouvelle pluie de météorites s'apprête à s'abattre sur Smallville. Réveillé par un cauchemar troublant, Clark prévient ses parents qu'il a un mauvais pressentiment...