Everyone has a future. Clark Kent has a destiny — if he’s willing to accept it and to master all the awesome powers and responsibilities that come with it. In an event-packed third season, the fascinating reinterpretation of the Superman mythology and its classic characters continues as Clark embraces the dark side and Jonathan Kent strikes a devil’s bargain with Jor-El to rescue his son.

A terceira temporada segue a luta constante de Clark contra o destino que seu pai biológico, Jor-El, tem para ele, e sua culpa em relação ao preço pago de Jonathan para trazê-lo de volta para Smallville. Lex começa a ser visto como um psicopata desde quando ele tinha ido parar em uma ilha deserta, enquanto o conflito entre ele, seu pai, Lionel Luthor e sua amiga Chloe Sullivan chega a um golpe final. O segredo de Clark começa a pesar sobre Pete, e o relacionamento entre Clark e Lana chega num beco sem saída. Os roteiristas também trouxeram vários personagens da DC Comics, como Maggie Sawyer, Morgan Edge, e mais notadamente Perry White, em participações especiais.

תחת השפעתו של הקריפטונייט האדום קלארק חי חיי פשע בעיר מטרופוליס בעוד שחבריו והוריו מחפשים אותו. בכדי להחזיר אותו ג'ונתן צריך לשלם מחיר גבוהה.

Кларк Кент (Том Уэллинг) чувствует себя виноватым в гибели ребёнка своих приёмных родителей. Надев кольцо с красным кристаллом криптонита, он отправляется в Метрополис, чтобы сбежать от прошлого. Однако он не до конца осознаёт, какими свойствами обладает красный кристалл. Постепенно Кларк становится агрессивным — он начинает грабить банки в Метрополисе.

Le jeune Clark Kent doit faire face aux défis, aux espoirs et aux désirs de tout adolescent tout en apprenant à maîtriser ses pouvoirs.

Clark återvänder hem till Smallville från Metropolis där han förklarar allt för sina föräldrar och blir förlåten. Clark och Lanas relation avbryts. Clark träffar Perry White, lär sig mer om sin biologiske far Jor-El och får den nya kraften superhörsel när han blir tillfälligt blind av sin värmesyn. Lionel smider planer tillsammans med sin gamla vän Morgan Edge, som stulit Clarks blodprov och använder det som ett botemedel mot sin leversjukdom. Lex kommer hem och genomgår psykiska undersökningar. När Chloe och Lex får reda på att det var Lionel som mördade sina egna föräldrar, bryter Lex ihop. Han glömmer allt han Lionel gjorde men för säkerhets skull planerar Lionel att döda både Chloe och Lex. Chloes skyddshus exploderar och Lionel hamnar i fängelse. När Clark offrar sig för att rädda Jonathan Kent beslutar sig Clark för att uppfylla det öde Jor-El bestämt. Genom en vägg i Kawatche Cave blir Clark teleporterad ut i rymden av Jor-El.

La tercera temporada de Smallville comienza el 1 de octubre de 2003 y termina el 19 de mayo de 2004. Consta de 22 episodios. Clark continúa en Metrópolis con el anillo de Kriptonita Roja, cometiendo crímenes y maldades. Jonathan obtiene poderes similares a los de Clark con la ayuda de Jor-El, y lo devuelve a Smallville, mientras que Lex estuvo exiliado en una isla desierta luego de explotar el jet en su viaje de luna de miel; luego es rescatado. Durante esta temporada, vemos momentos de tensión entre Clark y Lana, ya que ella le considera una persona muy complicada. Pete se encuentra en controversia por la responsabilidad de guardar el secreto de su amigo y Chloe se siente presionada por Lionel por no revelarle situaciones inusuales acerca de Clark. Después de cuestiones complicadas, como la aparición de otros afectados por la kriptonita y de un misterioso hombre llamado Adam Knight, Lana, cansada de los secretos de Clark, decide irse a París, Francia.

Lex e Clark sono entrambi perduti, ognuno rimasto da solo a fronteggiare i propri demoni; Lex su un'isola deserta, Clark nell'oblio della kryptonite rossa per dimenticare il dolore che ha causato ai suoi genitori. Ma mentre Lionel sta organizzando il funerale di suo figlio, Jonathan non ha nessuan intenzione di arrendersi con il suo e stringe un patto con Jor-El per poter riportare Clark a casa sano e salvo. Anche Lex alla fine torna a Smallville, ma il suo è un ritorno amaro, dovendo scoprire chi tra suo padre e sua moglie ha cercato di eliminarlo. Lana viene ricoverata in ospedale in seguito a un incidente nelle scuderie e mentre è in riabilitazione fa conoscenza di Adam, un ragazzo strano che però stuzzica il suo interesse. Lana decide di approfondire la conoscenza e una volta fuori dall'ospedale offre ad Adam l'appartamentino sopra il caffé. Purtroppo il ragazzo nasconde un passato torbido e Lana si rivolge a Lex chiedendogli di indagare su di lui. Lex nel frattempo ha un crollo psicotico e prima che venga ricoverato, è testimone dei poteri di Clark. Disgraziatamente Lionel fa eseguire una procedura sperimentale su Lex e gli fa cancellare la memoria, per far si che dimentichi le informazioni ottenute sul suo passato.

Lex cerca in tutti i modi di recuperare la memoria e di consegnare suo padre all'FBI. Jonathan comincia a risentire delle conseguenze del patto con Jor-El, Pete si trasferisce in un'altra città, lasciando Clark di nuovo da solo col suo segreto. Finalmente Clark decide di rivelare tutto a Lana, ma ovviamente le cose non vanno per il verso giusto. In ultimo, da Krypton, arriva Kara, una splendida ragazza con i superpoteri, che cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino.

Clark Kent mag zwar in Smallville leben, doch in vielerlei Hinsicht ist er einfach nicht von dieser Welt. In der dritten Staffel der faszinierenden Serie um Supermans Teenagerjahre muss sich Clark damit auseinandersetzen, dass man seinem Schicksal nicht entkommen kann. Nachdem er Smallville verlassen hat, um in Metropolis zu leben, kehrt Clark in seine Heimatstadt zurück um seinen Eltern zu helfen