En Metrópolis, tres meses más tarde, influido por la kriptonita roja, Clark se convierte en un criminal. Mientras tanto, Lex Luthor es declarado muerto, pero está vivo en una isla remota. Lana Lang y Jonathan Kent intentarán traer a Clark de vuelta a Smallville.

Lex Luthor regresa a la mansión e invita a la doctora Helen Bryce a una segunda luna de miel. Clark vuelve a la granja, pero Morgan Edge le encuentra y amenaza a su familia. Lana le confiesa su amor pero Clark le rechaza.

Clark Kent tiene una pesadilla con una chica llamada Sara Conroy, que es perseguida por una criatura llamada El Viajante y duerme treinta y seis horas consecutivas. Cuando se despierta, averigua que Sara Conroy se acaba de mudar con su tío y tutor, Nicholas Conroy, a la casa contigua a la de Lana. Intrigado por la situación, visita a Sara con Lana y observa a la chica, en coma desde hace seis años.

El futuro jefe de Clark en el Daily Planet aparece, Perry White, aunque en esta ocasión sus intenciones no son tan limpias como se esperaría.

Lana Lang visita a un hombre enfermo que ha estado en prisión desde hace más de cuarenta años, acusado de matar a su querida esposa. Él le muestra una fotografía del sospechoso en un periódico antiguo. Se parece mucho a Clark Kent y convence a Lana de su inocencia. Clark Kent, a través de flashbacks, revive el pasado de Jor-El en Smallville y su relación amorosa con la mujer del arrestado. Así es cómo descubre quién cometió el crimen.

Después de ser golpeado en la frente por una bola de nieve que contenía filamentos de meteorito, el adolescente Seth Nelson es sometido a una resonancia magnética, consiguiendo habilidades magnéticas. Él utiliza sus poderes para citarse y manipular a Lana.

Lex Luthor investiga el oscuro pasado de su padre y se encuentra con Morgan Edge, con una nueva cara gracias a la cirugía plástica. Está recogiendo pruebas para enviar a Lionel Luthor a la cárcel. Alguien intenta matar a Lex en la mansión, pero huye a la granja y le pide ayuda a Clark. Lionel Luthor afirma que su hijo está paranoico y que deberían internarlo, pero Clark decide investigar por su cuenta.

Lionel Luthor obliga a la doctora Claire Foster a someter a Lex Luthor a electroshocks para borrar su memoria y olvidar su crimen. Clark intenta salvar a su amigo pero Eric Summers, Van McNulty e Ian Randall planean un ataque y se escapan del asilo.

Clark Kent busca un regalo para su madre en una joyería cuando dos ladrones intentan hacerse con el lugar utilizando el poderoso grito de Nathan Dean. La combinación del grito con las joyas de kriptonica ciegan a Clark. Sin el sentido de la vista, su audición aumenta de forma incontrolable.

Después de preparar un artículo denunciando al Instituto Neurológico Summerholt, Chloe Sullivan es perseguida por la camioneta de Clark, intentando matarla. Él dice haber recibido un correo electrónico poco antes de su acción. Más tarde, Lana también recibe un correo de la misma dirección e intenta matar a Chloe, a quien salva Adam Knight. Al investigar el origen, determinan que procede de Molly Griggs, una antigua paciente del doctor Garner, que utiliza su habilidad para obligar a las personas a matar a través de una sugestión hipnótica en sus correos electrónicos. Clark se muda a Smallville para estar cerca de Lana.

Jordon Cross llega con una nueva habilidad: cuando es tocado por otra persona, inmediatamente ve cómo morirá. Cuando Clark Kent salva al entrenador Altman de su muerte, el futuro de otras personas cambia, incluido el de Lana Lang. Mientras tanto, Chloe averigua que Adam Knight se auto-inyecta.

Al regresar de dejar a Jonathan Kent en el hospital, después de sufrir un infarto, la camioneta de Martha y Clark casi es alcanzada por dos vehículos compitiendo en la carretera. Para sorpresa y decepción de Clark, uno de los conductores es Pete Ross, que se ha hecho amigo de una mala influencia, Jason Dante. Pete no acepta el consejo de Clark y se mete en problemas.

Estando en un ascensor en Luthor Corp con otra chica, Clark se ve obligado a utilizar algunos de sus poderes cuando el cable del ascensor se rompe accidentalmente. Al hacerlo, Alicia Baker es testigo de sus habilidades. Cuando ella les teletransporta fuera del ascensor, compartir un secreto les une y Alicia decide que Clark es para ella y sólo para ella: a toda costa.

Cuando Jonathan Kent pasa una revisión médica en el Hospital de Smallville, el médico le diagnostica una arteria obstruida y recomienda una operación de corazón para instalar un triple bypass. Mientras tanto, el hermano mayor del amigo de Clark necesita un trasplante de hígado, pero no lo resiste y fallece. Su cuerpo será utilizado en un experimento y resucita.

Mientras trabaja como voluntario en el Centro Juvenil de Smallville con Pete Ross, Clark recibe una llamada preocupante de Lana, que ha recibido un tiro de Adam Wright.

En su posterior investigación, Clark se da cuenta de que la llamada procedía del futuro. Mientras tanto, Lionel Luthor cierra el Laboratorio Merton y la investigación de la doctora Lia Teng.

Jonathan es contactado a través de la llave octagonal y Clark le salva de caer del tejado. Cuando regresa a las cuevas para hallar una respuesta a lo que ha sucedido, de repente aparece Lionel Luthor. Ninguno es consciente de que Lionel está siendo investigado por el FBI.

Chloe Sullivan visita a un antiguo amigo de su padre en Luthor Corp para saber si su padre está siendo saboteado, ya que no encuentra trabajo. Tras robar una de las tarjetas de seguridad y forzar la entrada en el laboratorio, accidentalmente resulta expuesta a una especie de gas que hace que las personas le digan la verdad, exponiendo sus secretos más íntimos. Una vez consciente de ello, Chloe decide que ya sabe cómo va a aprovechar esta habilidad.

Lex se apunta a un programa especial para intentar recuperar su memoria. Cuando Clark es informado de ello, intenta convencerle para que no lo haga. Preocupado por Lex, acude a Lionel en busca de ayuda, pero éste le pone una trampa. Cuando Clark es sometido al aparato para recuperar su memoria, recuerda el momento en el que su madre, Lara, preocupada por si le querrían o no, le introduce en la nave que salvará su vida. Clark se da cuenta de que su madre biológica le quería y adquiere una nueva perspectiva de sus verdaderos orígenes.

Lionel Luthor le pide al Profesor Joseph Willoebrook que acuda a las cuevas para enseñarle un objeto antiguo que se ha encontrado recientemente. El profesor acude con un asistente, Jeremiah, que coge el cuchillo de las manos de Lionel. Inmediatamente, Jeremiah se transforma en alguien tan poderoso como Clark y huye de Lionel. Según la profecía, el cuchillo le pertenece y sólo podrá ser destruido por su enemigo más poderoso. Mientras tanto, Lana Lang decide mudarse a París.

Clark Kent decide contarle su secreto a Lana Lang, para intentar evitar que se marche a Paris. Mientras tanto, la peligrosa adolescente Emily Eve Dinsmore (que tenía seis años en – Accelerate – ), ha crecido y sigue obsesionada con Lana. Emily se escapa de la institución mental en la que permanecía recluida, mata al propietario del Talon y secuestra a Lana. Pete es secuestrado y torturado para revelar el secreto de Clark.

Clark Kent se ve sorprendido por Kara, una mujer que dice proceder de Krypton y que le pide que le siga a través de las cuevas. Mientras tanto, decide testificar contra Lionel Luthor para mantenerle en la cárcel y Lana Lang se marcha a Paris.