Après que Jor-El ait octroyé temporairement des supers-pouvoirs à Jonathan, celui-ci s'engage avec son fils dans une terrible bataille au sommet de l'immeuble LuthorCorp. Entretemps, Lex revient chez lui et se demande qui de Lionel ou d'Helen a provoqué son accident d'avion...

Clark découvre que quelqu'un s'attaque aux personnes affectées par la kryptonite et apprend que sa prochaine victime sera Lex. Il utilise alors ses pouvoirs pour sauver Lex mais se retrouve pris au dépourvu lorsque le tueur découvre son point faible et lui tire dessus avec une balle en kryptonite...

Clark rêve qu'il est poursuivi par une jeune fille effrayée qui lui demande son aide. Mais après avoir appris que la jeune fille n'est autre que sa voisine plongée dans un coma depuis plusieurs années, il demande l'aide de Lana pour découvrir la vérité - mettant Lana en grand danger... Pendant ce temps, Lionel exige de Lex qu'il subisse une évaluation psychologique complète avant de le réembaucher...

Perry White, un journaliste promis à une belle carrière mais détruite par Lionel Luthor, se rend à Smallville à la recherche d'histoires d'extraterrestres pour une émission de presse à scandales. Bien qu'étant constamment en état d'ébriété, Perry pense avoir vu Clark utiliser son extraordinaire rapidité, et conçoit un dangereux plan pour pousser Clark à dévoiler ses supers-pouvoirs... Entretemps, Lex découvre que Perry possède une preuve accablante sur le passé douteux de Lionel...

Le grand-oncle de Lana, qui a été condamné il y a 40 ans pour le meurtre de sa femme, lui montre la photo de l'homme qui aurait réellement assassiné sa tante. Lana est bouleversée de découvrir que l'homme ressemble trait pour trait à Clark ! Certain que l'homme est Jor-El, l'enquête de Clark le mène vers un médaillon kryptonien qui lui permet de voir des morceaux du passé - et donc la vie que Jor-El lui a préparé avant son arrivée sur Terre...

Clark a des soupçons sur Lana qui, subitement attirée par un étudiant, commence à agir de façon rebelle, ce qui l'amène à se retrouver en prison. Les soupçons de Clark se confirment lorsqu'il découvre que le nouveau petit ami de Lana possède des pouvoirs magnétiques lui permettant de déplacer des objets et de modifier les émotions des gens, mais quand il essaie de libérer Lana de l'emprise paranormale qui la contrôle, celle-ci tente de le tuer... Pendant ce temps, Lex découvre que Chloe fait des recherches sur le passé de Lionel et lui propose d'unir leurs forces contre son père...

Lex retrouve Morgan Edge et le pousse à avouer ses combines douteuses avec Lionel, mais avant que Lex puisse les transmettre à la police, quelqu'un tente de l'assassiner au manoir. Echappant de peu à la mort, Lex s'enfuit et demande à Clark de l'aider. Cependant, lorsque Clark retourne au manoir pour enquêter, il ne trouve rien de suspect, et commence à se demander si cela est vraiment arrivé, surtout après que Lionel annonce que Lex a eu un traumatisme psychotique et qu'il devrait être enfermé...

Lex s'associe avec 3 krypto-mutants pour attirer Clark dans l'hôpital afin qu'il l'aide à s'échapper après avoir entendu que Lionel ait demandé qu'on lui fasse subir des électrochocs pour effacer sa mémoire. Cependant, le plan tourne mal quand Lex se fait doubler par ses 'associés' qui utilisent de la kryptonite pour annihiler les pouvoirs de Clark. Entretemps, Lana rencontre un mystérieux étranger à l'hôpital...

En essayant d'arrêter des voleurs, Clark devient temporairement aveugle après avoir reçu une rafale de sa vision thermique dans les yeux qui s'est reflétée par un morceau de kryptonite, et se rend rapidement compte que son corps a développé une super-ouïe pour compenser son manque de vision. Cependant, comme auparavant avec ses précédents dons, Clark n'a pas tout à fait le contrôle de son nouveau pouvoir...

Clark tente d'écraser Chloe en la pourchassant avec sa voiture. Après un choc, il reprend ses esprits mais ne se souvient pas de ce qui vient de se produire. A son dernier souvenir, il était à la bibliothèque et il venait de recevoir un mail étrange. La situation se corse lorsque Lana tente à son tour de tuer Chloe. Qui peut bien en vouloir à ce point à la jeune femme ? Lana confie à Clark qu'elle voit un autre garçon...

Clark découvre que Jordan, un nouveau venu au lycée de Smallville, peut prédire le futur. Il 'voit' ainsi Mr Altman, l'entraîneur, se faire renverser par une voiture. Et Clark ignore encore qu'il va tout bouleverser en sauvant Mr Altman d'une mort certaine... Entretemps, Lex, trouvant le comportement d'Adam suspect, enquête sur son passé et découvre des informations étonnantes...

Après que Pete ait volontairement interrompu une course de rue, les organisateurs menacent de le tuer. Il demande alors à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour les arrêter. Furieux que Pete se soit mis dans une telle position, Clark doit trouver un moyen de sauver son ami tout en protégeant son secret... Jonathan, de son côté, se retrouve à l'hôpital après un malaise. Serait-ce les premières conséquences de son accord avec Jor-El ?

L'ascenseur dans lequel il se trouve étant sur le point de s'écraser, Clark est obligé d'utiliser ses pouvoirs devant Alicia, une nouvelle élève, mais il est surpris de découvrir qu'elle possède elle aussi ses propres pouvoirs. Un lien se crée entre eux par le biais de leurs pouvoirs, mais les choses tournent mal quand Alicia devient obsédée à l'idée de partager Clark avec d'autres personnes, surtout Lana. Entretemps, Lana demande à Lex d'enquêter sur Adam...

Alors que son père passe des examens à l'hôpital, Clark se lie d'amitié avec un jeune garçon, Garrett, dont le frère Vince vient juste de mourir d'une maladie du foie. Cependant, le lendemain, tout le monde est surpris de voir Vince réapparaître... Jonathan, de son côté, accepte l'opération à coeur ouvert...

Clark reçoit un appel paniqué de Lana et entend un coup de feu juste avant que la ligne ne raccroche. Mais quand il arrive au Talon, il est stupéfait de découvrir qu'elle est en vie et que tout va bien. Clark réalise alors que l'appel était prévu pour le lendemain et que c'est Adam qui tirera sur Lana...

Quand Jonathan commence à se comporter de façon étrange, Clark croit que Jor-El envoie des messages à Jonathan par le biais de la clé. Le jeune garçon se rend alors dans les cavernes Kawatche pour affronter son père biologique, mais Lionel le surprend. Les éléments que ce dernier parvient à rassembler l'amènent directement vers le Dr Swann. Face à face, les 2 milliardaires concluent un accord...

Quand Chloe inhale par accident un mystérieux krypto-gaz, elle se rend compte que cela lui sert de sérum de vérité avec toutes les personnes qui rentrent en contact avec elle. Pour la journaliste en herbe qu'elle est, cela va au-delà de tout ce qu'elle pouvait espérer. Elle va pouvoir connaître les secrets de chacun et enfin découvrir la vérité sur Clark. Mais un tel don n'est pas sans conséquences...

Croyant qu'une information importante sur le passé de son père a été perdue lors de l'effacement de sa mémoire, Lex décide de rejoindre un programme d'expérimentation du Dr Garner pour retrouver ses souvenirs. Mais l'expérience a des effets secondaires pour le moins inquiétant. En effet, Lana trouve Lex sur le bord de la corniche en train d'hurler le prénom de son frère nourisson décédé il y a quelques années. Inquiète, elle met Clark au courant...

Lorsqu'un indien Kawatche dérobe un couteau mythique provenant des grottes, il acquiert des super-pouvoirs identiques à ceux de Clark, ce qui amène le jeune homme à penser qu'il est le légendaire Naman,

Le départ de Lana pour Paris approche. Clark semble décidé à révéler son secret à la jeune femme pour qu'ils puissent enfin être ensemble. Mais Emily, une amie d'enfance de celle-ci, refait son apparition à Smallville. Dotée du supers pouvoirs, elle a l'intention de laisser personne s'immiscer entre Lana et elle. Et encore moins de laisser son amie partir pour Paris...

Les choses s'accélèrent à Smallville lorsque Kara, une jolie jeune fille dotée de super-pouvoirs, assure venir de Krypton et essaye de convaincre Clark d'accomplir sa destinée. Déboussolé, le jeune homme tente de trouver conseils auprès de ses parents adoptifs, mais il est choqué quand Kara oblige Jonathan à enfin révéler les termes de l'accord passé avec Jor-El... De son côté, Lex compte sur Chloe et Clark pour témoigner contre son père... Quant à Lana, elle est enfin prête pour partir à Paris...