Clark se raději vzdá prstenu a jeho účinků, než aby zabil svého otce, a on i zachráněný Lex se vrátí do Smallville. Clark se musí vypořádat se zločincem Morganem Edgem, který ho sledoval do Smallville, zatímco Lex musí zjistit, kdo se ho pokusil zabít - Lionel nebo Helen.

Clark zjistí, že někdo loví lidi zasažené kryptonitovými kameny, a dalším cílem vraha je Lex. Clark použije své schopnosti, aby Lexe zachránil, ale je zaskočen, když vrah zjistí jeho slabinu a zastřelí ho kryptonitovou kulkou.

Clarkovi se zdá, že ho pronásleduje vyděšená mladá dívka, která potřebuje jeho pomoc. Když však zjistí, že je to ve skutečnosti sousedka v komatu, která se měla už před lety probudit, požádá Lanu o pomoc, aby odhalil pravdu - což Lanu vystaví vážnému nebezpečí. Lionel mezitím požaduje, aby Lex podstoupil kompletní psychologické vyšetření, než ho zaměstná.

Perry White, kdysi nadějný novinář, jehož kariéru zničil Lionel Luthor, přijíždí do Smallville, aby hledal příběhy o mimozemšťanech pro bulvární zpravodajský pořad. Přestože je Perry neustále opilý, domnívá se, že byl svědkem toho, jak Clark využívá svou mimořádnou rychlost, a tak vymyslí nebezpečný plán, jak Clarkovy superschopnosti odhalit. Mezitím se Lex dozví, že Perry má mocné usvědčující důkazy o Lionelově pochybné minulosti.

Clark zjistí, že Jor-El byl na Zemi před čtyřiceti lety. Lanin prastrýc, který byl před čtyřiceti lety odsouzen za vraždu své ženy, jí ukáže fotografii muže, který podle něj skutečně zabil její tetu, a ona je šokována, když zjistí, že tulák vypadá stejně jako Clark. Clark si je jistý, že muž je Jor-El, a pátrání ho zavede ke kryptonskému medailonu, který mu umožňuje vidět kousky minulosti - a život, který pro něj Jor-El začal dávno před jeho příchodem na Zemi.

Clark je podezřívavý, když Lanu náhle začne přitahovat její spolužák a začne se chovat rebelsky, což ji nakonec dostane do vězení. Clarkovo podezření se potvrdí, když zjistí, že Lanin nový přítel má magnetické schopnosti, které dokáží pohybovat předměty a měnit lidské emoce, ale když se pokusí Lanu osvobodit z paranormálního sevření, které ji ovládá, pokusí se ho zabít. Mezitím Lex zjistí, že Chloe pátrá v Lionelově minulosti, a snaží se ji přimět, aby spojila síly proti jeho otci.

Lex najde Morgana Edge a přiměje ho, aby se přiznal ke špinavým obchodům s Lionelem, ale než to Lex stihne předat úřadům, někdo se ho ve vile pokusí zabít. Lex sotva přežije, uteče a požádá Clarka o pomoc. Když se však Clark vrátí do sídla, aby vše vyšetřil, nenajde nic závadného a začne přemýšlet, zda se to opravdu stalo, zvláště poté, co Lionel oznámí, že Lex prodělal psychotický záchvat a musí být umístěn do ústavu.

Tři Clarkovi bývalí protivníci se obrátí na Lexe, aby ho požádali o pomoc při vylákání Clarka do nemocnice, když se dozvědí, že Lionel požádal Lexe o elektrošokovou terapii, aby mu vymazal paměť. Plán se však zvrtne, když padouši Lexe podrazí a pomocí kryptonitu ukradnou Clarkovy schopnosti. Mezitím se Lana v nemocnici setká se záhadným cizincem.

Při pokusu zastavit loupež Clark dočasně oslepne, když vystřelí tepelný paprsek, který se mu náhodou odrazí od kousku kryptonitu, a brzy si uvědomí, že jeho tělo vyvinulo supersluch, který kompenzuje nedostatek zraku. Stejně jako tomu bylo na začátku u jeho ostatních darů, ani zde však Clark nemá svou novou schopnost zcela pod kontrolou.

Clark a Lana se z neznámých důvodů pokusí Chloe zabít poté, co obdrží záhadný e-mail ze Summerholtova institutu. Clark musí odhalit zdroj těchto e-mailů poté, co Chloe prozradí, že odhalila důkaz, že v laboratoři provádějí výzkum ovládání mysli, a uvědomí si, že se ji musí snažit zabít, aby jí zabránili napsat odhalení. Mezitím se Lana rozhodne pronajmout byt nad kavárnou Adamovi, i když má pocit, že skrývá něco nebezpečného ze své minulosti.

Clark zjistí, že jeho spolužák Jordan dokáže předvídat budoucnost, ale je zděšen, když mu Jordan řekne, že "vidí" Lanu, která v příštích dnech zemře při požáru. Mezitím Chloe, podezřívavá k jeho chování, zkoumá Adamovu minulost a zjistí znepokojivé novinky.

Poté, co Pete odmítne uspořádat pouliční závody, ohrožují ho zločinci, kteří je pořádají, a tak požádá Clarka, aby použil své schopnosti a zastavil je. Clark je rozzuřený, že se Pete dostal do takové situace, a musí přijít na způsob, jak Peta zachránit a zároveň ochránit jeho tajemství. Mezitím Jonathan začíná nést následky své dohody s Jor-Elem.

Clark je nucen použít své schopnosti před Alicií, novou dívkou ve škole, ale je překvapen, když zjistí, že i ona má své vlastní schopnosti. Díky společnému tajemství se mezi nimi vytvoří pouto, ale věci se zvrtnou poté, co Alicia začne být posedlá tím, že se o Clarka nechce dělit s nikým jiným - zejména s Lanou. Lana mezitím požádá Lexe, aby Adama vyšetřil.

Zatímco jeho otec čeká na operaci, Clark se spřátelí s mladým chlapcem Garrettem, jehož bratr Vince právě zemřel na selhání jater. Všichni jsou však šokováni, když se Vince objeví živý a zdánlivě zdravý - dokud mu nezačnou znovu selhávat játra. V zoufalé snaze udržet bratra naživu si Garrett na sebe připevní kryptonitovou bombu a požaduje, aby Vince dostal Jonathanova játra, jinak vyhodí budovu do povětří.

Clark přijme panický hovor od Lany a slyší výstřel, než se linka odmlčí, ale když dorazí do Talonu, s úžasem zjistí, že je živá a zdravá. Clark si uvědomí, že telefonát pocházel z následujícího dne a že Adam je ten, kdo Lanu zastřelí.

Když se Jonathan začne chovat podivně, Clark se domnívá, že Jor-El posílá Jonathanovi vzkazy prostřednictvím klíče a je příčinou otcova odchodu od rodiny. Clark se vydá do jeskyní, aby se se svým biologickým otcem konfrontoval, ale Lionel ho tam přistihne a začne dávat dohromady střípky, které ho dovedou přímo k doktoru Swannovi. Když se oba miliardáři střetnou, dojde k dohodě a Lionelovy skutečné motivy jsou odhaleny.

Když Chloe náhodou vdechne záhadný kryptoplyn, zjistí, že působí jako sérum pravdy na každého, kdo s ní přijde do styku, a rozhodne se využít své nové schopnosti a vydá se ke Kentovým, aby zjistila Clarkovo tajemství. Její nová schopnost však má fatální následky a Clark musí najít protilátku dřív, než o něm zjistí pravdu, nebo hůř, zemře.

Lex je přesvědčen, že klíčové informace o minulosti jeho otce byly ztraceny, když mu byla vymazána paměť, a rozhodne se zapojit do experimentálního programu s doktorem Garnerem, aby tyto informace získal zpět a mohl svého otce předat FBI. Clark ví, že Lex odhalí jeho tajemství, pokud se mu vrátí paměť, a snaží se mu v tom zabránit, ale je chycen Lionelem a doktorem a vystaven stejně radikální léčbě, aby Lionel mohl vyřešit záhadu Clarkovy minulosti.

Jeremiah Holdsclaw, mladý indián Kiwatche, ukradne z kmenových jeskyní bájný nůž a získá superschopnosti podobné Clarkovým. Jeremiah věří, že je naplněním dávného proroctví o Namanovi, "muži, který spadl z hvězd". Vydává se nožem zabít Lionela a Clark ho musí zastavit, aniž by odhalil své vlastní tajemství.

Clark se rozhodne prozradit Laně své tajemství, aby mohli být konečně spolu. Mezitím zběhlý agent FBI unese a mučí Peta, aby ho přinutil prozradit Clarkovo tajemství. Také Lex zpanikaří poté, co mu FBI dá 24 hodin na předání informací o jeho otci, jinak mu hrozí vězení, ale pomoc přijde z nečekaného zdroje.

Kara, krásná dívka se superschopnostmi z Kryptonu, láká Clarka, aby se připojil ke svému otci a přijal svůj osud. Clark zůstává po Petově odchodu bez opory, když Jonathan odhalí dohodu, kterou uzavřel s Jor-Elem. Zároveň Clarkovy vztahy s Lexem a Lanou naberou nečekané obrátky, takže mu nezbývá nikdo jiný než Kara, na kterou se může obrátit.