Clark, sconvolto da quello che è successo a sua madre, non riesce a sopportare il senso di colpa e indossa l'anello con la kriptonite rossa per dimenticare il suo dolore. Si reca a Metropolis dandosi alla bella vita, diventatno un criminale e facendo preoccupare la sua famiglia e i suoi amici. Lex si ritrova su un'isola deserta ed è costretto ad affrontare i suoi demoni personali; nel frattempo Lionel organizza un funerale per suo figlio credendolo morto. Jonathan Kent decide di prendere in mano la situazione e di riportare suo figlio a casa, ma il prezzo da pagare è molto alto.

Clark decide di togliersi l'anello piuttosto che uccidere suo padre e alla fine Jonathan riesce a convincerlo a tornare a casa. Anche Lex fa ritorno a Smallville e cerca di scoprire chi è che ha cercato di ucciderlo se la sua novella sposa o suo padre. Clark nel frattempo deve fare i conti con un boss della malavita, Morgan Edge, che lo ha seguito a Smallville da Metropolis.

Clark scopre che qualcuno sta dando la caccia a tutte le persone che sono state "cambiate" in qualche modo dalla Kryptonite e il prossimo obiettivo è Lex. Clark riesce a salvarlo, ma il killer lo coglie di sorpresa colpendolo con un proiettile fatto di kryptonite.

Clark viene pedinato da una ragazza dall'aria molto spaventata che gli chiede aiuto; dopo un po' Clark scopre che la ragazza è in realtà una vicina di casa che è in coma da anni. Clark chiede aiuto a Lana per saperene di più, cosa che mette Lana in grave pericolo. Nel frattempo Lionel esige che Lex si sottoponga a una valutazione psicologica prima di riassumerlo nella sua azienda.

Perry White, un promettente giornalista la cui carriera fu stroncata da Lionel Luthor, arriva a Smallville in cerca di storie sugli alieni da vendere alla rivista per la quale lavora. Perry sorprende Clark mentre usa la sua supervelocità, ma la sua testimonianza non è molto attendibile considerato il suo amore per la bottiglia. Ciononostante, Perry mette in atto un piano per svelare i poteri di Clark. Nel frattempo Lex scopre che Perry ha delle prove incriminanti sul passato di Lionel.

Clark scopre che 40 anni fa Jor-El ha visitato il pianeta Terra. Il prozio di Lana, che fu imprigionato con l'accusa di aver ucciso sua moglie, mostra a Lana una foto dell'uomo che lui sospetta essere il vero assassino. Lana rimane scioccata dalla foto che mostra un uomo identico a Clark. L'uomo altri non era che Jor-El e durante le sue indagini Clark trova un medaglione Kryptoniano che gli consente di vedere frammenti del passato.

Lana si comporta in modo bizzarro e viene perfino arrestata, Clark sospetta che ci sia qualcosa sotto e che la spiegazione abbia a che fare con Seth, il nuovo ragazzo che Lana sta frequentando. Seth ha la capacità di alterare i campi magnetici, muovere gli oggetti e influire sui comportamenti delle persone. Clark gli chiede delle spiegazioni e quando Seth cerca di "liberare" Lana, la ragazza non la prende bene e cerca di ucciderlo. Nel frattempo Lex scopre che Chloe ha indagato sul passato di Lionel e approftita dell'occasione per congiungere le forze.

Lex riesce a localizzare Morgan Edge e riesce a fargli ammettere che lui e Lionel hanno concluso molti affari insieme. Adesso che ne ha le prove, Lex vuole denunciare suo padre, ma prima che ci riesca, qualcuno tenta di ucciderlo. Salvo per miracolo, Lex scappa e chiede aiuto a Clark il quale si reca alla villa per cercare indizi. Mentre è sul posto non trova nessuna traccia che Lex sia stato aggredito, ma trova Lionel invece che lo avverte che Lex sta soffrendo di psicosi e che necessita di cure mediche.

Tre nemesi del passato convincono Lex a chiedere l'aiuto di Clark per farlo fuggire dall'ospedale psichiatrico dove suo padre l'ha rinchiuso e dove anche loro sono ricoverati per via delle loro azioni criminali. I tre ingannano Lex e usano la kryptonite per tendere una trappola a Clark e rubargli i poteri. Lana è in ospedale in seguito a un incidente alle scuderie e mentre sta facendo fisioterapia fa la conoscenza di Adam, un ragazzo un po' arrogante che però la sprona a dare il massimo per guarire.

Mentre sta cercando di evitare una rapina, Clark diventa temporaneamente cieco. Per compensare la perdita della vista, Clark sviluppa un superudito, ma come tutti gli altri superpoteri, anche questo ha bisogno di allenamento per riuscire a gestirlo senza esserne sopraffatto.

Clark e Lana cercano di uccidere Chloe senza alcun motivo apparente, dopo che ognuno dei due ha ricevuto una misteriosa e-mail dall'Istituto Summerholt. Clark scopre che Chloe sta scrivendo un articolo sugli esperimenti di controllo mentale che si effettuano all'Istituto ed è convinto che chiunque si nasconda dietro gli attentati sia coinvolto anche con gli esperimenti. Nel frattempo Lana decide di affittare l'appartamento che si trova nel Talon ad Adam, anche se è convinta che il ragazzo stia nascondendo qualcosa di pericoloso sul suo passato.

Clark scopre che un suo compagno di scuola, Jordan può vedere il futuro, ma scopre, con orrore, che Jordan ha visto la morte di Lana accadere nei prossimi giorni. Nel frattempo Chloe ha dei dubbi su Adam e cerca informazioni sul suo passato.

Clark scopre che Pete si è lasciato coinvolgere dal mondo delle corse clandestine in auto; minacciato da alcuni teppisti Pete si rivolge all'amico chiedendogli aiuto. Clark acconsente, ma è seccato dalla situazione considerato che Pete si è cacciato in questo guaio con le sue stesse mani. Nel frattempo Jonathan comincia a pagare le conseguenze del suo patto con Jor-El.

Clark è costretto a usare i suoi poteri di fronte a una nuova ragazza a scuola, ma scopre che anche Alicia ha dei poteri nascosti. Lieto di avere qualcuno che comprenda il suo fardello, Clark si confida con Alicia e i due diventano molto legati. Tuttavia, la ragazza comincia a essere ossessivamente gelosa di Clark, specie quando c'è Lana di mezzo. Lana invece si rivolge a Lex chiedendogli di indagare sul Adam.

Clark riceve una chiamata isterica da Lana e un attimo prima che cada la linea Clark sente il rumore di un colpo di pistola. Clark corre al Talon ma trova Lana tranquilla e serena, che gli assicura di non aver telefonato affatto. Clark si rende conto che la chiamata è stata fatta dal futuro e che Lana è in pericolo per via di Adam.

Jonathan si comporta in modo strano e Clark sospetta che Jor-El sia implicato in qualche modo. Clark si reca alle caverne indiane per chiedere spiegazioni a Jor-El su cosa sta succedendo a suo padre, ma viene colto di sorpresa da Lionel il quale comincia a mettere insieme i pezzi del puzzle. Lionel si reca dal Dottor Swann e durante l'incontro scopriamo le vere intenzioni che si nascondono dietro l'ossessione di Lionel per Clark.

Chloe inala una sorta di kryptogas che funziona come siero della verità su chiunque le si avvicini. Approfittando di questo potere di coercizione, Chloe si reca alla fattoria dei Kent per socprire una volta e per tutte il segreto di Clark.

Lex è convinto che le informazioni per rivelare il passato di suo padre sono andate perdute quando la sua memoria è stata cancellata. Per cercare di recuperare il più possibile di quanto andato perso, Lex si affida dal dottor Garner, uno scienziato che sta compiendo degli esperimenti sulle manipolazioni sensoriali. Sapendo che recuperando la memoria Lex scoprirà anche il suo segreto, Clark cerca di fermarlo, ma viene catturato da Lionel e dal dottore che tentano di sottoporlo allo stesso trattamento per scoprire la sua vera identità.

Jeremiah Holdsclaw, un giovane nativo americano della tribù dei Kiwatche, ruba un coltello rituale dalle caverne indiane e assorbe dei superpoteri simili a quelli di Clark. Jeremiah è convinto di essere il predestinato descritto dai pittogrammi della profezia di Naman, "l'uomo caduto dalle stelle". Jeremiah decide di uccidere Lionel e Clark deve fermarlo senza rivelare la sua vera identità.

Clark è stanco di nascondersi e ha finalmente deciso di dire a Lana la verità. Nel frattempo un agente dell'FBI corrotto rapisce e tortura Pete per costringerlo a rivelare il segreto di Clark. Lex viene messo di fronte a un ultimatum dall'FBI: o consegna le prove contro Lionel o verrà incriminato a sua volta per ostacolo alla giustizia, per fortuna un aiuto inaspettato risolve la questione.

Kara, una bellissima ragazza che viene da Krypton, cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino come figlio di Jor-El. Clark sente molto la mancanza del supporto di Pete, partito da Smallville insieme alla famiglia, specie adesso che Jonathan gli rivela il patto fatto con Jor-El. Il rapporto tra Clark, Lana e Lex subisce un'evoluzione inaspettata e a Clark non rimane che rivolgersi a Kara per un po' di conforto.