תחת השפעתו של הקריפטונייט האדום קלארק חי חיי פשע בעיר מטרופוליס בעוד שחבריו והוריו מחפשים אותו. בכדי להחזיר אותו ג'ונתן צריך לשלם מחיר גבוהה.

קלארק חוזר לסמולוויל אך הפושעים ממטרופוליס ממשיכים לרדוף אותו. הוא מחליט שלא יוכל לנהל מערכת יחסים עם לנה. גם לקס חוזר מהאי הבודד ומגלה תגלית מפתיעה.

קלארק מגלה שמישהו שהופשע מהקריפטונייט צד אנשים והטרף הבאה היא לקס. אולם קלארק מציל אותו אך הצייד מגלה את חולשתו ויורה בו עם כדור קריפטונייט.

קלארק חולם שנערה רודפת אחריו מסתבר שזו היא שכנה שלו שהתעלפה והייתה צריכה להתעורר לפני שנים. גם לאנה מגלה את הדבר וכעת נמצאת בסכנה, בעוד שליונל מכריח את לקס לעבור סידרת טיפולים פסיכולוגים בכדי לחזור לנהל את החברה.

עיתונאי שהקריירה שלו נהרסה ע"י ליונל לותר, מגיע לסמולוויל בחיפוש אחר סיפורי חייזרים עבור תוכנית הטלוויזיה שלו. הוא מתמקד בקלארק ומכין תכנית מסוכנת כדי לגלות אם יש לו כוחות על.

דודה של לאנה, שהורשע ברצח אישתו לפני 40 שנה, מראה ללאנה תמונה של אדם. שהוא מאמין כי הוא הרוצח האמיתי הבעיה היא שהאדם בתמונה נראה בדיוק כמו קלארק.

קלארק לא מבין מדוע לאנה נמשכת לתלמיד מסוים ומתחילה להתנהג באופן מרדני, שגורם לכליאתה. עד מהרה מתברר שלתלמיד בו לאנה מאוהבת, יש כוחות מיוחדים. לקס מנסה להיעזר בקלואי כדי לפעול נגד אביו.

לקס מתחיל לאבד את שפיותו ומאשים את אביו ואת מורגן אדג' ברצח הסבים שלו. הוא חושב שהם מסממים אותו כדי שישתגע ולא יגלה את סודם, והוא מעמיד את קלארק במצב לא נעים...

לקס מאתר אדם שיעיד בביהמ"ש על עסקיו הפליליים של אביו, אך מישהו מנסה להתנקש בחייו. קלארק נחלץ לעזרתו של לקס, אך לא מוצא שום עדות לניסיון ההתנקשות. זאת, בנוסף לטענתו של ליונל שלקס לא שפוי.

קלארק מתעוור זמנית לאחר שהוא מנסה למנוע שוד וכתוצאה מכך הוא מפתח יכולת שמיעה יוצאת דופן, המפצה על אובדן הראיה. המצב מסתבך כשמסתבר שקלארק לא מצליח לשלוט לגמרי בכוחו החדש.

קלארק ולאנה מנסים לרצוח את קלואי מסיבות בלתי ברורות לאחר שקיבלו מייל מסתורי ממרכז סאמרהולט. קלארק חייב לגלות את מקור האי-מיילים ואת הסיבה למעשיהם. לאנה מחליטה להשכיר את הדירה לאדם.

למורת רוחו קלארק נאלץ לסייע לפיט, המסרב להפסיד במירוץ הכבשים ומשום כך מקבל איומים מהביריונים שמנהלים את המירוצים. בינתיים, ג'ונתן מתחיל לסבול את תוצאות העסקה שעשה עם ג'ור-אל.

אלישיה, תלמידה מבית ספרו של קלארק, מתגלה כבעלת כוחות מיוחדים. היא וקלארק מפתחים קשר מיוחד דרך הסודות שלהם, אך אז היא מתחילה לפתח אובססיה כלפיו ואינה מוכנה לחלוק אותו עם אף אחד.

בעוד אביו ממתין לניתוח, קלארק מתיידד עם גארט, נער שאחיו, וינס, מת ממחלת כבד, אך לפתע וינס מופיע כשהוא בחיים. המצב מסתבך כשהכבד של וינס כושל וגארט דורש את הכבד של אביו של קלארק למען אחיו.

קלארק מקבל שיחת טלפון היסטרית מלאנה ושומע יריית רובה, לפני שהקו נותק, אך כשהוא מגיע לטאלון הוא משתומם לגלות את לאנה בריאה ושלימה. קלארק מנסה להבין מה קרה, וכיצד יוכל לשנות את שיקרה.

כשג'ונתן מתחיל להתנהג מוזר, קלארק חושב שג'ור-אל שולח לו מסרים דרך המפתח ושבגללו ג'ונתן התרחק ממשפחתו. ליונל מגלה את קלארק במערות, ומנסה לרקום עסקה עם ד"ר סוואן לגילוי סודותיו.

קלואי חודרת ללות'רקורפ ושואפת בטעות גז קריפטונייט. היא מגלה שאנשים מתחילים לספר לה את סודותיהם הכמוסים ביותר, ומחליטה לנצל את ההזדמנות לנסות ולגלות את האמת על קלארק.

לקס בטוח שמידע חשוב על עברו של אביו אבד לו כשזכרונו נמחק, והוא מצטרף למחקר של ד"ר גארנר כדי לשוב ולזכור. קלארק יודע שאם לקס ישיב את זכרונו הוא יזכר גם בסודו, ומנסה למנוע זאת ממנו.

ג'רמיה, אינדיאני קיוואצ'י גונב סכין מקודשת מהמערות ומקבל כוחות דומים לשל קלארק. ג'רמיה מאמין שהוא דמות שהוזכרה בנבואות אבות קדומים ויוצא להרוג את ליונל. קלארק מנסה לעצור בעדו.

קלארק מחליט לגלות את סודו ללאנה כדי שיוכלו להיות יחד. סוכן אפ-בי-איי מושחת חוטף ומענה את פיט כדי שיגלה לו את סודו של קלארק. לקס נלחץ כשהאפ-בי-איי דורש ממנו להעביר חומר מרשיע על אביו.

בפרק האחרון לעונה, קארה, נערה בעלת כוחות מקריפטון משכנעת את קלארק להצטרף לאביו הביולוגי ולאמץ את גורלו. ג'ונתן מגלה לקלארק מה היתה העיסקה שעשה עם ג'ור-אל. יחסיו של קלארק עם לאנה ולקס עוברים שינוי.