קלארק מציל את לאנה מסופת הטורנדו ומגלה שהסופה חשפה את החללית וגם קברה בחיים את אביו, ואת העיתונאי שגילה את סודו. לקס הרוס עקב מותו של אביו.

קלארק מחליט להסתתר כדי ללמוד ולהשתלט על כוחו החדש, לאחר שפגע בטעות בלאנה. עד מהרה הוא מגלה שאין לו זמן לכך, מאחר ומורה חדשה וסקסית שהגיעה לביה"ס עלולה לגרום למותו של לקס.

אחד מחבריו של קלארק מגלה את החללית שלו בשדה התירס וקלארק חושף בפניו את סודו, למרות התנגדותם של הוריו. לקס מתעמת עם אחד המדענים שלו.

קלארק נחשף לקריפטונייט אדום, הגורם לו להפוך לטיפוס מרדני המשתמש בכוחותיו בחוסר זהירות. בעוד הוריו מנסים להבין את השינוי בהתנהגותו לפני שסודו ייחשף, לאנה מגלה שהיא נמשכת לקלארק החדש.

קלארק מודאג כאשר משורר מסתורי בשם ביירון מור משאיר פתקי אהבה עבור לאנה במצבות הקבר של הוריה. קלארק מזהיר אותה מפניו אך לאנה מסוקרנת לדעת מי המאהב המסתורי.

מרתה מבקשת סיוע מאביה המנוכר כאשר חוות משפחת קנט נקלעת למצוקה כלכלית. קלארק שמח על ההזדמנות לפגוש את סבו, אך האיחוד המשפחתי הבלתי מתוכנן עולה על שרטון.

אישה מסתורית מופיעה בבית משפחת קנט וטוענת כי היא אימו של קלארק, מה שגורם להם לספר סוף סוף מה קרה ביום שבו מצאו אותו בשדה תירס.

קלארק בוחן את מגבלות כוחו במטרה להציל את ראיין, חברו הצעיר בעל יכולת הטלפתיה, מפני רופא מרושע המעוניין לשלוט בכוחות העל-טבעים של ראיין.

כאשר קלארק מנסה להזהיר את לאנה וקלואי מפני איאן, תלמיד הישגי במיוחד שיוצא בחשאי עם שתיהן במקביל, הן מאשימות אותו בקנאה, ורק מאוחר יותר הן מבינות עד כמה קלארק צדק.

קלארק נופל לתוך מערה בה הוא מוצא כיתובים אינדיאנים עתיקים שבהם נמצא המפתח לזהותו, ונערה יפהפייה, שהוא מאמין כי היא תאומת הנפש שלו. בניסיון לשמור על המערה, הוא גורם לסכסוך בין לקס לאביו.

וויטני חוזר משרותו הצבאי ומקווה לחדש את מערכת היחסים שלו עם לאנה, אך התנהגותו מעוררת חשד אצל קלארק באשר למניעיו האמיתיים - מה שמוביל לחשיפת האמת המזעזעת. לקס חושד בחברתו החדשה.

לקס מגלה שאביו התקין בחשאי מצלמות וידאו בתוך האחוזה, ובתגובה מחליט להתקין בחשאי מצלמות מעקב במשרדו של אביו במטרופוליס. המצב מסתבך כשאנשיו של לקס פוגשים את אביו ואת אמו של קלארק.

לאחר שליונל נורה ונפצע, ג'ון נעצר באשמת ביצוע הפשע, אך קלארק ופיט מנהלים חקירה משלהם ומגלים שליותר מאדם אחד הייתה הזדמנות ומניע לפגוע בליונל, לרבות לקס.

פיט וקלואי נדבקים בתולעת הגורמת להם להפוך להרפתקנים תאבי סיכונים, ופיט אף משתמש באבני קריפטונייט אדומות כדי לשכנע את קלארק להצטרף אליהם בהרפתקאותיהם.

לקס מוצא את לוקאס, הבן אשר ליונל נתן לאימוץ, ומביא אותו הביתה בתקווה ששניהם יוכלו להתאחד נגד אביו.

קלארק מזדרז למצוא תרופה לאחר שמרתה נדבקת בוירוס רעיל וניכנסת לתרדמת, אך בניסיונו אף הוא נדבק .ומציאת התרופה תלויה עכשיו בג'ונתן.

ד"ר וירג'יל סוואן (כריסטופר ריב, "סופרמן" בסדרת הסרטים), מדען מסתורי אשר מחזיק הודעה לקלארק מכוכב הולדתו, נחוש לגלות מהיכן הגיע. קלארק יוצא לניו-יורק על מנת לפגוש את ד"ר סוואן.

לאחר שחבר לכיתה טוען שהוא אינו מכדור הארץ ואף מגבה זאת באמצעות שימוש בחימום על ידי מבט, קלארק חוקר ומתחיל להאמין שהבחור הוא למעשה מכוכבו שלו -קריפטון.

קלארק מגלה שנער מביה''ס שלו שדד סלעי מטאור מליונל לותר, והוא משתמש בהם ליצור סם מגביר כוח. הוא יוצא להיאבק בנער, אך נאלץ להתמודד עם קבוצת אנשים בעלי כוח דומה לשלו.

לאחר שלאנה מקבלת ביקור מרוח הרפאים של חברת ילדות, היא פונה לקלארק לעזרה בחשיפת האמת לגבי האורחת החדשה שלה.

ד"ר וולדן מתעורר מהתרדמת שלו ומספר ללקס ולליונל שקלארק הוא חייזר ושיש להשמידו.

לקס והלן מתחתנים אך המטוס שלוקח אותם לירח הדבש מתרסק. קלארק מסרב לקבל את ייעודו ומחליט להשמיד את החללית, אך הוא בכל זאת לא מצליח להימלט מגורלו...