Clark dirige son vaisseau au coeur de la tornade qui s'abat sur Smallville. Violemment secoué et frappé par la foudre, l'engin tombe en panne et perd de l'altitude. Egalement victime du cyclone, prisonnière de sa voiture, Lana est en danger. Alors qu'elle s'est réfugiée à l'arrière du véhicule, Clark surgit et, sans qu'elle s'en aperçoive, se met au-dessus d'elle pour la protéger... Dans son manoir, Lex regarde son père, coincé sous une colonne, le supplier de lui venir en aide. Finalement, après une longue hésitation, il se décide à le sauver. Mais le plafond s'effondre ! Lorsque Lex parvient enfin à s'extirper des gravats, son père a perdu connaissance...

Après avoir blessé accidentellement Lana, Clark part se cacher. Il a découvert un incroyable pouvoir qu'il n'arrive pas à maîtriser. Or il doit y parvenir pour empêcher Lex Luthor de tuer son père...

Pete tombe sur le vaisseau spatial de Clark dans un champ de maïs. Malgré les réticences de ses parents, Clark décide d'avouer son secret à son ami. De son côté, Lex Luthor a une altercation avec le Pr Steven Hamilton, l'un des scientifiques qui avait attiré son attention grâce à ses recherches...

Clark se métamorphose au contact de fragments de météorites rouges introduits au lycée. Au grand étonnement de son entourage, il devient un adolescent rebelle. Il oublie ses inhibitions et n'hésite pas à déclarer sa flamme à Lana. Mais le nouveau Clark peut aussi se révéler dangereux s'il utilise ses pouvoirs à mauvais escient...

Clark s'inquiète quand il apprend qu'un mystérieux poète, Byron, dépose des mots doux destinés à Lana sur la tombe de ses parents. Mais Lana, intriguée par le comportement du jeune homme, veut faire sa connaissance. Elle et Clark sympathisent bientôt avec l'inconnu. Ils le raccompagnent chez lui et sont accueillis par son père, fusil en mains, qui leur demandent de déguerpir. Le lendemain, Clark et ses amis retournent libérer Byron : ses parents le retenaient prisonnier, enchaîné...

Swimmer Troy se noie pendant une séance de natation. Lorsque son corps émerge de l'eau, il a l'aspect d'un vieillard. Chrissy, sa petite amie au passé trouble, l'a embrassé juste avant sa mort. Chrissy est une mutante qui vampirise ses victimes pour rester jeune. Pendant que Clark enquête sur cette affaire, les difficultés financières s'accumulent à la ferme. Martha reprend contact avec son père, William, pour lui demander de l'aide, ce qui déplaît fortement à Jonathan. Clark, lui, est ravi à l'idée de rencontrer son grand-père. Il se démène pour rapprocher les deux hommes mais les choses tournent mal...

Une mystérieuse femme rend visite aux Kent, et prétend être la mère de Clark. Elle contraint alors les parents de Clark à révéler à leur fils les circonstances de sa découverte dans un champ de maïs. Clark apprend ainsi pourquoi son père déteste les Luthors. Il découvre également les modalités de son adoption et qui a vraiment sauvé Lex de la mort...

Dans un laboratoire, un homme fait subir des expériences à Ryan, l'ami télépathe de Clark. Quand Ryan s'aperçoit que le médecin veut contrôler ses capacités surnaturelles, il essaie de s'échapper et appelle Clark à son secours. Quand ce dernier veut localiser l'hôpital, il ne trouve aucun établissement du nom de Summerholt à Edge City...

Pendant un cours de travaux partiques, Ian, un élève très brillant, est descendu en flammes par le professeur qui trouve que le coupe-papier qu'il a fabriqué n'est pas réussi. A la fin du cours, l'adolescent, qui veut suivre les cours de la prestigieuse fondation Luthor, demande à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour savoir quelle note il a obtenu. En apprenant que le professeur l'a gratifié d'un C, il est furieux. Clark découvre également que Ian sort en même temps avec Chloe et Lana. Il les avertit mais elles préfèrent dans un premier temps ignorer l'information...

Alors qu'il est en train de faire du vélo-cross avec Pete, Clark tombe dans une grotte. Il y fait deux découvertes merveilleuses : d'anciennes inscriptions indiennes qui pourraient être la clef de son identité et une ravissante jeune fille qui lui apparaît comme étant son âme sur. Pour conserver les mystérieux caractères, Clark rejoint le combat que mène Lex contre son père, et l'aide à stopper les ouvriers du bâtiment de Lionel qui s'apprêtent à détruire la grotte...

Whitney Fordman revient à Smallville après avoir servi dans la Marine. Il espère renouer avec Lana. Mais l'attitude étrange de Whitney pousse Clark à s'interroger sur les mobiles de son ami... Dans le même temps, Lex découvre une photo de sa nouvelle petite amie, le Dr Helen Bryce, en compagnie de son père, Lionel...

Lionel est blessé par balles dans le manoir de Lex. Jonathan est arrêté par la police qui retrouve une bouteille d'alcool et l'arme du forfait à bord de sa voiture. Lorsque Clark et Martha lui demandent son emploi du temps de la nuit passée, Jonathan ne se souvient de rien. De son côté, Lana a été témoin d'une altercation entre les deux hommes...

Pete et Chloe ont été infectés par un parasite, qui les transforme en casse-cou à la recherche de sensations fortes. Pete utilise de la kryptonite rouge afin de persuader Clark de les rejoindre dans leur dangereuse aventure. Non seulement Clark se sert de ses pouvoirs, mais il embrasse Chloe devant une Lana sous le choc...

Lex retrouve Lucas, son frère, que Lionel a abandonné à sa naissance pour le faire adopter. Désormais majeur, Lucas pourrait l'aider à nuire à leur père... Clark postule au Talon. Il espère pouvoir passer plus de temps au côté de Lana...

La poussière de météore fait des ravages chez les Kent. Après Martha, c'est au tour de Clark de tomber gravement malade. Chloe et Lana sont désespérées à l'idée de perdre leur ami. Pendant ce temps, Helen reçoit une offre d'emploi hors de Smalville qui contraint Lex à s'interroger sur leur relation...

Déterminé à en apprendre plus sur ses origines, Clark se rend à New-York. Il doit y rencontrer le professeur Swann, un génial savant qui est en possession d'un message en provenance de Krypton pour lui. Pendant ce temps, une nouvelle dispute avec Chloé décide Lana à déménager...

Un des camarades de classe de Clark, Cyrus Krupp, prétend être un extraterrestre et semble le prouver en faisant une démonstration de sa vision laser. Clark commence à le prendre au sérieux...

Lorsqu'il apprend que Lana a été agressée par un étudiant, Clark perd son sang-froid et blesse le jeune homme. L'affaire s'envenime : poursuivis par la justice, les Kent risquent d'être dépossédés de leur ferme. Une situation qui pousse Clark à tout mettre en uvre pour arrêter la machine judiciaire, mais aussi à douter de ses pouvoirs... L'ex-petit ami d'Helen arrive en ville, déterminé à la reconquérir. Mais la belle rejetant ses avances, il se met à la harceler. Ce qui exaspère Lex, au plus haut point...

Témoin du braquage d'un camion de la Luthor Corporation transportant de la kryptonite, Clark veut s'interposer mais ne parvient pas à neutraliser les voleurs. Pour empêcher le jeune Texan de les dénoncer à la police, les truands s'en prennent à Jonathan et Martha, ses parents...

Lana est hantée par le fantôme d'une amie d'enfance. Après en avoir parlé à Clark, ce dernier découvre que la petite fille n'est qu'un clone fabriqué avec de la kryptonite. Comprenant que son amie est en danger, Clark fait tout pour la sauver. Dans le même temps, Lex apprend que son père, Lionel, finance un programme de recherche sur le clonage...

Le Dr Walden émerge de son coma et prononce plusieurs fois cette phrase étrange : «Le grand jour approche». Puis il révèle à Lex et Lionel que Clark est un alien et doit être anéanti. Clark confie son inquiétude à ses parents : Walden semble désormais doté de pouvoirs surnaturels. Il peut donc lire le langage de Krypton et découvrir ainsi son identité. De son côté, Lana rend visite à Clark et le trouve occupé à écrire le discours qu'il prononcera aux fiançailles de Lex. Elle lui a apporté un gâteau d'anniversaire. Très touché, Clark embrasse la jeune fille...

Tandis que le vaisseau s'illumine, une voix mystérieuse s'adresse à Clark et se présente comme la mémoire et la volonté de son père, Jor-El, et lui explique qu'il est temps pour lui d'accomplir sa destinée, de quitter Smallville et de conquérir le monde. Mais Clark s'y refuse... Lex avoue à Helen que c'est bien lui qui a volé l'éprouvette dans son bureau pour faire analysert le sang de Clark. Furieuse de cette trahison, elle décide de rompre et annuler le mariage... Clark et Lana décident de se rendre ensemble au mariage de Helen et Lex. Mais il leur faut parler à Chloe au sujet de leur relation...