Clark rescata a Lana del tornado, y luego irá en busca de Jonathan y Nixon con la ayuda de Chloe y Pete. El estado de Lionel es severo, por lo cual Lex lo somete a una operación muy peligrosa.

Una ola de calor llega a Smallville, causando que Clark obtenga una nueva habilidad: La Visión de Calor. Lex contrae matrimonio con una hermosa mujer llamada Desiree Atkins (Krista Allen) que apenas conoce, ya que ella tiene el poder de controlar a los hombres mediante una dosis de feromonas mediante un beso. Lana toma una decisión importante con respecto a Whitney.

Por causa de que Pete descubre la nave espacial de Clark perdida entre el maizal, y luego de que el Dr. Hamilton (Joe Morton), ahora afectado por los meteoritos, la robara, Clark se ve obligado a contarle todo su secreto a su amigo. Hamilton busca apoyo del propio Lionel, ya que Lex se niega a ayudarle.

Clark adquiere un anillo, sin darse cuenta de que se trata de un fragmento de kriptonita roja. Pronto empiezan a aflorar los efectos secundarios, convirtiéndose en un hombre arrogante a quien no le importa nada.

Lana conoce a un admirador secreto llamado Byron Moore (Sean Faris), quien oculta algo que lo aleja del día; por eso acude a Clark por ayuda. Martha acepta un trabajo como asistente personal de Lionel.

Clark debe encontrar a un fenómeno con el don que Quitar la juventud de los demás para poder vivir. Los Kent viven con problemas económicos justo cuando William Clark, (George Coe) el padre de Martha llega a complicar las cosas. Mientras tanto, Lana descubre una antigua foto de sugiere que quizás su padre siga vivo.

Rachel Dunleavy llega a Smallville y reclama que Clark Kent es su hijo biológico con Lionel Luthor, por lo tanto el hermano de Lex Luthor y pide una comprobación de ADN. Mientras tanto, Lana Lang visita a Henry tratando de hallar a su padre biológico.

Clark Kent recibe la llamada desesperada de Ryan James, diciéndole que está siendo utilizado en un experimento en un hospital. Clark consigue salvarle pero es acusado por el tutor de Ryan, el doctor Garner, de secuestrar al niño.

Clark avisa a Lana y a Chloe de que no salgan con Ian Randall, pero creen que tiene celos y no comprenden el peligro que corren.

Todo parece ir bien en Smallville. Clark y Lana están haciendo progresos y finalmente él tiene el valor suficiente para pedirle que vayan juntos al festival. Todo se complica cuando regresa Whitney, pero no parece el mismo y Clark empieza a investigar.

Lex descubre que su padre le está espiando y contrata a un profesional. Lionel y Martha son tomados como rehenes por unos criminales y cuando abren la caja fuerte, se descubre un gran secreto. La señora Kent descubre que su jefe posee algo importante sobre Clark.

Lionel Luthor es disparado dos veces en la mansión de los Luthor. Cuando encuentran a Jonathan Kent, borracho, con un arma en su mano y una botella de tequila en la otra, se convierte en el principal sospechoso. Todas las pruebas le acusan, pero Clark Kent cree en su inocencia y está dispuesto a demostrar que su padre no le disparó a Lionel.

Durante una fiesta en la cueva subterránea descubierta por Klya, el estudiante Travis muere. Pete Ross es picado por un parásito. Cuando Chloe y Clark acuden a la cueva, Chloe es picada y su comportamiento cambia radicalmente. Cuando Pete le pone una kriptonita roja en el bolsillo a Clark, los tres empiezan a comportarse de forma distinta y hieren los sentimientos de Lana.

Lex Luthor rescate a su hermano Lucas de una situación peligrosa y le trae a Smallville para que le ayude en una disputa comercial con su padre. Sin embargo, Lucas permanece del lado de Lionel. Lex Luthor se queda sin casa y es acogido por Jonathan y su familia, mientras Clark intenta resolver la situación.

Mientras ocultan la nave espacial en el sótano de la granja, Martha Kent aspira unas esporas desconocidas y enferma de inmediato. Es ingresada en el Hospital Central de Smallville bajo el cuidado de la doctora Helen Bryce, y los resultados de sus analíticas de sangre son enviadas al CDC. Los agentes del CDC van a inspeccionar la granja, por lo que Clark y Pete se apresuran en desplazar la nave. Clark inhala las esporas y enferma. Jonathan intenta dar con un tratamiento.

Clark tiene unos sueños extraños con la cueva. Cuando introduce su llave hexagonal en la pared de la cueva, decodifica los símbolos. Pronto entenderá la lengua de su planeta y encontrará un mensaje de su padre biológico.

Clark se pregunta muchas cosas sobre Cyrus, uno de sus compañeros de clase que utiliza rayos térmicos e investiga por su cuenta. Se pregunta si Cyrus proviene de Krypton. Mientras tanto, la doctora Helen Bryce se muda a la mansión de Lex, y se da cuenta de que su llave maestra abre todas las puertas excepto una.

Cuando Lana Lang es atacada por tres clientes bebidos, Clark Kent le defiende y hiere a los hombres. El nuevo Sheriff de Smallville le arresta. Uno de los heridos le denuncia al mentir y decir que sufrió heridas graves. Los Kent tienen que responder por los actos de su hijo y están a punto de perder la granja.

Clark es testigo del robo de un camión cargado de kriptonita. Cuando intenta detenerles, se da cuenta de que no puede con ellos porque son tan fuertes como él. Uno de ellos es un compañero de estudios, Eric.

Lana Lang se encuentra con su antigua amiga Emily Eve Dinsmore, que falleció hace seis años en un accidente, cuando tenía 10 años. El padre de Emily sufre un accidente y Lionel Luthor le visita en el hospital. Lana y Clark se dan cuenta de que Emily es el resultado de un experimento en LuthorCorp relacionado con la clonación acelerada. Mientras tanto, Lex y Helen planean casarse.

Lana Lang intima cada vez más con Clark. El doctor Fredrick Walden recupera la conciencia y repite siempre la misma frase: “el día llegará y él reinará en el mundo”.

Cree que Clark es una amenaza para la humanidad y se escapa de la institución mental, utilizando el enorme poder que ha adquirido, con la intención de matar a Clark.

Clark ha empezado a salir con Lana. Helen Bryce cancela su boda con Lex, pero después se da cuenta de que le quiere y se casan. Jonathan y Martha están entusiasmados al saber que Martha está embarazada. La memoria de Jor-El le habla a Clark, revelándole que debe abandonar Smallville, sus amigos y parientes y cumplir con su destino. Clark decide destruir la nave. La nave explota, causándole un aborto a Martha.