Lois vindt Clarks levenloze lichaam en verwijdert het blauwe kryptoniet, waardoor hij zichzelf kan genezen. Lois sluipt echter weg voordat Clark volledig ontwaakt om zijn geheim te beschermen. Ondertussen is Chloe wanhopig op zoek naar Oliver, dus wendt ze zich tot een onwaarschijnlijke bron voor antwoorden. Jonathan keert terug naar de Kent Farm met een bericht voor Clark en Tess wordt wakker in een LuthorCorp-lab.

Nadat Lois naar Egypte is vertrokken, huurt de Daily Planet een nieuwe verslaggever in genaamd Cat Grant om haar plaats in te nemen. Een moordenaar genaamd Deadshot richt zich op Cat, maar Clark ontdekt dat de man een gevaarlijke verborgen agenda heeft met betrekking tot The Blur. Ondertussen verschijnt Carter Hall in Egypte om Lois in de gaten te houden en vertelt hij Lois over zijn vrouw Shayera.

Clark is verbluft als Kara terugkeert naar de aarde en hem vertelt dat Jor El haar heeft gestuurd om de duistere kracht die eraan komt te stoppen, omdat hij niet gelooft dat Clark het aankan. Ondertussen, Lois confronteert Gordon Godfrey, een shock jock radio DJ die kruist tegen helden, nadat hij de Green Arrow bedreigt. Nadat Godfrey echter door de duistere macht is bezet, gijzelt hij Lois en moeten Clark en Kara haar te hulp komen.

In een poging Clark op te vrolijken, overtuigt Lois hem om hun vijfjarige reünie op de middelbare school bij te wonen. Bij een bezoek aan het huis van de kraaien herinnert Clark zich oude tijden met Lana en Chloe, terwijl Lois woedend is dat niemand haar vijf dagen als student herinnert. Brainiac 5.0 gebruikt zijn Legion-ring om vanuit de toekomst te bezoeken en neemt Clark mee door zijn verleden, heden en toekomst. Hij laat Clark zien wat er werkelijk gebeurde op de avond dat Jonathan stierf, Oliver's huidige pijn en Clark's toekomst op de Daily Planet met Lois en zijn rol als favoriete rode en blauwe superheld van de aarde.

Lois besluit Clark te vertellen dat ze weet dat hij The Blur is, maar ze activeert per ongeluk een oud artefact dat haar transformeert in de godin Isis, compleet met haar eigen superkrachten. Oliver en Clark besluiten met tegenzin Tess om hulp te vragen bij Lois. Ondertussen, nadat Cat Grant getuige is geweest van Lois terwijl Isis haar superkrachten gebruikt, besluit ze dat Lois the Blur is en probeert het te bewijzen.

Clark maakt zich zorgen over de veiligheid van Lois, dus hij leidt haar af van de wet burgerregistratie door te suggereren dat ze een ander verhaal behandelt. Nadat hij schoon met haar is gekomen, vertelt een boze Lois hem dat ze voor zichzelf kan zorgen, maar wanneer een lekke band hun auto in het midden van nergens tegenkomt, nemen hun plannen een keer af en loopt Lois ernstig gevaar. Ondertussen zoekt Tess naar een remedie voor Alexander, die snel ouder wordt.

De generaal en Lucy Lane besluiten Lois en Clark te bezoeken voor een verrassend Thanksgiving-diner. Clark en de generaal maken een moeizame start nadat Lois 'vader de superhelden bashen en Clark vertelt dat hij probeert een burgerwachtregistratiewet door te voeren. Ondertussen, in een poging om te voorkomen dat de burgerwacht zich registreert, liegt Rick Flagg tegen Lucy om Clark lang genoeg van de boerderij te lokken zodat hij de generaal kan vermoorden. Lois wordt verscheurd tussen het trots maken van haar vader en haar liefde voor Clark.

Lois vindt een video die haar moeder voor haar heeft gemaakt, Ella Lane, voordat ze stierf. Na het bekijken van de band neemt Lois een drastische beslissing over haar relatie met Clark die haar naar het fort brengt, waar ze oog in oog komt te staan met Jor-El en Lara.

In een poging om de rest van het team te beschermen, besluit Oliver zich in te schrijven voor de Vigilante Registration Act om te zien wat de regering van plan is met de nieuwe wet te doen. Zoals hij vermoedde, was het een valstrik om superhelden naar een geheime locatie te lokken, waar hij opgesloten zit in de gevangenis en onder supervisie van kolonel Slade wordt onderworpen aan een reeks wrede tests. Aquaman en zijn nieuwe vrouw Mera werken samen met Clark om Oliver te bevrijden. Lois is gefrustreerd als Clark haar aanbiedingen om het team te helpen opzij schuift en probeert te bewijzen dat ze met de grote jongens kan spelen.

Tess verwerft een Krypton-doos die ooit toebehoorde aan Lionel Luthor. Wanneer Clark per ongeluk de doos activeert, wordt hij getransporteerd naar een parallel universum waar Lionel Clark vond in de maïsvelden in plaats van de Kents. In dit universum is Clark Luthor een moordenaar en Lois is verloofd met Oliver en beiden haten Clark. Clark moet oppassen dat hij Lionel niet laat weten dat hij niet zijn zoon is, terwijl hij probeert uit te zoeken hoe hij terug kan naar de aarde waar het monster Clark Luthor in zijn plaats werd vervoerd.

Clark, Oliver, Lois en Dinah worden vrijgelaten door de VRA nadat ze zijn gevangengenomen tijdens de begrafenis van Hawkman, maar elk van hen heeft flashbacks van Chloe die ze tegen hun wil vasthoudt. Wanneer Chloe terugkeert, waarschuwt Dinah de anderen dat Chloe nu mogelijk een verrader is. Oliver verwerpt haar zorgen, maar Clark weet niet zeker of hij Chloe kan vertrouwen nadat ze zonder uitleg is verdwenen.

Clark is verrast om Martha op het nieuws te zien spreken tijdens een pro-burgerwacht. Maar verrassing verandert al snel in horror wanneer hij en Lois kijken terwijl Martha wordt neergeschoten op de nationale televisie. Ondertussen onthult Lionel zichzelf aan de wereld en eist LuthorCorp op van Tess en Oliver. Lois en Chloe besluiten Clark op te vrolijken door hem video's te laten zien van duizenden burgerwachters die hun steun voor The Blur beweren.

Chloe en Oliver worden aangezien voor FBI-agenten die Desaad's recente reeks moorden onderzoeken en het paar wordt ontvoerd door Desaad's handlangers. Desaad probeert Chloe met de duisternis te besmetten. Ondertussen vertelt Lois aan Clark dat hij voorzichtiger moet zijn met zijn identiteit en suggereert hij een vermomming.

Nadat Zatanna een magisch puntige fles champagne naar Clark en Lois heeft gestuurd voor hun vrijgezellenfeestjes, valt de bende flauw na de toast, om de volgende ochtend wakker te worden en te beseffen dat ze zich niets kunnen herinneren van de avond ervoor.

Lionel en Tess gaan de strijd aan om de naam Luthor. Clark en Lois zijn verbluft door het nieuwste cadeau van Tess aan hen.

Clark is geschokt om een spiegeldoos in de schuur te vinden. Clark Luthor verrast hem en stuurt Clark Kent terug naar de alternatieve realiteit waar Clark een zeer boze Jonathan Kent tegenkomt. Ondertussen, terug in onze realiteit, bezoekt Clark Luthor Tess en vertelt haar dat als ze niet achter hem staat, hij haar zal vermoorden. Lois vraagt Emil om haar te helpen Clark terug te halen.

Na alles wat er met de VRA is gebeurd, vertelt Lois aan Clark dat het het beste is om 'Clark Kent' vergeetbaar en ongemakkelijk te maken, zodat mensen niet vermoeden dat hij The Blur is. De twee zijn echter verbluft wanneer Booster Gold, een op roem beluste superheld uit de toekomst, de stad binnenstormt en begint met redden en poseren voor persoperaties, waarbij ze de stad Metropolis volledig wint. Booster begint zijn campagne om de plaats van The Blur in te nemen als 'de beste superheld ter wereld' en probeert Lois te charmeren om een verhaal over hem te schrijven, maar ze heeft zijn capriolen niet en begint haar eigen campagne voor The Blur. Tijdens een van Boosters reddingsacties valt een buitenaards wapen in de vorm van een scarabee uit een vrachtwagen en versmelt zichzelf tot een jongen genaamd Jaime Reyes, die hem in de blauwe kever verandert. Helaas kan Jaime de kleur niet beheersen en begint Blue Beetle Metropolis aan te vallen.

Tess ontdekt dat generaal Slade bewusteloos is gevonden op een straathoek, een bewijs dat iemand toegang heeft gekregen tot het ontsnappingsportaal van de Phantom Zone en hem heeft teruggestuurd. Clark besluit terug te keren naar het verbannen land om er zeker van te zijn dat andere fantomen niet vluchten en is woedend wanneer Oliver Clark bedriegt om hem mee te nemen. Nu de krachten van Clark verdwenen zijn, worden de twee onmiddellijk gevangengenomen door de Zoners die ze naar hun nieuwe leider Zod brengen, die dorst naar wraak op Clark omdat hij hem naar deze Kryptoniaanse gevangenis heeft verbannen. Ondertussen leert Lois dat Clark Tess een geheim heeft toevertrouwd, maar heeft het Lois niet verteld.

Clark neemt Lois mee naar het fort om Jor-El's zegen voor hun huwelijk te krijgen. Jor-El schenkt het echtpaar een uniek huwelijkscadeau - hij geeft de superkrachten van Lois Clark zodat ze kan zien hoe het is om hem een dag te zijn. Helaas is de Toyman teruggekeerd naar Metropolis, dus moet Lois het opnemen tegen de beruchte schurk in plaats van tegen Clark. Ondertussen zoekt Oliver naar de Bow of Orion, die volgens hem het Omega-symbool van zijn schedel zal verwijderen, en komt Kara tegen, die ook op een missie is om Darkseid te stoppen.

Het verhaal van Clark Kent culmineert in deze epische twee uur durende reeksfinale terwijl Clark de laatste stap zet om de Man of Steel te worden. Met verrassende gastoptredens, een knipoog naar de eerste paar seizoenen van de serie en de terugkeer van Michael Rosenbaum als Lex Luthor, sluit deze laatste aflevering een decennium lang verhaal af na de reis van één man om 's werelds grootste superheld te worden.