Det första avsnittet berättar historien om meteorregnet som träffar byn Smallville och förändrar livet i Kansas-byn för alltid. Clark Kent upptäcker att han är en utomjording och träffar för första gången Lex Luthor och en rad människor som blivit mutanter av de gröna stenarna som föll ner i Smallville tillsammans med Clark Kent.

Greg Arkin har en passion för insekter och Lana Lang. När meteorinfekterade insekter svämmar över honom, får han en insekts karaktär. Clark vaknar upp av att han flyter ovanför sin säng. Lex försöker hjälpa Clark att få Lana genom att ge honom Lanas halsband. Clark upptäcker att han kan skydda sig från kryptoniten med bly.

Eld, utmaning och familjedyrbarheter... Walt Arnold, skolans fotbollstränare, använder kryptonitstenar i sin bastu och får förmågan att få saker att börja brinna. Clarks önskan att vara "normal" leder till beslutet att gå med i skolans fotbollslag, mot sin fars önskan. Tränaren blir väldigt farlig när han använder sina krafter till sin egen fördel. Hans fusk blir avslöjat innan den första matchen och Clark måste fightas med honom för att rädda Jonathan och sin vän Chloe Sullivan, skoltidningens reporter.

I det här avsnittet utvecklar Clark en ny förmåga, sin röntgenblick, men han stöter på problem med att kontrollera sin nya förmåga. Efterhand använder han den för att hjälpa andra i fara. Samtidigt rånar Tina Greer, en meteorsmittad tonåring som kan förvandla sig till vem hon vill, Smallvilles bank samtidigt som hon låtsas vara Lex Luthor. Men av en olyckshändelse dödar hon sin mamma Rose. Hennes nästa mål är att döda Lana och ta över hennes liv, men Clark lyckas övervinna henne. En mörk sida hos Lex avslöjas som en utpressare konfronterar honom och Lana upptäcker mer om sin mamma.

Under en fest nära en frusen sjö med kryptonit på botten, råkar Sean Kelvin ut för en olycka och faller genom isen. Han överlever mystiskt nog, men har ett ovanligt behov av värme. Han använder andras kroppsvärme för sin egen överlevnad. Samtidigt har Clarks föräldrar ekonomiska problem och behöver ett lån för att kunna rädda farmen. Hjälpen kommer från en oanad källa. Sean fryser ner sin flickvän Jenna Barnum och bjuder in Chloe till en träff, för att absorbera hennes kroppsvärme. Clark lämnar Lana ensam på "Radiohead"-konserten. Sårad återvänder Lana till sin pojkvän Whitneys armar.

Clark, Lana och Pete jobbar som frivilliga på ett ålderdomshem. Harry, åldringen som Lana tar hand om, en före detta mördare, faller ner i en damm fylld med kryptonit, vilket konverterar åldringsprocessen och han blir ung igen. Den unga Harry söker hämnd på ättlingarna till dem som satt i juryn som dömde honom. En av dessa ättlingar är Jonathan Kent. Samtidigt, på samma ålderdomshem, ger en blind kvinna vid namn Cassandra, som har förmågan att förutse framtiden, Clark olika kryptiska varningar. När han listar ut att hans farfar var med i juryn, beger han sig för att rädda sin pappa. Lex uppmuntrar Cassandra, i hopp om att få veta mer om Clark, men hon har en vision som involverar Lex.

Trött på att ha problem med vikten, börjar Jodi Melville med en extrem bantningsmetod. Hon äter bara grönsaker odlade i hennes pappas växthus, men de är fulla med kryptonit. Resultatet är fantastiskt, hon får en avundsvärd form, men som bieffekt har hon en enorm och okontrollerbar aptit för människors kroppsfett. Hennes nästa möjliga offer är Pete, men Clark listar ut detta och räddar honom, och tar Jodi till sjukhus. Samtidigt hittar Lex Chloes "vägg av mysterier" och kommer ett steg närmare sanningen och Clark och de gröna meteorfragmenten.

Luthors labb börjar undersöka meteorstenar. Som ett resultat av direkt kontakt med stenarna utvecklar Earl Jenkins, tidigare hantlangare på Kents farm, kraftiga skakningar. Han mördar en man av en olyckshändelse med sina krafter. Clark och Lex hjälps åt för att rädda Clarks klass, efter att desperat försökt att hitta ett botemedel till sjukdomen som får hans kropp att skaka våldsamt. Earl tar dem som gisslan inne på "Luthors Corp". Han hotar att döda dem allihop om de inte visar honom den hemliga våning 3 som Lionel Luthor förnekar att den någonsin existerat. Lionel har beslutat sig för att hålla experimentet hemligt. Men Clark hittar med hjälp av sin röntgenblick den gömda våningen.

Clarks hemliga identitet är i fara. När han är med i en föreställning, sponsrad av Luthors labb i Metropolis, använder han sina krafter för att rädda en hemlös man från att bli påkörd av en buss. En fördärvad polis bevittnar händelsen och hotar familjen Kent. Han hotar med att avslöja Clarks hemlighet om han inte stjäl hans filer från "Internal Affairs". När Clark vägrar, tar polisen till fula tricks och anger Jonathan som mördare. Han tvingar också Clark att sno Alexander den stores bröstskydd från Luthors museum. Samtidigt får Lex Luthor besök av sin gamla älskarinna Victoria Hardwick och rektor Kwan sparkar Chloe från skoltidningen "The Torch".

Bob Rickman är en ond affärsman som använder sina nya krafter som han fått av de gröna meteorstenarna - han kan övertala vem han vill att göra vad han vill endast genom att skaka hand med personen ifråga - till att försöka bygga en stor fabrik i Smallville. Han ser familjen Kents farm och försöker få Jonathan att sälja den. Samtidigt hjälper den ensamma Kyle Tippet, som var Rickmans gamla affärsman, Clark och Lex att bekämpa den giriga affärsmannen.

Clark och Eric blir båda träffade av blixten medan Eric håller en bit kryptonit i handen. Blixtens kraft tar Clarks krafter och ger dem till Eric. Medan Eric vänjer sig vid sina nya krafter, vänjer sig Clark vid att vara en helt vanlig människa för första gången. När Erik använder sina krafter på fel sätt, måste Clark ta ett beslut. Att fortsätta vara normal eller att offra det för alla andras säkerhet...

Chloe blir allvarligt skadad när tre mystiska tjuvar rånar Lexs ägor. Lex blir rasande när han upptäcker att tjuvarna stulit bevis till hans hemliga projekt. De tre tatuerade tjuvarna listade ut ett sätt att göra tatueringar av meteorstenar i flytande form, dessa tatueringar gör att personen som bär tatueringen kan gå igenom väggar till exempel. En deprimerad Whitney går med i gänget men inser turligt nog att deras livsstil inte är något för honom och vänder sig till Clark och Lana för hjälp.

För tre år sen träffade Lex Amanda på "Club Zero" medan Jude Royce inte var i stan. Jude bestämmer sig för att söka hämnd på Lex. Jude försökte knivhugga honom, men blev skjuten av en säkerhetsvakt. Lex hjälper Lana att ställa i ordning "The Talon" till ett kafé. Chloes nyfikenhet skapar spänning mellan henne och Clark när hon gräver i hans förflutna.

Clark är den som måste lösa den mystiska gåtan med Nicodemusblomman, som hämtades tillbaka av Dr. Steven Hamilton på "Luthors Corp" Våning 3. Blommans pollen påverkar människors hämningar och Clark måste skydda Jonathan, Lana och Pete från dem själva, samtidigt som han hjälper Lex att hitta källan till blomman. Lex talar inte om för Clark att Dr. Steven Hamilton jobbar för honom. De hittar botemedlet i en gammal bok och Lex gömmer Hamilton där ingen kan hitta honom och fortsätter själv med forskningen.

Ryan James är en liten pojke som kan läsa andras tankar, hans styvföräldrar använde honom för att råna affärer. Han lyckas smita ifrån dem men blir av en olyckshändelse påkörd av Martha Kents bil. Hon tar honom till sjukhuset, men pojken hävdar att han har minnesförlust. Familjen Kent erbjuder Ryan tak över huvudet hemma hos dem på farmen, medan de väntar på socialen. Ryan avslöjar genast Jonathans, Marthas, Lanas och Lexs innersta tankar och inser att Clark är annorlunda eftersom han inte kan läsa hans tankar. Pojkens säkerhet hotas i och med pappans återkomst, men Clark räddar Ryan, som lovar att bevara hans hemlighet.

Efter en underlig olycka får Tyler Randall kraften att omedelbart döda någon med sina händer. Han bestämmer sig för att hjälpa dödssjuka äldre människor att dö. Tylers nästa mål är Whitneys pappa, som är döende. Samtidigt skickar Lionel Luthor en av sina anställda, Dominuc Senatori, för att hålla ögonen på Lex. Mannen avslöjar Lexs hemliga utredning om Clark Kent och hans familj, vilket Jonathan inte blir alltför glad över.

I ett nytt försök att få ett "normalt" liv, ställer vår hjälte upp i skolans presidentval. En av hans motståndare är exponerad av kryptonit, vilket gör att hon kan kontrollera bisvärmar och hon använder dem för att sätta sina motståndare ur spel. Samtidigt är "The Talon", det tematiska kaféet, totaltomt och förlorar kunder. Clark vänder sig till Lex, för att be om hjälp, han vill hålla det öppet för Lanas skull.

Pojke som fått händerna förstörda vid en bilolycka lyckas göra vad han vill med sina tankar.

Lana slår i huvudet i en meteorit och kan därefter se vad som händer genom någon annans ögon. En polis kidnappar Chloe för att lösa brottet och bli hjälte.

Whitney åker iväg till marinen. Lana hamnar mitt i en tornado. Chloes skolbal blir inte riktigt som hon hoppats. En reporter hittar rymdskeppet.