Clark Kent llega desde el planeta Krypton durante una lluvia de meteoritos y crece junto a sus padres adoptivos, Jonathan y Martha, en la pequeña localidad de Smallville. Sus mejores amigos y compañeros de clase son Pete Ross, Chloe Sullivan y Lana Lang, una popular animadora que no sabe que Clark está enamorado de ella. Clark hace también amistad con Lex Luthor tras salvarle la vida, pero las cosas se ponen difíciles cuando Jeremy Creek, que ha pasado doce años en coma a causa de la lluvia de meteoros que trajo a Clark a la Tierra, vuelve a la vida con extraños poderes causados por una gran descarga eléctrica.

Clark descubre que Greg Arkin, un estudiante, ha sido atacado por un insecto afectado por radiaciones de kryptonita y está pasando por el ciclo de vida del animal: alimentarse, mutar de piel, reproducirse y morir, con Lana como su presa. El joven Superman tendrá que salvar a Lana sin desvelar que tiene superpoderes.

En contra de la opinión de su padre, Clark entra a formar parte del equipo de fútbol, donde descubrirá que el entrenador Arnold posee unos extraños poderes incendiarios a causa de la kryptonita que utiliza contra todo aquél que pueda evitar que su equipo gane. Mientras, Lex lucha con su padre por hacerse con el control de LuthorCorp.

Clark descubre y empieza a probar su visión de rayos x, siendo primero testigo de cómo su amigo Lex roba un banco y, después, descubriendo a una chica con una interesante habilidad para cambiar de forma que parece que pretende atacar a Lana.

Gracias a Lex, Clark tiene por fin una oportunidad para salir con Lana, pero la velada es interrumpida por Sean Kelvin, un asesino afectado por la kryptonita que sufre una hipotermia permanente y roba el calor de los cuerpos de los demás, y que esta vez tiene a Chloe.

Clark conoce a una mujer, Cassandra Carpenter, que tiene visiones del futuro, y Lex trata de utilizarla para conocer el suyo y para averiguar algo más del secreto de su amigo; mientras, un anciano descubre una fuente de juventud que le transforma en un adolescente y decide vengarse de los descendientes del jurado que hace años le mandó a la cárcel.

Clark tiene que salvar a Pete de una compañera de clase, Jodi Melville, que tras una dieta de vegetales afectados por la krytonita pierde peso mucho más rápido de lo normal y necesita saciar su apetito de la forma que sea. Mientras, Lex se acerca un poco más al secreto de Clark analizando restos del meteorito verde.

Earl Jenkis, antiguo empleado de Luthor Corp's, intenta demostrar que la extraña enfermedad que padece fue producida por los tóxicos que inhaló cuando trabajaba en el Nivel 3 de la fabrica utilizando unos potentes fertilizantes. Como quiera que Luthor niega la existencia del citado Nivel 3, Jenkisse encierra en la fabrica con Clark y sus compañeros como rehenes, circunstancia que el joven Kent aprovechará para descubrir la verdad.

La identidad secreta de Clark está en peligro cuando Sam Phelan, un policía corrupto, le ve usando sus poderes y le obliga a colaborar con él. Cuando Clark le traiciona, no está preparado para las consecuencias que su acción tendrá sobre él y su familia. Mientras, Lex recibe una sugerente oferta de su ex novia.

Clark se sorprende cuando un magnate local de los pesticidas, cuyos poderes de persuasión han sido incrementados por la kryptonita, convence a Jonathan de vender sus tierras para construir en ellas una nueva planta. Clark se unirá al ermitaño local, Kyle Tipper, cuyo misterioso pasado guarda la clave del futuro de la ciudad.

Durante una tormenta eléctrica, Clark rescata a su compañero Eric Sumers de ella, pero les alcanza un rayo que transfiere todos los poderes de uno al otro. Al principio, Clark está contento de poder ser por fin un adolescente normal, pero después empieza a preocuparse cuando Eric empieza a utilizar sus nuevos dones para divertirse, poniendo a otros en peligro. Mientras, Lex está seguro de tener las pruebas definitivas de los superpoderes de Clark

Rociando con kriptonita líquida sus cuerpos, tres jóvenes delincuentes consiguen hacerse invisibles y, en ese estado realizar cuantas fechorías deseen.

Lex sufre, cuando regresa a Smallville un antiguo enemigo, las consecuencias de un escándalo de su pasado.

Clark debe resolver el enigma de la misteriosa flor Nicodemus, que tras infectar a los residentes de Smallville removiendo sus inhibiciones -Jonathan se convierte en un teleadicto, Lana intenta seducir a Clark y Pete trata de asesinar a Lex- los hace caer en un coma mortal.

Después de que Martha accidentalmente atropelle a un muchacho con su coche, los Kent lo cuidan hasta que puedan ubicar a sus padres, sin sospechar que el muchacho puede leer las mentes y ha descubierto los pensamientos secretos de Lex , Lana, Jonathan y Martha, lo que pone al secreto de Clark en peligro. Mientras tanto, Lex debe decidir si quiere tomar la oferta de trabajo de su padre para mudarse de nuevo a Metropolis.

Clark debe detener a un joven infectado con kriptonita que busca aliviar el sufrimiento de los ancianos y enfermos convirtiéndolos en cenizas. El padre enfermo de Whitney puede ser su próxima víctima. Mientras tanto, Lex está furioso cuando su padre envía a alguien a revisar los archivos financieros de LuthorCorp y este hombre revela la investigación secreta de Lex hacia Clark y su familia.

Clark ve la elección para presidente de la clase como una oportunidad para ser 'un chico normal', pero cuando sus contrincantes son sistemáticamente atacados por un enjambre de abejas, Clark sospecha que un candidato está eliminado la competencia uno por uno, y él es el próximo en la lista.

Clark se enfrenta a un enemigo inesperado cuando un talentoso estudiante de arte regresa a la escuela después de que un accidente le quitara el uso de sus manos pero le diera el don de la telequinesis; y está buscando venganza contra quien considera responsable. Mientras tanto, Lana se vuelve celosa tras ver a Clark con Chloe, y empieza a cuestionar su relación con Whitney.

Clark y Lana corren contra el tiempo para encontrar a una secuestrada Chloe, después de que una explosión le dé a Lana la habilidad para 'ver' a través de los ojos del secuestrador; y ve a Chloe siendo enterrada viva. Mientras tanto, Lex descubre la evidencia de que una nave espacial aterrizó en Smallville durante la lluvia de meteoritos.

Un masivo tornado acercará la sospecha a la cuidad de Smallville, cuando Clark intente buscar una pieza desaparecida de la nave espacial que le trajo a la tierra. Clark activará con destreza esa pieza estropeada, dándole este hecho las primeras claves para conocer su origen , de donde procede. Mientras tanto Lex vivirá dos experiencias que perturbarán su vida; su padre Lionel cerrará la planta y ordenará a Lex que regrese a Metrópolis, además Lex alquilará un reportero sospechoso para espiar las habilidades suprahumanas y la nave espacial que podría estar escondida en el sótano.