I det här avsnittet utvecklar Clark en ny förmåga, sin röntgenblick, men han stöter på problem med att kontrollera sin nya förmåga. Efterhand använder han den för att hjälpa andra i fara. Samtidigt rånar Tina Greer, en meteorsmittad tonåring som kan förvandla sig till vem hon vill, Smallvilles bank samtidigt som hon låtsas vara Lex Luthor. Men av en olyckshändelse dödar hon sin mamma Rose. Hennes nästa mål är att döda Lana och ta över hennes liv, men Clark lyckas övervinna henne. En mörk sida hos Lex avslöjas som en utpressare konfronterar honom och Lana upptäcker mer om sin mamma.

Trött på att ha problem med vikten, börjar Jodi Melville med en extrem bantningsmetod. Hon äter bara grönsaker odlade i hennes pappas växthus, men de är fulla med kryptonit. Resultatet är fantastiskt, hon får en avundsvärd form, men som bieffekt har hon en enorm och okontrollerbar aptit för människors kroppsfett. Hennes nästa möjliga offer är Pete, men Clark listar ut detta och räddar honom, och tar Jodi till sjukhus. Samtidigt hittar Lex Chloes "vägg av mysterier" och kommer ett steg närmare sanningen och Clark och de gröna meteorfragmenten.

Luthors labb börjar undersöka meteorstenar. Som ett resultat av direkt kontakt med stenarna utvecklar Earl Jenkins, tidigare hantlangare på Kents farm, kraftiga skakningar. Han mördar en man av en olyckshändelse med sina krafter. Clark och Lex hjälps åt för att rädda Clarks klass, efter att desperat försökt att hitta ett botemedel till sjukdomen som får hans kropp att skaka våldsamt. Earl tar dem som gisslan inne på "Luthors Corp". Han hotar att döda dem allihop om de inte visar honom den hemliga våning 3 som Lionel Luthor förnekar att den någonsin existerat. Lionel har beslutat sig för att hålla experimentet hemligt. Men Clark hittar med hjälp av sin röntgenblick den gömda våningen.

Amy Palmer, en tonårstjej som är förälskad i Lex Luthor, blir den första misstänkta när både Lex och Victoria blir attackerade av en osynlig varelse. Det avslöjas senare att det är Jeff, Amys bror, som har förmågan att göra sig osynlig. Han fick förmågan efter att han drack en osynlighetsdryck från kryptoniserade rosor. Jeff attackerar Lex igen, men Clark räddar honom och lyckas arrestera den osynliga Jeff. Samtidigt bestämmer sig Lana och Whitney att ta en paus i sin relation och Clark är överlycklig när Lana vänder sig till honom för vänskap.

Chloe blir allvarligt skadad när tre mystiska tjuvar rånar Lexs ägor. Lex blir rasande när han upptäcker att tjuvarna stulit bevis till hans hemliga projekt. De tre tatuerade tjuvarna listade ut ett sätt att göra tatueringar av meteorstenar i flytande form, dessa tatueringar gör att personen som bär tatueringen kan gå igenom väggar till exempel. En deprimerad Whitney går med i gänget men inser turligt nog att deras livsstil inte är något för honom och vänder sig till Clark och Lana för hjälp.

Ryan James är en liten pojke som kan läsa andras tankar, hans styvföräldrar använde honom för att råna affärer. Han lyckas smita ifrån dem men blir av en olyckshändelse påkörd av Martha Kents bil. Hon tar honom till sjukhuset, men pojken hävdar att han har minnesförlust. Familjen Kent erbjuder Ryan tak över huvudet hemma hos dem på farmen, medan de väntar på socialen. Ryan avslöjar genast Jonathans, Marthas, Lanas och Lexs innersta tankar och inser att Clark är annorlunda eftersom han inte kan läsa hans tankar. Pojkens säkerhet hotas i och med pappans återkomst, men Clark räddar Ryan, som lovar att bevara hans hemlighet.

Pojke som fått händerna förstörda vid en bilolycka lyckas göra vad han vill med sina tankar.

Clark gains a new power - heat-vision. As he struggles to control it, Lex gets married to the new Smallville High teacher, Desiree Atkins, little does he know that she not only has an alterior motive, but that she's coming on to Clark too.

Lana has a new stalker - a boy imprisoned in his basement by his parents who sneaks out at night to visit her. Meanwhile Lionel hires Clark's mother as his personal assistant.

Martha's father William comes to town after many years of estrangement due do his disapproval of Jonathan. Meanwhile Clark must deal with a series of old-age deaths at Smallville High, and the new principal puts his foot down.

A Smallville student, Ian, displays the ability to make clones of himself and uses his power to date both Chloe and Lana. Meanwhile Lex goes to anger management class and meets an attractive local doctor.

Lionel is shot in the manor, and Jonathan is the prime suspect.

Martha catches a lungful of kryptonite-irradiated spores and a weakened Clark is her only hope for survival.

After Lana is almost assaulted by a college student, Clark injures the boy while helping her. When the Kents are sued for damages that could cost them the farm, Clark tries to find a way out of the lawsuit. Meanwhile, Helen's obsessive ex-boyfriend comes to Smallville to win her back but when she turns him down, he stabs her, prompting Lex to take the law into his own hands.

Dr. Walden comes out of a coma with super-powers and a desire to kill Clark, piquing the Luthors' interest. The spaceship starts talking to Clark, and Helen and Lex prepare for their wedding.