Clark découvre la Forteresse de Solitude. Jor-El lui explique qu'il doit débuter son apprentissage afin d'être prêt pour sauver cette planète... Lana est témoin du crash d'un vaisseau spatial. Plutôt agressif, le couple qui en sort recherche un certain Kal-El... Jonathan tente de retrouver son épouse dans les débris de leur maison... Dans les grottes, Lex reprend connaissance et s'interroge sur ce qu'il vient de se passer. Et où est Chloé ?...

Jor-El a retiré à Clark ses pouvoirs, le rendant humain. Ravi de finalement être "normal", Clark poursuit une relation avec Lana, en faisant table rase du passé. Cependant, trois patients de Belle Reve en fuite débarquent à la ferme et oblige Clark à s'introduire au niveau 3 de Luthorcorp pour se procurer le sérum dont ils ont besoin. Clark doit trouver une solution pour sauver sa famille sans ses supers-pouvoirs...

Insouciants, Clark et Lana ont savouré leur première nuit passé ensemble. Ils n'ont pas idée de ce que la journée leur réserve. S'apprêtant à rejoindre l'université de Métropolis, Chloe reçoit un étrange appel de Gabriel Duncan, un ami qui bossait avec elle à la Torche. Il lui conseille vivement de quitter Smallville car la ville sera rayée de la carte d'ici une heure. Le jeune homme s'apprête en effet à lâcher un missile sur Smallville. Inquiète, Chloe se rend chez les Kent...

A la plage avec ses amis, Lois, partie nager, se cogne la tête en plongeant dans le lac. Avant que Clark ait pu la sauver, un mystérieux nageur, Arthur Curry, vient à son secours. Frustré, Clark n'apprécie pas ce jeune homme qui nage plus vite que lui et tourne autour de Lois. Avec l'aide de Chloe, il cherche à en savoir plus sur A.C... Professeur d'Histoire à l'université de Metropolis, Milton Fine propose à Clark un poste d'assistant de recherche...

Inscrite au dernier moment, Lana a été acceptée à l'Université de Metropolis. Recherchant un logement, elle s'inscrit dans une fraternité qui a des coutumes quelques peu particulières... Chloé postule au Daily Planet pour un stage, mais la rédactrice en chef se révèle plus coriace que prévu... Lex n'apprécie pas que le professeur Fine fasse des recherches approfondies sur tout ce qui le concerne...

Alors qu'elle bosse tard au Daily Planet, Chloe reçoit un appel étrange d'une jeune femme, retrouvée morte quelques heures plus tard. La victime se révèle être une strip-teaseuse. Une photo compromettante montre le respectable sénateur Jake Jennings en compagnie de la dénommée Melissa. Jonathan est déçu de voir son vieil ami ainsi compromis dans une telle histoire. Mais Jennings nie connaître cette femme et préfère laisser les soupçons se porter vers Lex Luthor, qui fait campagne contre lui pour le prochain mandat de sénateur...

Clark quitte précipitamment Lana après d'être coupé avec un fragment d'une kryptonite inconnue, envoyée par Lex. Sur la route qui le mène à Smallville, le jeune homme est victime d'une tentative de meurtre... Jonathan hésite encore à se présenter en tant que candidat aux prochaines élections sénatoriales contre Lex Luthor. Martha s'inquiète des retombées que cette campagne pourrait avoir sur la santé de son mari... Agacée par les mensonges et le comportement ultra-protecteur de Lex, Lana exige la vérité...

Après avoir retrouvé sa mère inconsciente devant la maison, Clark est inquiet. Il n'a pas oublié l'accord de Jor-El : sa vie contre celle d'un proche ! Ses craintes semblent se confirmer lorsque le lendemain Martha a les premiers symptômes. La médecine n'ayant pas de réponse, Clark se tourne vers le Professeur Fine... Lionel Luthor pousse Chloe à enquêter du côté du Professeur Fine...

Alors qu'il s'apprête à donner le feu vert pour compromettre la campagne de Jonathan Kent, Lex est victime d'un homicide. Hospitalisé d'urgence, dans un état grave, il voit en rêve la vie qu'il pourrait avoir s'il décidait de s'éloigner de son père et de la LuthorCorp. Dans cette vie alternative, Lex est marié à Lana. Parents d'un petit garçon, le couple vit heureux depuis 7 ans...

Jonathan reçoit des appels anonymes menaçants pour l'inciter à abandonner sa campagne électorale... Quant à Lex, il met tous les moyens à sa disposition afin de remporter les élections. Il a notamment engagé quelqu'un pour trouver des infos compromettantes susceptibles de mettre son adversaire définitvement hors course. Lex reçoit quelques étudiants qui soutiennent activement sa campagne, dont Samantha Dunn, l'une de ses plus ferventes supportrices...

Deux officiers de police débarquent au manoir des Luthor et retiennent Lex en otage. Ils exigent de savoir où se trouve le vaisseau. L'officier Flynn a en effet été témoin de l'atterrissage du vaisseau spatial lors de la pluie de météorites. Il a aussi vu une équipe de Lex emporter l'engin... Lana déplore le comportement distant de Clark... Quant à Jonathan, il commence à se poser des questions sur les dépenses effectuées par Lois pour sa campagne...

Craignant de perdre Lana, Clark lui dévoile enfin son secret. Il emmène la jeune femme dans sa forteresse de solitude et la demande en mariage. Sous le choc de ces révélations successives, Lana ne sait quoi décider... Entretemps, Jonathan et Lex se préparent à découvrir les résultats des élections sénatoriales...

A Metropolis pour apporter les affaires de son défunt mari à des nécessiteux, Martha se fait agresser par des voyous. Une justicière masquée vole heureusement à son secours et lui sauve la vie. Clark, qui ne se remet pas de la mort de Jonathan, est déterminé à retrouver les voleurs et leur reprendre la montre qu'ils ont dérobé...

La foudre qui s'abat sur le Talon libère l'esprit d'une jeune fille. Un esprit que seule Chloé semble voir. Lois trouve sa cousine dans la salle de bains les veines coupées au niveau des poignets. Hospitalisée, Chloé ne comprend pas ce qui lui est arrivé. Le médecin pense qu'elle a fait une tentative de suicide. Clark s'inquiète pour son amie : serait-elle en train de devenir folle ?... comme sa mère... Martha étudie sérieusement la proposition qui lui a été faite de prendre la place de Jonathan au Sénat...

Compatissant, le Dr Hong libère un homme mi-humain mi-machine répondant au nom de Victor Stone. Retenu prisonnier, le jeune homme a fait l'objet d'expérimentations. Lors de son évasion, il est renversé par la voiture de Lana. Accompagnée à l'hôpital, celle-ci ne comprend pas comment il a pu s'en sortir sans une égratignure. Troublée, elle appelle Clark...

Sous l'emprise de Simone, qui utilise l'hypnose pour contrôler les autres, Clark lui révèle son secret et est envoyé pour tuer Lex. Pendant ce temps, ce dernier part à la recherche du Professeur Fine, réfugié au Honduras, pour lui demander des comptes.

Bouleversée par sa rupture avec Clark, Lana tombe sous l'influence d'un étudiant en médecine qui expérimente un dangereux sérum à base de kryptonite, permettant aux gens de voyager dans l'eau-delà et de communiquer avec les êtres chers. Lana est impatiente de le tester. Lorsque Clark rentre du Honduras pour l'aider, le docteur réussit à lui injecter le sérum et Clark parle avec son père... l'avertissant que Lionel connaît son secret. D'ailleurs, ce dernier continue de se rapprocher de Martha.

Clark se lie d'amitié avec une fillette ayant le pouvoir télékinésique de briser le verre et à qui il doit venir en aide lorsqu'elle est soupçonnée d'avoir tué sa mère, victime d'une violente agression. Pendant ce temps, Chloé est témoin de la complicité grandissante entre Lana et Lex.

Lionel est pris en otage par un vengeur masqué qui le force à jouer à de périlleux jeux de survie. Clark révèle à sa mère que Lionel connaît son secret et s'inquiète également de leur amitié naissante. Peu après, Martha est kidnappée et se retrouve aux côtés de Lionel à lutter pour rester en vie...

Graham, un jeune homme que Clark a sauvé in extremis d'un accident, décide de lui rendre la pareille en projetant de tuer Lex, de manière à réunir de nouveau Lana et Clark. Avant de se faire agresser, Lex prend contact avec Fine. Puis Chloe confond Graham avec un tueur à gage, surnommé

Au cimetière, le fantôme de Jonathan visite Clark et lui demande d'éliminer Lionel, alors que ce dernier désire collaborer avec son fils. Pendant ce temps, Fine, dont le virus est élaboré, fait tout ce qui est en son pouvoir pour obtenir le vaccin de Lex. Une réaction incroyable se produit lorsque Lex se voit injecter sa propre découverte scientifique...

Le professeur Milton Fine a libéré le virus capable de tuer des millions de personnes sur terre et provoque un chaos d'une ampleur mondiale. Il donnera l'antidote à Clark à condition que ce dernier libère Zod. Pour le stopper, Clark se tourne vers Lionel qui établit le contact avec Kal-El. Pendant ce temps, Lex confie le secret de ses pouvoirs à Lana et assiste à son propre avènement...

Envoyé dans la zone fantôme, une prison krypronienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels avides de revanche exilés par son père. Pendant ce temps, ayant pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive en exigeant d'elle un héritier et entame ses projets pour transformer la Terre en une version de Krypton avec l'aide du disque dur du vaisseau spatial. Après que l'avion de Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El explique à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloe retrouve un ancien flirt, Jimmy Olsen...

Clark travaille dur pour réparer les dégats causés par Zod. Alors qu'il s'affaire à la grange, il découvre qu'il a attrapé son premier rhume. Lois, qui voit tomber du ciel la porte de la grange, se met en tête d'élucider ce mystère... L'école étant fermée pour cause de rénovation, Lana s'installe au manoir des Luthor où Lex lui a fait préparer une chambre. Celui-ci semble d'ailleurs très préoccupé. Il a le sentiment étrange, depuis quelques jours, d'être suivi...

Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements... Martha espère obtenir un financement de la part d'Oliver Queen. Mais Lois éconduit par erreur le jeune homme...

Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise...

La réunion d'anciens élèves de l'académie Excelsior, une école privée où sont allés Lex et Oliver Queen, tourne au drame. Les retrouvailles font remonter de mauvais souvenirs à la surface. A l'époque, Lex et son ami Duncan étaient les souffres-douleur d'Oliver et sa bande. Ceux-ci semblent frapper les uns après les autres par de tragiques accidents mortels. Une série de drames qui ressemble fort à une vengeance...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...

Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux... Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père...

Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu... Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué...

Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir...

Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin... Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet... Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow...

Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve... Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp...

Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos super pouvoirs, une descendance alien et une identité secrète...

Lex et Lana organisent une réception à l'occasion de leurs fiançailles. Au Talon, une mystérieuse femme donne à Lois un rouge à lèvres contenant de la kryptonite rouge. Lois s'empresse de l'essayer et tombe éperdument amoureuse de Clark. Elle l'embrasse passionnément, ce qui réveille en Clark son côté sombre. Il révèle à son amie la véritable identité d'Oliver et la conduit au manoir des Luthor grâce à ses pouvoirs. Alors que Lex et Lana s'apprêtent à porter un toast, Clark intervient et enlève Lana. Il lui avoue ses sentiments et la demande en mariage. Pendant ce temps, Jimmy décide de rompre avec Chloe, persuadé qu'elle est amoureuse de Clark...

Un mystérieux inconnu épie les moindres faits et gestes de Lana et ne cesse de la harceler. Se sentant en danger, la jeune femme part se réfugier dans la ferme des Kent en attendant le retour de Lex, parti en voyage d'affaires. Chloe parvient à identifier l'individu et charge Clark et Jimmy de le surveiller, d'autant que Lana vient d'être menacée de mort...

Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

Clark et Chloé découvrent que Titan (Kane), un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite diffusés sur Internet. Lois renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et forcée à participer au combat avec pour première adversaire, Athena. Clark utilises ses pouvoirs afin de combattre Titan, mais il est stupéfait lorsque arrive Lois sur le ring à sa place.

Après que Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites, il développe une drogue pour sortir Moira de son état catatonique de l'asile, ensuite menace de tuer Chloe à moins qu'elle n'utilise son pouvoir pour l'aider. Clark aide Chloe a s'introduire à l'asile pour secourir Moira et ainsi rencontrer la mère de son amie.

Après que Jodi, une femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est sérieusement blessé et Lex est retenu en hôtage par l'épouse enragée. Clamant que Lex a kidnappé son mari disparu, Jodi menace de détruire entièrement le laboratoire avec Lex à l'intérieur à moins qu'il ne lui dise où son mari est. Clark décide de sécourir Lex, mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Lex et Clark réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

Après un rendez-vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie les photographies de la scène du crime, Jimmy est assomé et se met à rêver d'une version de Smallville dans les années 40, dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son magnat de mari, Lex, Clark travaille au Daily Planet comme reporter et Lois est une chanteuse travaillant dans un club appartenant à Lionel. Pendant ce temps, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex...

Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan, en un "super soldat" en lui injectant de l'ADN prélevé sur différents sujets exposés aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur corrompu menace de réveler le laboratoire secret, Lex ordonne à Wes de tuer le sénateur, mais Lois est témoin de l'attaque et devient ainsi la prochaine cible du super soldat. Dans le même temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

Clark, découvrant que Lionel a menacé Lana de le tuer si elle n'épousait pas Lex, se précipite chez lui pour le réduire au silence une fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à arrêter Lex, qui essaye de trouver le dernier fantôme échappé afin d'utiliser son ADN pour activer son armée de supers soldats. Pendant ce temps Lois se rend au barrage Reeves pour en savoir plus sur le laboratoire secret de Lex, mais elle est brutalement poignardée par un garde. Enfin le pouvoir de Chloe est révélé.