只有女性能夠操縱的飛行動力服「ＩＳ」。培育IS操縱者的「ＩＳ學園」是所女校，聚集了從世界各地前來就讀的女性代表候補生。但是主角織斑一夏，雖然是男生卻不知為何成功啟動了IS，結果被強迫就讀IS學園。以青梅竹馬的箒為首，被可愛又勇猛的女生們包圍的學園生活在此揭開序幕！

一夏與英國的代表候補生西西莉亞•奧爾科特，賭上了班級代表的位子一決勝負。雖然有箒幫忙特訓，但成果卻不甚理想。到了比賽當天，一夏的專用IS「白式」終於到了。一夏駕駛著純白色的「白式」，另一邊西西莉亞的機體則是天藍色的「藍色之淚」！究竟這場比賽最終會鹿死誰手呢……。

班級對抗賽的第一場是一夏VS鈴。在鈴的專用IS「甲龍」面前，一夏陷入了苦戰之中。就在此時，突然有一架裝甲散發出詭異氣息的IS，衝進了比賽的競技場來攪局，並且襲擊一夏和鈴。雖然他們兩人試圖合作擊退謎樣的IS，但是……。

從法國來的金髮美少年代表候補生，查理斯•迪努亞轉學來到了IS學園。學園的女生們對這個接在一夏之後，同樣是能操縱IS的男生非常地有興趣。一夏則因為多了一個，有著同樣遭遇的男性有人而感到高興，不管做什麼都在一起。但是查理斯卻有著一個大祕密。同時在IS的實習課中，治癒系老師山田老師展現了意外的一面。

從德國來的代表候補生，蘿拉•博德維希轉入了IS學園。雖然外表示個銀髮的美少女，但她竟然突然賞了一夏一巴掌，在那之後也表現出好戰的態度。她如此憎恨一夏的理由究竟是……？另一方面，金髮美少年的室友，查理斯•迪努亞的祕密終於要在浴室中揭曉了！

「在年級淘汰賽中得到冠軍的話，就能跟一夏交往」，這個謠言傳開後，造成全校女生的轟動。女主角們也將對一夏的想法默默放在心中，努力進行特訓。就在此時，蘿拉操縱著德國第三世代機「黑雨」，對鈴跟西西莉亞提出了挑戰。一夏聽到這件事後，馬上趕往競技場。卻看到鈴跟西西莉亞被蘿拉打倒在地上。為了幫助鈴跟西西莉亞，一夏衝向了蘿拉。但卻……。

年級淘汰賽第一回合的分組，竟然是一夏跟夏露對上箒跟蘿拉。對上蘿拉的專用IS黑雨，它配備的第三世代型特殊裝備，一夏跟夏露藉著卓越的團隊合作將蘿拉逼上了絕境。就在蘿拉心中渴求力量時，黑雨突然放出強烈的電流，開始扭曲變形……。

在臨海學校前，一夏跟夏露來到購物中心逛街買泳衣。正當夏露開心地想著，自己跟一夏彷彿就像在約會一樣時，後面竟然跟著殺氣騰騰的鈴、西西莉亞跟蘿拉。另一方面，箒為了想要擁有自己的專用機，於是打了電話給某個因緣深厚的人物。在各種愛情火花的交錯下，充滿泳衣的臨海學校揭開序幕了！

旅館之夜有著溫泉，芥末和奇怪的按摩。一夏們正在盡情地享受臨海學校的時光。隔天，在實習訓練時，只集合了IS專用機持有者，而箒也在其中。這時開發IS的天才博士，同時是箒的親姐姐篠之之束突然登場。並且秀出了箒的專用IS「紅椿」。所有人都對這架IS的規格驚訝地啞口無言。此時，突然傳來消息說，進行測試啟動的IS「銀色福音」發生暴走了……。

為了阻止「銀色福音」的暴走，一夏跟箒前往擊落這架IS。但是箒剛得到專用IS「紅椿」，對強大產生了錯誤的想法，導致一夏受了重傷。對於強大的定義感到困惑的箒，下定決心再也不操縱IS。但是……。

當箒她們與銀色福音進行激戰時，仍在昏睡狀態的一夏夢見了神秘的少女。當一夏回答她「你想要力量嗎」的問題時，白式的第二型態「雪羅」突然發動了！福音戰最終決戰，究竟結局會是……？