六畳一間のアパートで暮らす、魔王の真奥貞夫と悪魔大元帥の芦屋四郎、漆原半蔵の三人。芦屋がニートの漆原によって逼迫される家計に嘆いていると、真奥は下駄箱から何かの気配を感知した。一方、勇者である遊佐恵美は、真奥の隣室に住む訂教審議官・鎌月鈴乃のもとを訪問する。真奥と同じ職場で働く女子高生・佐々木千穂は、鈴乃に頼まれて一緒にお盆の迎え火をすることになっていた。バイト終わり、千穂は真奥とともにアパートに向かう。

突如現れた林檎から生まれた少女、アラス・ラムスは、真奥を『ぱぱ』、恵美を『まま』だと話す。正体の分からない少女は何故真奥の正体がサタンだと知っていたのか、そして誰が彼女を日本に送ったのか？　謎が尽きぬものの、当面の間魔王城で彼女を保護することとなった。しかし恵美が恋しいからか、壁を突き抜けて鈴乃にも聞こえるほどに夜泣きが続く。それはあの芦屋が疲労で弁当を買うほどで、千穂も何か助けになればとベビー用品を差し入れる。

遊園地を訪れた真奥と恵美、アラス・ラムスの三人。そしてその様子を芦屋と千穂、恵美の同僚である鈴木梨香が見守っていた。しかし真奥たちがヒーローショーの観劇中、アラス・ラムスの額に三日月の紋章が浮かび上がる。恵美がアラス・ラムスの具合を見ていると、そこに謎の女が現れた。彼女が左手の指輪をかざすと、アラス・ラムスの体調が一瞬で回復。そして女は、ガブリエルと天兵連隊がアラス・ラムスを追っていると告げる。

アラス・ラムスの正体は、セフィロトの樹に生る世界形成の宝珠・セフィラ、イェソドの化身なのかもしれない。そう考えていた矢先、アラス・ラムスを捕らえるべくガブリエルと天兵連隊が現れる。交渉の甲斐もあって、彼らとの争いに一日の猶予が生まれた。それに備え、万が一戦う場合になったとき共闘するべく、真奥は恵美に魔王城に泊まってほしいと頼む。アラス・ラムスの涙を黙って見ていられない真奥は、命を賭けてガブリエルと対峙する。

戦いを経て、アラス・ラムスは恵美の聖剣と融合した。そんな中、改装工事によってマグロナルド幡ヶ谷駅前店が八月半ばまで閉店することとなる。真奥が「閉店」の二文字に意気消沈しながら城に戻ると、今度は大家から修理工事に伴いアパートを一時退去するよう知らせが入る。大家は代理住居の無い真奥たちに、銚子で姪が営んでいる海の家を住み込みで手伝ってくれないかと持ちかけた。これ幸いにと真奥・芦屋・漆原の男三人で働くことを決める。

真奥たちが大黒天祢の営む海の家で住み込みを開始したその夜、君ヶ浜一帯を霧が覆う。芦屋は霧の中に大きな人影を確認するが、その正体は重傷を負った魔界の悪魔、サイクロップスとビーストデモノイドだった。その上、彼らを率いていた悪魔大尚書カミーオも同じように重傷を負って現れる。銚子に何故悪魔がいて、霧の中に何が潜んでいるのだろうか？謎を残したまま夜が明け、海開き当日。海の家で真奥たちの戦いが始まろうとしていた。

カミーオは、大黒天祢こそ悪魔たちを圧倒した人間だと言う。真奥たちは、疑いを天祢に悟られないようにしながら恵美と落ち合う。そこでカミーオは、真奥が去った後の魔界と天界、エンテ・イスラの三界の様子を話し始めた。魔王の仇を討とうとしていた主戦派の悪魔たちはオルバ・メイヤーに唆されて聖剣を探しており、カミーオは主戦派よりも先に聖剣を手にすべく日本に来たという。だが、同時にカミーオは主戦派の大部隊が日本に向かっていると明かす。

アパートの修繕が終わり、魔王城に戻ってきた真奥たち。とはいえ未だバイト先は改装中。悩む真奥に千穂がバイト話を持ち込んでくる。なんでも祖母の畑が収穫時期を迎えたが、人手が足りなくなったらしい。その誘いに乗った真奥たちは、千穂の母が運転する車で一路長野へ向かう。一行は見渡す限り佐々木家の畑だというその広さに驚きを隠せない。その夜、真奥たちが近所の温泉に向かうと、そこには恵美と鈴乃、そしてアラス・ラムスの姿があった。

佐々木家の畑に熊が出没するが、恵美が片手背負いで投げ飛ばし退治する。その様子は新聞にも報じられるほどで、千穂の従兄からは感謝の意が伝えられた。その後、真奥は千穂の伯父から、佐々木家がどのように農業の手を広げてきたのかを聞く。真奥はその話を受けて、魔界が統一されるまで争いが収まらなかった理由を察する。また、市内で畑泥棒が出現する。真奥たちは佐々木家の作物も狙われていると感じ、泥棒対策を練り始めた。

エメラダ・エトゥーヴァから、恵美の母であるらしいライラという人物が日本を訪れていないかと電話が入る。母が生きているかどうかすら分からなかったのに、近くにいると知り、恵美は動揺する。そんな中、魔王城からは今日も大きな声が響く。真奥が海と山で働いた臨時収入を元手にテレビを買いたいと言うのだ。渋る芦屋に対し、真奥はこれまで家電購入時に貯めたポイントも使おうと提案。そんな日常を眺める恵美に、鈴乃はある言葉を口にする。

芦屋は梨香をアドバイザーとして呼び、真奥と鈴乃を加えた四人で家電量販店へ向かう。梨香は芦屋のふとした仕草に胸の鼓動が止まらない。その様子を観察していた真奥は梨香が芦屋に好意を抱いていることに気付いてしまう。その一方、恵美はイェソドの欠片が指す光を頼りにライラの居場所を探していた。光の示した場所は新宿の病院。そこには、テレビの前で昏睡したまま目覚めない千穂が入院していたのだった。

千穂を昏睡させた原因は、監視者・ラグエルのソナーだった。テレビの電波を利用していた敵の居場所として考えられるのは二つの電波塔。真奥たちは二手に分かれてラグエルを探すこととなる。恵美はガブリエルと対峙し、ラグエルの居場所とライラを探す理由を明かすよう迫る。だが彼の口から飛び出たのは、人間と天使、異なる種族の間に生まれた勇者エミリア出生の秘密だった。戦いが始まるそのとき、千穂が目を覚ます。そして彼女の電話が鳴り……。

コーヒーを上手く淹れるため、店長の木崎からマグロナルド・バリスタ講習を受けるよう勧められた真奥。魔王城に戻ると、今日も深夜まで隣の部屋では鈴乃が千穂に特訓している。連日のことに、真奥は千穂のことを心配せずにはいられない。しかし同時に、日常とは変わらないものではなく、絶えず動いている時間の中で変化していくものだと悟る真奥。それは恵美も同様で、父親の仇でないと発覚した真奥への接し方が変わろうとしていた。

突如、新生魔王軍を名乗る悪魔・ファーファレルロとイルオーンと名乗る少年が真奥たちの前に現れた。ファーファレルロは真奥の覇道への意志を疑っていて……。そんな中、自身が真奥たちの弱点であると自覚する千穂は、身を守る法術を急いで習得するため、サリエルに協力を要請した。だが、千穂の法術が完成するよりも早く、真奥のもとに再びイルオーンが出現。千穂をファーファレルロの元へと誘う。そして千穂も、敢えてその誘いに乗ろうとするが……。

アラス・ラムスを魔王城に泊まらせたいと真奥は恵美に提案したが、硬い畳の上に寝かせるつもりかと即座に却下される。しかし、一緒に寝たい気持ちは分かるため、恵美が半額負担して布団を買うことになった。真奥と恵美はシフトの休みが重なる日、聖蹟桜ヶ丘にあるショッピングセンターに一緒に行くことに。二人は様々な会話をしながら、アラス・ラムスとともに買い物をしていく。しかし、恵美は真奥との接し方を、未だに悩み続けていた。

魔王城で食卓を囲む真奥たち。平穏な日常は、恵美の言葉で破られた。「私しばらく、実家に帰らせてもらうわ」――。聖剣やイェソドの欠片、天界と悪魔との繋がりについて手掛かりを掴むため、一週間ほどエンテ・イスラに戻るのだと言う。恵美は、千穂との合同誕生パーティーがある12日には遅くとも戻ると言い残して旅立った。しかし、前日の昼になっても恵美が帰ってくる気配はない。真奥たちは恵美の身に何かあったのかと心配するが……。

恵美と連絡が取れなくなってから数日後、千穂が通う笹幡北高校に突如悪魔が出現する。千穂は覚え立ての聖法気を使って悪魔の気を引き寄せ、これまでと同様に対話で相互理解を試みる。一方真奥は、運転免許センターでアラス・ラムスの妹と称する少女、アシエス・アーラと、恵美の父、ノルド・ユスティーナと知り合う。そんな中、鈴乃から笹幡北高校で起きた千穂の緊急事態について連絡を受け、二人を伴って笹塚に取って返すことになり……。

鈴乃と漆原が千穂の窮地に駆けつけたが、二人の留守を突いてガブリエルの魔の手が魔王城にいる芦屋のもとへと押し寄せる。恵美の身を案じてアパートを訪れていた梨香と、真奥に託されたノルド。必死の抵抗もむなしく芦屋とノルドはガブリエルに捕縛されてしまい、梨香にも命の危機が迫る。しかし、そこへ天祢が乱入し……。一方真奥は、笹幡北高校を囲む嵐の壁に手をこまねいていた。だが、アシエスは嵐の壁の突破は容易だと言う。

エンテ・イスラに帰ってきた恵美は、故郷のスローン村へ向かう。スローン村に辿り着くと、そこには父が育てた麦畑が生き残っていた。その光景に力を得た恵美は、生家に入ってアラス・ラムスと食事をした後手掛かりを探すと、そこで一枚の書類を目にする。その翌日、アラス・ラムスが家から飛び出していき、追っていた恵美も含めてその先にあった結界に吸い込まれてしまった。そこでアラス・ラムスの額にある月が紫色に光り出して……。

エンテ・イスラに囚われた恵美を救うべく、地獄の門を通って真奥と鈴乃はエンテ・イスラに向かった。聖剣としてアシエスも同行。真奥たちは、何回もの野宿を挟みつつ、恵美のもとに向かってスクーターでエフハサーンの森を駆けていく。その道中で鈴乃は、何故魔王として民を率い、エンテ・イスラに攻め入ったのか、真奥に尋ねた。そんな中、オルバは恵美を担ぎ上げてエフハサーンを蝕む悪魔狩り――二度目の蒼天蓋奪還作戦を決行する。

セフィラの真実を天祢に問う千穂の前に、魔王城の大家、志波美輝が現れる。彼女は千穂に覚悟を問うが、決意とともに「逃げたくない」と答える。その頃、恵美は義勇軍の旗印として担ぎ上げられ、芦屋が大将であるマレブランケ軍と交戦していた。真奥はその状態を終わらせるべくエンテ・イスラに向かったものの、アシエスの聖剣が使えない。果たして恵美と芦屋の激突を防ぐことはできるのか？

人と悪魔を守るため、魔王と勇者たちはエフサハーンの皇都・蒼天蓋に集った。鈴乃とアルバートは統一蒼帝との接触を試みる、待ち構えていたガブリエルと対峙。芦屋はマレブランケと八巾騎士団を操り、恵美とオルバ率いる義勇軍を迎え撃つ。彼らは真奥が辿り着くまで互いに持ちこたえることを選ぶのだった。そして真奥とアシエスは、今まさに始まらんとする蒼天蓋の争乱に、フルスロットルのスクーターでカチコミを掛ける――!!

オルバ・メイヤーは既に詰んだ。ガブリエルの罠に嵌ったと思われた鈴乃とアルバートは、セント・アイレで異端審問に掛けられていたエメラダを救い出す。そして彼女たちは、ゲートを開いて蒼天蓋に駆けつける。天使とオルバの動きを全て知る統一蒼帝と、人質とされたノルドの安全は確保された。後顧の憂いを断った今、残すはすべての黒幕たる天使たちを倒すのみ。天使を討つべく、真奥と恵美はイェソドの欠片が輝く聖剣を振りかざす――!!