警視庁は警察の検挙率低下対策として警視庁捜査第一課特別犯罪対策室を設置。室長に女性キャリア・大澤絵里子が任命されるが、警察の威信を保つ為の飾りに過ぎないこの組織には、はみ出し者の刑事ばかりが配属されていた。こうして結成されたいわくつきのチームは初の事件として爆弾を使用した連続殺人事件に挑む。

花形は犯罪系の掲示板サイトで「神」を名乗る者が3人の女性を殺害したという書き込みを発見する。中には一般には報道されていない事件もあったため、絵里子達は捜査を開始する。だが調べる内に3人とも他殺ではないことが明らかになり、ほどなく「神」として書き込みをしていた藤原が逮捕される。だが藤原以外の人間でサイトに魅了されてしまった何者かが、本当に「神」を名乗り、正真正銘の殺人を犯していくことになってしまう。

女性雑誌「Episode」の読者モデルが相次いで暴行される2件の事件が発生。特別犯罪対策室は事件を担当することになるが、刑事が護衛に就きながら3人目の被害者が出てしまう。精神的な要因で被害者から情報を得られない中、容疑者としてモデル達行きつけのバーの店員で覚せい剤所持で逮捕歴のある三上（七枝実）の存在が浮上するが、三上は自身の犯行を告白する遺書を残して死亡していた。だが三上は他殺されたと睨む絵里子はもう一人の暴行犯がいると推理し、三上に近しい金田に疑いを向ける。

大澤絵里子(天海祐希)ら「特別犯罪対策室」のメンバーは、小学生を対象にした防犯キャンペーンを任され、その一環として、防犯をテーマにした寸劇を上演する。 　野立信次郎(竹野内豊)ら警察上層部も見に来る中、絵里子、木元真実(戸田恵梨香)、山村啓輔(温水洋一)は扮装して舞台に立ち、片桐琢磨(玉山鉄二)、花形一平(溝端淳平)、岩井善治(ケンドーコバヤシ)は舞台の袖から成り行きを見守っていた。　そんな中、もともと渋っていた真実がやる気を失い、舞台を降りようとする。絵里子は、子供たちが見ている前で真実を叱責するが、結局、真実は舞台を降りてしまう。 　翌日、真実は対策室にメールを送り付けただけで欠勤。怒った絵里子は、真実をクビにすると言う。そんな噂は、真実の元上司で科捜研の奈良橋玲子(吉瀬美智子)の耳にも入る。 　そんな折、若い男性が頭部と腹部に銃弾を撃ち込まれて死亡する事件が起こる。現場に向かった絵里子は、残った血の一部が記号のように見えることが気にかかる。翌日、再び男性の射殺事件が起こる。今回も、頭部と腹部に銃弾が撃ち込まれていた。そして、血で書かれた「4」という文字があった。 　対策室に戻った絵里子は、最初の現場で見つけた血の跡も「4」であると発見。明確なメッセージを残したのは恨みによる殺人だからで、「4」とは4人を殺すことを意味している、との見解を明かす。

小学生に対する防犯を訴える寸劇をすることになった特別犯罪対策室のメンバー。だが、木元は劇の最中に舞台から降りようとし、絵里子から叱責を受け、その日から絵里子に反発するように木元は出勤拒否をしてしまう。その頃、2人の男が銃で殺害される連続殺人事件が発生、現場には血で描かれた「4」の数字が残されていた。絵里子は怨恨で犯人が4人殺害すると推理。やがて被害者がリンチ殺人を犯した少年グループの仲間だったことが判明する。一方、出勤拒否と思われた木元は連続殺人犯により命の危機に晒されていた。

エリート校の英明女子学院の体育教師である増岡剛が自宅で撲殺される事件が発生し、特別犯罪対策室のメンバーがその捜査を担当することに。現場には周到な偽装工作が施され、犯人の痕跡が一切残っておらず、犯人の手がかりが得られずにいた。英明女子学院への聞き込みを行った絵里子はそこで秀才の女生徒・石原由貴と出会う。増岡と付き合っていたと供述し、事件当時のアリバイが無い由貴に目星を付けた絵里子は、事件のミスリードを画策する由貴との駆け引きを展開する。

暴力団員が銃殺された事件が発生、同時期に特別犯罪対策室宛に左胸がインクで染まった人形が送りつけられていた。使用された凶器により3年前に事件を起こした谷本（工藤俊作）が犯人として特定されたが、谷本は絵里子達の目の前で狙撃され死亡してしまう。一方、片桐は自身に関わることを知る狙撃犯と思しき人物から、これからも人を殺していくという犯行予告を受ける。そして再び特別犯罪対策室宛に人形が送りつけられる中、犯人の予告を受けて片桐が駆けつけた現場で川野が狙撃されてしまう。片桐の様子を察した絵里子は野立の手を借り、片桐を苦しめている3年前の事件の全容を知る。

トラック運転手の柏原（植松洋）が複数回にも亘ってナイフで刺され惨殺された事件が発生。その猟奇的な手口から早期解決に向け特別犯罪対策室も捜査を担当することに。犯行が衝動的に行われながらも痕跡を消そうとした冷静さがある状況から複数犯の可能性も浮上。やがて柏原が離婚した妻と息子に虐待しており、その息子も自分の子供に虐待していたことを西名が開設する“虐待SOSサイト”に相談していたことが判明する。そして第2の事件が発生、その被害者も虐待をし、虐待された息子もまた“虐待SOSサイト”に相談していた。

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突然、謹慎処分を受けた特別犯罪対策室のメンバーは人手の少ない生活安全部の手伝いに回されていた。一方片桐は記者・鈴木から警視庁上層部に裏金汚職疑惑があることを聞きつける。そんな中、ゴミ箱を狙った連続爆破事件で使用された物証に絵里子の指紋が発見される。取調べでは黙秘を通す絵里子だが、次の事件で死者が出たことを知ると、5年前にテロ組織・「黒い月」による事件の犯人として逮捕された池上の弟・健吾による犯行の可能性があることを明かす。そして捜査を開始した対策室のメンバーは「黒い月」の残党が警視総監を狙っていると睨むが、一連の事件と裏金問題に野立が関与している疑惑が浮上する。