Gli eventi riprendono da dove si era conclusa la stagione precedente: l'ospedale rimane ancora sigillato, mentre il Centro per il Controllo delle Malattie indaga sulla misteriosa e mortale patologia che obbliga John, Abby e gli altri alla quarantena. Mentre Susan inizialmente è lasciata sola a combattere per salvare un paziente, John e Abby si abbandonano al loro romantico destino nei giorni che trascorrono in reparto con Jing-Mei, Gregory e il sempre presente barbone Stan. Nel frattempo Elisabeth, da poco vedova, si sforza di adattare le sue competenze alla natia Inghilterra; la donna è tenuta d'occhio dagli attenti genitori. Robert, in attesa di un'eliambulanza, viene gravemente ferito dal rotore posteriore del mezzo che gli amputa di netto il braccio.

Dr. Carter, Abby and other staff of the ER are quarantined as the CDC investigate a mysterious, deadly outbreak.

Wegen des Pockenverdachts wird die komplette Notaufnahme evakuiert. Nur Carter, Pratt, Stan, Chen und Abby müssen mit einigen Patienten zwei Wochen lang im Krankenhaus bleiben, da sie sich möglicherweise infiziert haben. Während der Evakuierung kommt es zu einem schrecklichen Unfall: Dr. Romanos Arm wird vom Heckrotor eines Hubschraubers abgetrennt … Abby und Carter versuchen derweil in der Quarantäne, sich über ihre Beziehung klar zu werden …

Egy gyorsan terjedő, rejtélyes és halálos kór miatt az osztály legtöbb dolgozóját, Cartert, Abbyt, Chent és a többieket karanténba zárják. Miközben Lewis doktornő egyedül küzd a beteg életéért, Carternek és Abbynak jut arra is ideje, hogy megvitassák közös jövőjüket. A frissen megözvegyült Corday Londonban, aggódó szülei közelében próbál meg új életet kezdeni és praxisát folytatni.

サル痘の変異体と思われるウィルスに感染の疑いがあるカーターたちを残し、カウンティー全体の緊急避難が始まる。混乱の最中、ヘリで患者を搬送しようとするロマノが大変な事故にあい、居合わせたコバッチュらが懸命の治療に当たる。

在美国疾病控制与预防中心调查一起神秘的致命疫情时，卡特医生、艾比和急诊室的其他工作人员被隔离。

El County General continúa en cuarentena y las autoridades deciden evacuar el hospital. Por su parte, el Dr. Gallart vacuna contra la viruela a los pacientes y la Dra. Lewis avisa a Abby y Carter de que hay que evacuar el hospital, pero que ellos deben permanecer en el County General dos semanas mas, por estar expuestos a la enfermedad. Chen y Pratt, también deben quedarse.

Por otro lado, el Dr. Romano debe subir a un paciente grave para que lo lleven en helicóptero y pelea con Luka, quien tiene otro paciente en la misma ? las consecuencias serán graves.

Elisabeth Corday está trabajando en un hospital de Londres, confiesa a su padre que extraña su hogar y decide volver a Chicago con su hija. Por su parte, Carter le explica a Abby la teoría del caos y le cuenta que lleva dos años enamorado de ella

Carter, Abby e outros permanecem em quarentena por causa de uma crise de varíola. Enquanto isso, Corday, em luto, volta para a sua casa em Londres, onde é criticada pelos seus hábitos americanizados.

Déclarées zone contaminée suite à l'infection de variole atypique, les urgences sont fermées. Alors que tous les patients du service sont redirigés vers d'autres hôpitaux, Lockhart, Carter, Chen, Pratt et le SDF Stan sont mis en quarantaine pour deux semaines. Romano est grièvement blessé en tentant d'évacuer un patient par hélicoptère. Susan Lewis, quant à elle, reste coincée sur le toit avec un patient à l'agonie. Après deux semaines, les urgences sont enfin en mesure d'ouvrir à nouveau leurs portes. Pendant ce laps de temps, Elizabeth était partie travailler à Londres dans l'hôpital de son père. Mais la chirurgienne réalise qu'elle ne parviendra pas à trouver sa place et décide de retourner exercer à Chicago...