Luka Kovac, un médecin croate, fait ses premiers pas aux urgences, de même qu'Abby Lockhart, une jeune infirmière en obstétrique devenue étudiante en médecine. Elizabeth Corday et Mark Greene entament une liaison tandis que le père de ce dernier rend l'âme. C'est le comédien Anthony Edwards, passé derrière la caméra pour le film « Charlie et le fantôme », en 1994, qui a réalisé l'épisode « Affaires de famille », après deux premiers essais dans les saisons 2 et 4.

La sexta temporada de la serie de televisión ER, se estrenó por la cadena estadounidense NBC en 1999 con la emisión del episodio Leave it to Weaver, y finalizó en el año 2000 con el episodio May Day. Durante esta temporada, ER estuvo en el 4º lugar de audiencia en Estados Unidos.